TkA02G405080 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G405080

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 102952146-102955211 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1962 bp · TkA02G405080|TK1151|cDNA

AGGAACGTTCAAAACCTACGGATACGAGGCGGGGTTAGGGTTTCTCTAAATTTCAATCGCAGCATACCTTCTAACCCGCCTTCTAAACCATGGGTAAATCGCCAAGGAAGAAGCCAAGACTACCAAAAGTAAACCCTAAAACCGATGAAGAACCAAAGTCTGATCCTGCCCCGATTATTCTCAGCAGCGACGACGAGGCCGATGATGATTTAAGCTTGAAAATCGTAGAAAAAGCAATGTTAAGAGCCTCTGGTAATGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1617 bp · TkA02G405080|TK1151|CDS

ATGGGTAAATCGCCAAGGAAGAAGCCAAGACTACCAAAAGTAAACCCTAAAACCGATGAAGAACCAAAGTCTGATCCTGCCCCGATTATTCTCAGCAGCGACGACGAGGCCGATGATGATTTAAGCTTGAAAATCGTAGAAAAAGCAATGTTAAGAGCCTCTGGTAATGAAACCAATACTAATCCTTCATCTTCTTCAAAACATGAAGAAATTACCACCCAAGTGAAGAAAAAAACAAAGAAGAGAAACGAGAAGACAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

538 aa · TkA02G405080|TK1151|PROTEIN

MGKSPRKKPRLPKVNPKTDEEPKSDPAPIILSSDDEADDDLSLKIVEKAMLRASGNETNTNPSSSSKHEEITTQVKKKTKKRNEKTGTRDDAVEEPKSESAPITLISNNDTYNDTSLRIFKKTMSSSRGNENNPNPSSSSSKPEEIVTESKKKTKKRKERKKENKEDNTAEDVEPKDSDVTLETNPAEKSDNIVLRKLLRGPRYFDPPDNNWGNCYNCGEGGHITANCTSARRKKPCFVCGSFEHNVKQCNKGKDCFICK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G405080`
TK1151 ID	TkA02G405080
OH-1004 ID	LXL04_014681
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA02G405080`
位置	Chr02:102952146-102955211 (-)
描述	Similar to byr3: Cellular nucleic acid-binding protein homolog (Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_014681` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0009409 response to cold 生物过程 GO:0009414 response to water deprivation 生物过程 GO:0009631 cold acclimation 生物过程 GO:0009651 response to salt stress 生物过程 GO:2000767 positive regulation of cytoplasmic translation 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005730 nucleolus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分 GO:0003677 DNA binding 分子功能 GO:0003690 double-stranded DNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ath:AT4G36020 spo:2542829 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.928

排名 1 · TkA02G405080 · TK1151

细胞质0.131

排名 2 · TkA02G405080 · TK1151

细胞膜0.030

排名 3 · TkA02G405080 · TK1151

内质网0.014

排名 4 · TkA02G405080 · TK1151

线粒体0.013

排名 5 · TkA02G405080 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10268Tmemb_161AB147-196 aa

PF30379SLU7_N213-234 aa

PF00098zf-CCHC214-230 aa

PF27939DUF8363214-254 aa

PF13696zf-CCHC_2215-223 aa

PF13917zf-CCHC_3215-232 aa

PF14392zf-CCHC_4215-229 aa

PF30379SLU7_N232-250 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G405080	`PF10268`	Tmemb_161AB	147	196	0.043	13.3
TkA02G405080	`PF30379`	SLU7_N	213	234	0.012	15.8
TkA02G405080	`PF00098`	zf-CCHC	214	230	1.1e-16	60.7
TkA02G405080	`PF27939`	DUF8363	214	254	0.049	14.2
TkA02G405080	`PF13696`	zf-CCHC_2	215	223	0.049	14.2
TkA02G405080	`PF13917`	zf-CCHC_3	215	232	0.48	11.0
TkA02G405080	`PF14392`	zf-CCHC_4	215	229	0.67	10.3
TkA02G405080	`PF30379`	SLU7_N	232	250	0.012	15.8
TkA02G405080	`PF00098`	zf-CCHC	236	251	1.1e-16	60.7
TkA02G405080	`PF13696`	zf-CCHC_2	237	250	0.049	14.2
TkA02G405080	`PF14392`	zf-CCHC_4	237	252	0.67	10.3
TkA02G405080	`PF27939`	DUF8363	254	309	0.049	14.2
TkA02G405080	`PF30379`	SLU7_N	255	272	0.012	15.8
TkA02G405080	`PF00098`	zf-CCHC	256	271	1.1e-16	60.7
TkA02G405080	`PF13696`	zf-CCHC_2	256	271	0.049	14.2
TkA02G405080	`PF14392`	zf-CCHC_4	256	270	0.67	10.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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