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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G391720
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 99534400-99539113 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3248 bp · TkA02G391720|TK1151|cDNA

TAATAACGAAAATAAAAAAGCCAATAAGAAAGCAAGAATAGAGCTGTTCAGGAATTCAAGAGGAATAAAATTTCGCGTACACACTGATTTCTGAAGATCTTCAGAGGTCGTGGGCGAATTTTCAAGCTAGAATATTCCCGATCTTTGTACGCACTTGTTCAGGTGAGCTCTTACTCTATATTCTAGGGTTTCGTTTACTACTACTGATTGTATTTGTGCTCTTGATCGATGTTAGACTCGTTCAACGTTTTCTTCAACGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2181 bp · TkA02G391720|TK1151|CDS

ATGGAGATATCACTTCTCAAAGTCCTTCTCAAAAACATCTCCAGTTTCTTTCATCGCGAAAACACAAATCAAGAAATCGTTTCAAAATACTACCAAAAGATCGAAGAAATACTGAAATTAATCAAACCAGTTCTTGAATCCATCACCGATTCACAAATCTCTTCAAATGAATCCCTTCAAAAGGAATTCACATCCATGAGTCAATCCATTGATGAACTCAAAGACCTTCTAGAAGATTGCCACCCGTTAATGAGTAAAGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

726 aa · TkA02G391720|TK1151|PROTEIN

MEISLLKVLLKNISSFFHRENTNQEIVSKYYQKIEEILKLIKPVLESITDSQISSNESLQKEFTSMSQSIDELKDLLEDCHPLMSKVYFVMQVESLFAKVKSQTLQLFELLQSFPNLPDELSLEVIIQKVKHMGHEKASSILSKAIREYQTEGSGPNPENLSKIVDFLNLKSNQELLIELVALEKLKENAEQSEKINDLESIEEMINLVNHMNDCLIEKKQSENSKSVVIPPDFCCPLSLELMTDPVIVASGQTYERGYI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G391720
TK1151 IDTkA02G391720
OH-1004 IDLXL04_006739
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)96.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 83.352
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G391720
位置Chr02:99534400-99539113 (-)
描述Similar to PUB2: U-box domain-containing protein 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g23140 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At5g67340 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At3g54790 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At3g46510 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At3g54850 与特定的 E2 泛素结合酶一起发挥 E3 泛素连接酶的作用。
Structure and biochemical function of a prototypical Arabidopsis U-box domain.2004 · DOI: 10.1074/jbc.m405057200

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006739 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0034614 cellular response to reactive oxygen species 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0048364 root development 生物过程
GO:0048658 anther wall tapetum development 生物过程
GO:0050777 negative regulation of immune response 生物过程
GO:1904821 chloroplast disassembly 生物过程
GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G23140
ath:AT3G46510
ath:AT3G54790
ath:AT5G67340
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.529
排名 1 · TkA02G391720 · TK1151
细胞核0.332
排名 2 · TkA02G391720 · TK1151
细胞膜0.232
排名 3 · TkA02G391720 · TK1151
高尔基体0.066
排名 4 · TkA02G391720 · TK1151
内质网0.063
排名 5 · TkA02G391720 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25240PUB2_N2-134 aa
PF22766ZW10_C25-65 aa
PF18052Rx_N6-80 aa
PF11698V-ATPase_H_C6-42 aa
PF05659RPW88-84 aa
PF24768ARM_ARMC511-74 aa
PF20945RMP116-73 aa
PF03070TENA_THI-416-57 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G391720PF25240PUB2_N21349.3e-44149.5
TkA02G391720PF22766ZW10_C25650.1712.7
TkA02G391720PF18052Rx_N6800.08313.7
TkA02G391720PF11698V-ATPase_H_C6420.3811.6
TkA02G391720PF05659RPW88840.03914.3
TkA02G391720PF24768ARM_ARMC511741.3e-1661.5
TkA02G391720PF20945RMP116730.04715.0
TkA02G391720PF03070TENA_THI-416570.212.1
TkA02G391720PF24580DUF760718740.01516.1
TkA02G391720PF20936GCIP_C23733.18.9
TkA02G391720PF23005DUF7032321060.09713.2
TkA02G391720PF12717Cnd160860.004117.9
TkA02G391720PF03130HEAT_PBS67792.49.7
TkA02G391720PF13646HEAT_268791.8e-0525.7
TkA02G391720PF03070TENA_THI-41171800.212.1
TkA02G391720PF26551DUF81801221501.89.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O22193拟南芥sp|O22193|PUB4_ARATH U-box domain-containing protein 451.400%Swiss-Prot高置信
Q5XEZ8拟南芥sp|Q5XEZ8|PUB2_ARATH U-box domain-containing protein 247.800%Swiss-Prot中等置信
Q8GWV5拟南芥sp|Q8GWV5|PUB3_ARATH U-box domain-containing protein 339.900%Swiss-Prot中等置信
Q9SNC6拟南芥sp|Q9SNC6|PUB13_ARATH U-box domain-containing protein 1327.200%Swiss-Prot低置信
Q8VZ40拟南芥sp|Q8VZ40|PUB14_ARATH U-box domain-containing protein 1426.800%Swiss-Prot低置信

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