TkA02G397400 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G397400

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 100951437-100952018 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

417 bp · TkA02G397400|TK1151|cDNA

ATGCGTATAATGGGTAACCAACACAGAGGCGGTCATATTTTTAACATGGATGGCGCCGGCTCCGGTGGTTCAAGCACACCTTTGACCGCCGTCTACGGGTCAACAAAATGCGGACTTCGACAACTCCAATCATCGTTATTCAAAGAATGCAAGAAATCTAAAGTTGGAGTTCATACAGCTTCTCCAGGCATGGTTCTCACCGATTTGCTCTTGAGTGGATCAAGTATTCAAAACAAACAAATGTTTAACATAATATGCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

417 bp · TkA02G397400|TK1151|CDS

ATGCGTATAATGGGTAACCAACACAGAGGCGGTCATATTTTTAACATGGATGGCGCCGGCTCCGGTGGTTCAAGCACACCTTTGACCGCCGTCTACGGGTCAACAAAATGCGGACTTCGACAACTCCAATCATCGTTATTCAAAGAATGCAAGAAATCTAAAGTTGGAGTTCATACAGCTTCTCCAGGCATGGTTCTCACCGATTTGCTCTTGAGTGGATCAAGTATTCAAAACAAACAAATGTTTAACATAATATGCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

138 aa · TkA02G397400|TK1151|PROTEIN

MRIMGNQHRGGHIFNMDGAGSGGSSTPLTAVYGSTKCGLRQLQSSLFKECKKSKVGVHTASPGMVLTDLLLSGSSIQNKQMFNIICELPETVARTLVPRMRVVKGSGKAINYLTPPRILLALVTAWLRRKRWFDDEVY

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G397400`
TK1151 ID	TkA02G397400
OH-1004 ID	LXL04_002546
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	91.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.551 / OH-1004 23.489 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G397400

位置 Chr02:100951437-100952018 (-)

描述 Similar to NYC1: Probable chlorophyll(ide) b reductase NYC1, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g13250`	参与叶绿素 b 降解。	Participation of chlorophyll b reductase in the initial step of the degradation of light-harvesting chlorophyll a/b-protein complexes in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1074/jbc.m109.008912
`At5g04900`	叶绿素b降解所需。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0227100`	对正确的叶绿体降解所必需。	暂无已核实直接文献
`Os03g0654600`	叶绿素b降解所需。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002546 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010304 PSII associated light-harvesting complex II catabolic process 生物过程

GO:0015996 chlorophyll catabolic process 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0034256 chlorophyll(ide) b reductase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G13250

ath:AT5G04900

dosa:Os01g0227100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.463

排名 1 · TkA02G397400 · TK1151

内质网0.334

排名 2 · TkA02G397400 · TK1151

细胞质0.097

排名 3 · TkA02G397400 · TK1151

细胞核0.069

排名 4 · TkA02G397400 · TK1151

细胞膜0.059

排名 5 · TkA02G397400 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00106adh_short7-70 aa

PF13561adh_short_C28-72 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G397400	`PF00106`	adh_short	7	70	1.3e-07	32.1
TkA02G397400	`PF13561`	adh_short_C2	8	72	0.00021	21.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93ZA0`	拟南芥	sp\|Q93ZA0\|NYC1_ARATH Probable chlorophyll(ide) b reductase NYC1, chloroplastic	83.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q8LEU3`	拟南芥	sp\|Q8LEU3\|NOL_ARATH Chlorophyll(ide) b reductase NOL, chloroplastic	40.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q5N800`	水稻	sp\|Q5N800\|NYC1_ORYSJ Probable chlorophyll(ide) b reductase NYC1, chloroplastic	86.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q84ST4`	水稻	sp\|Q84ST4\|NOL_ORYSJ Chlorophyll(ide) b reductase NOL, chloroplastic	47.700%	Swiss-Prot	中等置信

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