TkA02G399160 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G399160

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 101392306-101393568 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1263 bp · TkA02G399160|TK1151|cDNA

ATGTCATCATCGTCGGACAATTGCAATTCTCGCCATTTCTCATGGCTGATGAAATCTTGTTTCCCAGACCCACGACCAAACCCCTCCCTCCATTACTCTCCCCCACCGGCAACGACCGCTTTTTATCACCGACCCACCACCATATCTTCTCTCCCTAACGACCTTCTCCTTGAGTTTCTTTCTCGGGTAGCTCAGTCTTCCCTACCATCTATTTCCCTTGTCTGCCGCCGGTGGTCACAATTGATTGATTCTTCCGAATT...

CDS

下载 CDS FASTA

1263 bp · TkA02G399160|TK1151|CDS

ATGTCATCATCGTCGGACAATTGCAATTCTCGCCATTTCTCATGGCTGATGAAATCTTGTTTCCCAGACCCACGACCAAACCCCTCCCTCCATTACTCTCCCCCACCGGCAACGACCGCTTTTTATCACCGACCCACCACCATATCTTCTCTCCCTAACGACCTTCTCCTTGAGTTTCTTTCTCGGGTAGCTCAGTCTTCCCTACCATCTATTTCCCTTGTCTGCCGCCGGTGGTCACAATTGATTGATTCTTCCGAATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

420 aa · TkA02G399160|TK1151|PROTEIN

MSSSSDNCNSRHFSWLMKSCFPDPRPNPSLHYSPPPATTAFYHRPTTISSLPNDLLLEFLSRVAQSSLPSISLVCRRWSQLIDSSEFYDLRRRRGLLHFAVFVVYYTDSGLFAANYQVSHDSHWGTTSFLNNNYDDAVYPSSYSALSSHARLAAIGRWIYIIGKTTMLRCDAWTGAVTPRSKMSVLRKKFAVAVVAGKVYVAGGSTRTAAVEEYDPKRNAWRVVCHAPKMRYGCIGAAVDGVLYVIGGLKICGTSGNDGT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G399160`
TK1151 ID	TkA02G399160
OH-1004 ID	LXL04_014761
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G399160

位置 Chr02:101392306-101393568 (+)

描述 Similar to At5g26960: F-box/kelch-repeat protein At5g26960

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g26960`	F-盒/kelch 重复蛋白 At5g26960。	暂无已核实直接文献
`At4g39590`	F-box/kelch重复蛋白 At4g39590。	暂无已核实直接文献
`At1g22040`	F-box/kelch重复蛋白At1g22040。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014761 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006995 cellular response to nitrogen starvation 生物过程

GO:0010506 regulation of autophagy 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0034599 cellular response to oxidative stress 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0071379 cellular response to prostaglandin stimulus 生物过程

GO:0071466 cellular response to xenobiotic stimulus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0016234 inclusion body 细胞组分

GO:0031463 Cul3-RING ubiquitin ligase complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G60570

ath:AT1G67480

ath:AT4G39590

ath:AT5G26960

dre:100003679

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.724

排名 1 · TkA02G399160 · TK1151

细胞质0.224

排名 2 · TkA02G399160 · TK1151

细胞膜0.097

排名 3 · TkA02G399160 · TK1151

内质网0.056

排名 4 · TkA02G399160 · TK1151

质体0.024

排名 5 · TkA02G399160 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646F-box48-88 aa

PF12937F-box-like48-86 aa

PF18511F-box_570-78 aa

PF24981Beta-prop_ATRN-LZTR173-92 aa

PF26327LpqS98-220 aa

PF25210Kelch_FKB95139-248 aa

PF24681Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7144-166 aa

PF01344Kelch_1149-166 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G399160	`PF00646`	F-box	48	88	6e-09	36.2
TkA02G399160	`PF12937`	F-box-like	48	86	8.6e-07	29.3
TkA02G399160	`PF18511`	F-box_5	70	78	0.48	10.7
TkA02G399160	`PF24981`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	73	92	4.7e-06	26.8
TkA02G399160	`PF26327`	LpqS	98	220	0.02	15.8
TkA02G399160	`PF25210`	Kelch_FKB95	139	248	1.6e-11	45.1
TkA02G399160	`PF24681`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	144	166	0.00011	22.3
TkA02G399160	`PF01344`	Kelch_1	149	166	2.1e-11	43.8
TkA02G399160	`PF07646`	Kelch_2	149	163	1e-05	26.0
TkA02G399160	`PF24981`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	168	204	4.7e-06	26.8
TkA02G399160	`PF13415`	Beta-prop_FBX42	173	251	0.0062	16.9
TkA02G399160	`PF13964`	Beta-prop_Calicin	174	416	9.5e-06	25.5
TkA02G399160	`PF24681`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	181	309	0.00011	22.3
TkA02G399160	`PF01344`	Kelch_1	187	224	2.1e-11	43.8
TkA02G399160	`PF24996`	NANM	187	249	0.0052	16.4
TkA02G399160	`PF07646`	Kelch_2	191	224	1e-05	26.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6NPN5`	拟南芥	sp\|Q6NPN5\|FK113_ARATH F-box/kelch-repeat protein At5g26960	58.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q1PE10`	拟南芥	sp\|Q1PE10\|FK102_ARATH F-box/kelch-repeat protein At4g39590	27.100%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LM55`	拟南芥	sp\|Q9LM55\|FBK8_ARATH F-box/kelch-repeat protein At1g22040	24.900%	Swiss-Prot	低置信

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