TkA02G399450 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G399450

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 101461658-101463731 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1426 bp · TkA02G399450|TK1151|cDNA

TTGACAACGTGAGTCGGCCAAAGAAAAAGTTTTGTGATATAAAGAGAGCCTCGGTAAACGCCGCTTGTTATGATATCCACATCCTAATCCCTCTTGTCAGGGCGCTTGCCCTCTCTCCTCCCCCTTTGGAATCCGAATAATTCTTGAAGCATCTCATCAATTTCTTCTCCCTTTTTCTACCTACTCGTCTCTCCCCCTCATCAAACACTTTTTCTTACTCACGATTACATTATATCGTCATGGATGCCGTCATTGAGATC...

CDS

下载 CDS FASTA

804 bp · TkA02G399450|TK1151|CDS

ATGGATGCCGTCATTGAGATCGAGGATCAACAACAGCTCATCAACGCCCTTCCAGATCTGTCGATCCATGTCCAGGAGGAGAAGAACGAAGTGGTTTCTAGTAACGAAGAGAGCCGGCATCCGGAAACTTCATTAGCTGATGAAAATCATCATGGGGTTTGTGCAGTTTGTTTGAATAAAATCGCGTTACAGGAAACTGCCCTCGTAAAAGGTTGCGAGCATGCCTACTGTGTGACTTGCATCCTTCGATGGGCCACATA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

267 aa · TkA02G399450|TK1151|PROTEIN

MDAVIEIEDQQQLINALPDLSIHVQEEKNEVVSSNEESRHPETSLADENHHGVCAVCLNKIALQETALVKGCEHAYCVTCILRWATYKKEPTCPQCKNPFEFLNIHRSLDGSIHDYMFEESVCLLLRASWFHPLHIEPHTEPEDHITQDFFYSYDYEEEEDDEDLDEVYLGRSSNINIRIGNRRWGNNGFVRAGKQEARPVHHQPPSFQDSGGAGSSSREPKKKESGGAARDVAAVGRRAKRTLKREAADKAAAAKHQQH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G399450`
TK1151 ID	TkA02G399450
OH-1004 ID	LXL04_014755
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	94.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA02G399450`
位置	Chr02:101461658-101463731 (-)
描述	Protein of unknown function
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_014755` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000245 spliceosomal complex assembly 生物过程 GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions 生物过程 GO:0006397 mRNA processing 生物过程 GO:0008380 RNA splicing 生物过程 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005730 nucleolus 细胞组分 GO:0016604 nuclear body 细胞组分 GO:0003723 RNA binding 分子功能 GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	cel:CELE_C32D5.10 hsa:9169 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.899

排名 1 · TkA02G399450 · TK1151

细胞质0.180

排名 2 · TkA02G399450 · TK1151

细胞膜0.042

排名 3 · TkA02G399450 · TK1151

内质网0.032

排名 4 · TkA02G399450 · TK1151

线粒体0.012

排名 5 · TkA02G399450 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18912DZR_248-63 aa

PF00097zf-C3HC450-62 aa

PF12861zf-ANAPC1150-102 aa

PF14569zf-UDP50-101 aa

PF15227zf-C3HC4_451-61 aa

PF14570zf-RING_451-76 aa

PF13920zf-C3HC4_352-101 aa

PF12678zf-rbx152-97 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G399450	`PF18912`	DZR_2	48	63	0.54	10.8
TkA02G399450	`PF00097`	zf-C3HC4	50	62	3.1e-06	27.6
TkA02G399450	`PF12861`	zf-ANAPC11	50	102	0.029	15.1
TkA02G399450	`PF14569`	zf-UDP	50	101	0.07	13.9
TkA02G399450	`PF15227`	zf-C3HC4_4	51	61	0.0081	17.0
TkA02G399450	`PF14570`	zf-RING_4	51	76	0.13	12.8
TkA02G399450	`PF13920`	zf-C3HC4_3	52	101	9e-05	22.9
TkA02G399450	`PF12678`	zf-rbx1	52	97	0.0056	17.6
TkA02G399450	`PF24921`	RING_XB3-XBAT31	53	97	0.003	18.3
TkA02G399450	`PF13639`	zf-RING_2	54	97	2.2e-08	35.0
TkA02G399450	`PF00097`	zf-C3HC4	54	96	3.1e-06	27.6
TkA02G399450	`PF13923`	zf-C3HC4_2	54	96	6.4e-06	26.6
TkA02G399450	`PF14634`	zf-RING_5	54	97	0.00054	20.6
TkA02G399450	`PF13445`	zf-RING_UBOX	54	94	0.00062	20.4
TkA02G399450	`PF17123`	zf-RING_11	54	81	0.0033	17.8
TkA02G399450	`PF15227`	zf-C3HC4_4	54	96	0.0081	17.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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