TkA02G399950 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G399950

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 101562035-101566875 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1861 bp · TkA02G399950|TK1151|cDNA

AAAACATCAGCGGTTTCCTTTCAGGGGTTTAGTTTTTTGGGCAGTCATCCGGATCAAAAAGTCAAAATCATAGACCATCCTCACTAGCTGCTACCAAATCACACTCTTTTCTTCCCGATTTCGCCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTACTCAGCTGCTTTCTCTTCAAGTCTCAGTATTCCAACGGCTTTGATTGTACCAATTCTACGGCCGACCTGAGCAGTAAAATAATCAAGGCGTCCACCCAATCTCTGTGTCTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

987 bp · TkA02G399950|TK1151|CDS

ATGGCAGAGCTCAGTCCAAGGACTGATACTTCAACAGATGGGGACACAGAAGACAAGGCTCTGGGGTTCCATAGTGGTCAATCACATGGGCTTGTGGTTTCTGATGCCAGTGACAAGTCAAGGGATCAAAAGACACTTCGTAGGCTTGCTCAGAATCGTGAAGCTGCAAGAAAGAGCCGTTTGCGGAAGAAAGCGTATGTCCAACAGCTAGAAAGCAGTAGAATGAAGCTGACCCAACTCGAACAAGAGCTACAACGAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

328 aa · TkA02G399950|TK1151|PROTEIN

MAELSPRTDTSTDGDTEDKALGFHSGQSHGLVVSDASDKSRDQKTLRRLAQNREAARKSRLRKKAYVQQLESSRMKLTQLEQELQRARQQGIFISSSGEQSQSMSGNGALAFDVEYGRWLEEHNRRINELKGAVSNHAGDGELRIIVDGVVAHYEDIFRIKGDAAKADVFHVLSGMWKTPAERCFLWLGGFRSSELLKLLITQLEPLTEQQLLAIGNLQQSSQQAEDALSQGMEALQQSLAETIAGSLGSSNSSGNVANY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G399950`
TK1151 ID	TkA02G399950
OH-1004 ID	LXL04_014748
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G399950

位置 Chr02:101562035-101566875 (+)

描述 Similar to Transcription factor HBP-1b(c1) (Fragment)

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g12250`	特异性结合 DNA 序列 5'-TGACG-3' 的转录激活剂。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0279900`	参与防御反应的转录调控因子。	暂无已核实直接文献
`Os01g0808100`	参与防御反应的转录调控因子。	暂无已核实直接文献
`Os03g0318600`	参与防御反应的转录调控因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014748 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009410 response to xenobiotic stimulus 生物过程

GO:0009627 systemic acquired resistance 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

GO:0016787 hydrolase activity 分子功能

GO:0043565 sequence-specific DNA binding 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G12250

dosa:Os01g0279900

osa:4326907

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.763

排名 1 · TkA02G399950 · TK1151

细胞质0.277

排名 2 · TkA02G399950 · TK1151

细胞膜0.054

排名 3 · TkA02G399950 · TK1151

内质网0.034

排名 4 · TkA02G399950 · TK1151

线粒体0.028

排名 5 · TkA02G399950 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03131bZIP_Maf38-92 aa

PF26095CC_Bre139-89 aa

PF28673bZIP_CREBRF_C40-87 aa

PF07716bZIP_242-86 aa

PF00170bZIP_143-85 aa

PF27682ICR5_C43-90 aa

PF01618MotA_ExbB45-63 aa

PF01481Arteri_nucleo51-128 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G399950	`PF03131`	bZIP_Maf	38	92	0.018	16.3
TkA02G399950	`PF26095`	CC_Bre1	39	89	0.55	11.2
TkA02G399950	`PF28673`	bZIP_CREBRF_C	40	87	0.0088	17.2
TkA02G399950	`PF07716`	bZIP_2	42	86	5.5e-06	27.0
TkA02G399950	`PF00170`	bZIP_1	43	85	2.2e-07	31.6
TkA02G399950	`PF27682`	ICR5_C	43	90	0.33	12.5
TkA02G399950	`PF01618`	MotA_ExbB	45	63	0.5	10.9
TkA02G399950	`PF01481`	Arteri_nucleo	51	128	0.14	13.2
TkA02G399950	`PF14144`	DOG1	127	201	1.3e-31	109.3
TkA02G399950	`PF25521`	WHD_TANC1	194	248	0.029	14.9
TkA02G399950	`PF26095`	CC_Bre1	204	262	0.55	11.2
TkA02G399950	`PF30047`	TPR_SaeB	206	268	0.026	14.1
TkA02G399950	`PF01481`	Arteri_nucleo	214	238	0.14	13.2
TkA02G399950	`PF28673`	bZIP_CREBRF_C	216	246	0.0088	17.2
TkA02G399950	`PF03131`	bZIP_Maf	220	236	0.018	16.3
TkA02G399950	`PF27682`	ICR5_C	221	265	0.33	12.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q39140`	拟南芥	sp\|Q39140\|TGA6_ARATH Transcription factor TGA6	77.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q0JNL3`	水稻	sp\|Q0JNL3\|TGA23_ORYSJ Transcription factor TGA2.3	80.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q6IVC2`	水稻	sp\|Q6IVC2\|TGAL1_ORYSJ Transcription factor TGAL1	78.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q6IVC3`	水稻	sp\|Q6IVC3\|TGA22_ORYSJ Transcription factor TGA2.2	76.600%	Swiss-Prot	高置信

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