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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G404540
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 102775038-102782122 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1433 bp · TkA02G404540|TK1151|cDNA

AAGGCTTCAAGGCTCTTGAGATGACCTTTCTTTTTGCAGTTCTAATAGGGATTTTTTATTATAACGATCATGGCTGCTGCTGCTGCACATTTGGGCGTTGTATATCAGGGCTCCGTTACTGGCTCCCTCAACAGTGATTCTTCGCTTCACAAGTCATTTCTCAAGACTGAGAAGATCAGCTTTGGTGATAAATCATGGGCTCGTTTTTCACCACTGGAGCTAAAATCAAAGGCCAAATCGTCAAGTTACGGATCCATAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1704 bp · TkA02G404540|TK1151|CDS

ATGGGGAAAAGCGATAAATCGAGTTTGGGAAGAGCCCTAGTCAAGCATCACAACCATATGATCCAAGAATCAAAGGAAAAGGGTCAGGTTTACTATAAACAACACAAGAAGGTTCTTGAATCCGTCACCGACGTCCGCGATATCGACGCCGTAATCCAAGAAGCCGATGAAGATGTTCGTCTCTACTCCGCCGACAACCCAACCGTGAACACCCTTATTGATTTAGAGTCAAGTTCTGGCGCCAGTGAGATGTTGACTAC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

567 aa · TkA02G404540|TK1151|PROTEIN

MGKSDKSSLGRALVKHHNHMIQESKEKGQVYYKQHKKVLESVTDVRDIDAVIQEADEDVRLYSADNPTVNTLIDLESSSGASEMLTTEERRELQKKEEALHAGSLNVPRRPAWNAKMTVEELDVNERRAFLEWRRSLARLEENDSLVLTPFEKNLDIWRQLWRVVERSDLLVMVVDARDPLFYRCPDLEAYAREVDEHKRTLLLVNKADLLPHSVRQKWANYFHHHDILYIFWSAKVATAELEGKKPVSTPSDNNFSNND...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G404540
TK1151 IDTkA02G404540
OH-1004 IDLXL04_014691
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)96.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G404540
位置Chr02:102775038-102782122 (-)
描述Similar to LSG1-2: GTPase LSG1-2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g08410 GTPase 参与核糖体生物发生（可能）。
The 60S associated ribosome biogenesis factor LSG1-2 is required for 40S maturation in Arabidopsis thaliana.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12703
At2g27200 GTPase 可能与核糖体生物发生中的 LSG1-2 冗余。
The 60S associated ribosome biogenesis factor LSG1-2 is required for 40S maturation in Arabidopsis thaliana.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12703
At1g30510 在非光合作用条件下维持还原铁氧还蛋白的供应。 暂无已核实直接文献
At4g05390 在非光合作用条件下维持还原铁氧还蛋白的供应。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0784700 可能在调节循环电子流和非循环电子流的相对量以满足植物对ATP和还原力的需求中起关键作用。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014691 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000027 ribosomal large subunit assembly 生物过程
GO:0000054 ribosomal subunit export from nucleus 生物过程
GO:0006364 rRNA processing 生物过程
GO:0015031 protein transport 生物过程
GO:0042254 ribosome biogenesis 生物过程
GO:0048366 leaf development 生物过程
GO:0048825 cotyledon development 生物过程
GO:0051168 nuclear export 生物过程
GO:0090070 positive regulation of ribosome biogenesis 生物过程
GO:0180023 cytosolic large ribosomal subunit assembly 生物过程
GO:2000012 regulation of auxin polar transport 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G08410
ath:AT2G27200
dme:Dmel_CG14788
sce:YGL099W
spo:2541449
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.759
排名 1 · TkA02G404540 · TK1151
细胞质0.255
排名 2 · TkA02G404540 · TK1151
线粒体0.042
排名 3 · TkA02G404540 · TK1151
细胞膜0.032
排名 4 · TkA02G404540 · TK1151
内质网0.018
排名 5 · TkA02G404540 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04548AIG121-46 aa
PF01926MMR_HSR125-25 aa
PF00350Dynamin_N25-49 aa
PF23134TRIP4_3rd84-102 aa
PF01926MMR_HSR1163-207 aa
PF00350Dynamin_N165-207 aa
PF02421FeoB_N166-179 aa
PF03193RsgA_GTPase200-236 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G404540PF04548AIG121460.3410.9
TkA02G404540PF01926MMR_HSR125251.4e-1867.8
TkA02G404540PF00350Dynamin_N25490.1612.7
TkA02G404540PF23134TRIP4_3rd841020.2212.6
TkA02G404540PF01926MMR_HSR11632071.4e-1867.8
TkA02G404540PF00350Dynamin_N1652070.1612.7
TkA02G404540PF02421FeoB_N1661793.2e-0627.4
TkA02G404540PF03193RsgA_GTPase2002360.001419.2
TkA02G404540PF03193RsgA_GTPase2853530.001419.2
TkA02G404540PF23134TRIP4_3rd2883050.2212.6
TkA02G404540PF01926MMR_HSR13003721.4e-1867.8
TkA02G404540PF02421FeoB_N3003713.2e-0627.4
TkA02G404540PF00350Dynamin_N3013240.1612.7
TkA02G404540PF04548AIG13033540.3410.9
TkA02G404540PF00350Dynamin_N3423530.1612.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SJF1拟南芥sp|Q9SJF1|LSG12_ARATH GTPase LSG1-263.300%Swiss-Prot高置信
Q9SHS8拟南芥sp|Q9SHS8|LSG11_ARATH GTPase LSG1-162.000%Swiss-Prot高置信
Q9S9P8拟南芥sp|Q9S9P8|FNRR2_ARATH Ferredoxin--NADP reductase, root isozyme 2, chloroplastic76.700%Swiss-Prot高置信
Q9M0V6拟南芥sp|Q9M0V6|FNRR1_ARATH Ferredoxin--NADP reductase, root isozyme 1, chloroplastic80.600%Swiss-Prot高置信
P41345水稻sp|P41345|FENRO_ORYSJ Ferredoxin--NADP reductase, root isozyme, chloroplastic76.800%Swiss-Prot高置信

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