TkA02G399880 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G399880

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 101543673-101545309 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

846 bp · TkA02G399880|TK1151|cDNA

ATGCTTTCCATGCCAAAAGCTCCACTTCTCGCTGTTGGTCTCTTAGAAGCCCTAGGTGCCGCTTGTGGAATGGCAGCTGGCGCCGTTCTTTCAGGAGCAGCGATTCCAATTTTGTCACAGAGCTTTCTCGTTTGGCAAATCATCTTGTCGTATATTTTTCTAAAGAGGAGATATAAATTCAATCAGTTACTTGGATGCTTCCTTGTGGCCCTTGGTGTCGTTATTACAGTTGCAAGTGGATCAAGTGCAGGTTCGTTAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

846 bp · TkA02G399880|TK1151|CDS

ATGCTTTCCATGCCAAAAGCTCCACTTCTCGCTGTTGGTCTCTTAGAAGCCCTAGGTGCCGCTTGTGGAATGGCAGCTGGCGCCGTTCTTTCAGGAGCAGCGATTCCAATTTTGTCACAGAGCTTTCTCGTTTGGCAAATCATCTTGTCGTATATTTTTCTAAAGAGGAGATATAAATTCAATCAGTTACTTGGATGCTTCCTTGTGGCCCTTGGTGTCGTTATTACAGTTGCAAGTGGATCAAGTGCAGGTTCGTTAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

281 aa · TkA02G399880|TK1151|PROTEIN

MLSMPKAPLLAVGLLEALGAACGMAAGAVLSGAAIPILSQSFLVWQIILSYIFLKRRYKFNQLLGCFLVALGVVITVASGSSAGSLMDAGIFWSLLMIVSFLFQAGDTILKEVIFLDAAKKLKGGSMDLFVLNSYGSAFQALFICLLLPFLSRLWGVPFHQLPNYLSDGAACFLNMGIVSQGCEGAPLLPVLFCIVNMGYNISLLHLIKISSAVVSSLASTVSVPISVFLFTLPLPYLGVASSLPPGFIGGAVVLVMGML...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G399880`
TK1151 ID	TkA02G399880
OH-1004 ID	LXL04_014750
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 61.220 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G399880

位置 Chr02:101543673-101545309 (+)

描述 Similar to CLT3: Protein CLT3, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g19380`	参与从质体到胞质的巯基运输。	暂无已核实直接文献
`At5g12170`	参与从质体到胞质的巯基运输。	暂无已核实直接文献
`At4g24460`	参与从质体到胞质的巯基运输。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014750 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002229 defense response to oomycetes 生物过程

GO:0006865 amino acid transport 生物过程

GO:0034635 glutathione transport 生物过程

GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程

GO:0005774 vacuolar membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0012506 vesicle membrane 细胞组分

GO:0031969 chloroplast membrane 细胞组分

GO:0022857 transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0042910 xenobiotic transmembrane transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G24460

ath:AT5G12170

ath:AT5G19380

ddi:DDB_G0270204

ddi:DDB_G0276943

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.317

排名 1 · TkA02G399880 · TK1151

高尔基体0.262

排名 2 · TkA02G399880 · TK1151

内质网0.177

排名 3 · TkA02G399880 · TK1151

细胞膜0.146

排名 4 · TkA02G399880 · TK1151

细胞质0.115

排名 5 · TkA02G399880 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08627CRT-like3-262 aa

PF00892EamA9-77 aa

PF06027SLC35F43-90 aa

PF08449UAA43-78 aa

PF00892EamA91-100 aa

PF00892EamA188-231 aa

PF08449UAA214-238 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G399880	`PF08627`	CRT-like	3	262	4.6e-30	105.5
TkA02G399880	`PF00892`	EamA	9	77	0.00082	20.4
TkA02G399880	`PF06027`	SLC35F	43	90	8.7e-05	22.9
TkA02G399880	`PF08449`	UAA	43	78	0.0048	16.8
TkA02G399880	`PF00892`	EamA	91	100	0.00082	20.4
TkA02G399880	`PF00892`	EamA	188	231	0.00082	20.4
TkA02G399880	`PF08449`	UAA	214	238	0.0048	16.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q058P6`	拟南芥	sp\|Q058P6\|CLT1_ARATH Protein CLT1, chloroplastic	68.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q8RWL5`	拟南芥	sp\|Q8RWL5\|CLT3_ARATH Protein CLT3, chloroplastic	66.300%	Swiss-Prot	高置信
`A1L4X0`	拟南芥	sp\|A1L4X0\|CLT2_ARATH Protein CLT2, chloroplastic	53.600%	Swiss-Prot	高置信

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