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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G397220
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 100881131-100883110 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1312 bp · TkA02G397220|TK1151|cDNA

CGAAAACCTTTCAATGGAGGTGGCCGTGTAGGTGTGGCCGTGTAGGTGTGGGTGTGTGGGACCACTATCATTAGCAGCCCATATAAAAGTATAAAACACATTGCAAAACGACCCACATTCTTACACAACTCTCTCCTAGTTGTATCAGCGAAAATGAGCGGTGCCGGCAAGACGGTCTGCGTTACCGGAGCATCAGGTTACATAGCCTCATGGCTCGTCAAGTTATTACTTCAGCGCGGATACACCGTCAAAGCATCTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

987 bp · TkA02G397220|TK1151|CDS

ATGAGCGGTGCCGGCAAGACGGTCTGCGTTACCGGAGCATCAGGTTACATAGCCTCATGGCTCGTCAAGTTATTACTTCAGCGCGGATACACCGTCAAAGCATCTGTTCGCGATCCCAATAACCCTAAGAAGGTAGACCACTTACTCAAACTCGATGGAGCCAAAGAACGACTTCACTTATTCAAAGCCAACCTCCTTGAAGAAGGCTCCTTCGATGAAGCAATTGTCGGCTGTGAAGGCGTTTTCCACACAGCATCTCC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

328 aa · TkA02G397220|TK1151|PROTEIN

MSGAGKTVCVTGASGYIASWLVKLLLQRGYTVKASVRDPNNPKKVDHLLKLDGAKERLHLFKANLLEEGSFDEAIVGCEGVFHTASPFYHAVTDPQAELIDPAVKGTLNVLNSCSKASSVKRVVVTSSIASIAYNGKPRTPEVVVDETWFSNPDFCKEMKMWYVLSKTLAEEVAWKFAKEKGLDIVTIHPAMVIGPLLQPTLNTSAEAIANLFNGTQTYGNFSFGWVNVKDVANAHIQAFEIPSANGRYCLVEKVAHYSE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G397220
TK1151 IDTkA02G397220
OH-1004 IDLXL04_005154
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)80.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.171 / OH-1004 74.194
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G397220
位置Chr02:100881131-100883110 (+)
描述Similar to CCR1: Cinnamoyl-CoA reductase 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g15950 参与木质素生物合成的后期阶段。
Cloning and characterization of irregular xylem4 (irx4): a severely lignin-deficient mutant of Arabidopsis.2001 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2001.01021.x
Reassessment of effects on lignification and vascular development in the irx4 Arabidopsis mutant.2005 · DOI: 10.1016/j.phytochem.2004.12.016
Redirection of the phenylpropanoid pathway to feruloyl malate in Arabidopsis mutants deficient for cinnamoyl-CoA reductase 1.2008 · DOI: 10.1007/s00425-007-0669-x
The simultaneous repression of CCR and CAD, two enzymes of the lignin biosynthetic pathway, results in sterility and dwarfism in Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1093/mp/ssq045

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005154 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0007623 circadian rhythm 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009699 phenylpropanoid biosynthetic process 生物过程
GO:0009809 lignin biosynthetic process 生物过程
GO:0010597 green leaf volatile biosynthetic process 生物过程
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0000166 nucleotide binding 分子功能
GO:0016616 oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor 分子功能
GO:0016621 cinnamoyl-CoA reductase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G15950
mtr:11424763
mtr:11427940
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.796
排名 1 · TkA02G397220 · TK1151
细胞核0.235
排名 2 · TkA02G397220 · TK1151
内质网0.076
排名 3 · TkA02G397220 · TK1151
细胞膜0.067
排名 4 · TkA02G397220 · TK1151
线粒体0.058
排名 5 · TkA02G397220 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05368NmrA6-105 aa
PF00106adh_short6-74 aa
PF08659KR7-133 aa
PF01370Epimerase8-245 aa
PF02719Polysacc_synt_28-128 aa
PF010733Beta_HSD10-240 aa
PF07993NAD_binding_410-203 aa
PF16363GDP_Man_Dehyd10-263 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G397220PF05368NmrA61052.4e-1144.5
TkA02G397220PF00106adh_short6740.01915.1
TkA02G397220PF08659KR71330.0005720.6
TkA02G397220PF01370Epimerase82451.4e-2384.3
TkA02G397220PF02719Polysacc_synt_281280.008416.0
TkA02G397220PF010733Beta_HSD102402e-1763.8
TkA02G397220PF07993NAD_binding_4102038.9e-1348.7
TkA02G397220PF16363GDP_Man_Dehyd102631.2e-1248.7
TkA02G397220PF13460NAD_binding_10121443.6e-1144.0
TkA02G397220PF05368NmrA2252672.4e-1144.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9S9N9拟南芥sp|Q9S9N9|CCR1_ARATH Cinnamoyl-CoA reductase 150.500%Swiss-Prot高置信

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