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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G372830
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 94872187-94873917 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1020 bp · TkA02G372830|TK1151|cDNA

AATATAGTCTACAGCTAACAGCTCTACACCCATCCAATCACCCATTCACCCCCATAGTTTGGGTCTCTGCACTGGGGACTGCTAAATAGCAATCCCTTCGTCCTCCGGCAGCAACTATATGGCGGCAACAATGGGTGGCGCCTTTAACTCTTCGTCATGCCCATCCATAACGCTCTTCAGGAGGAGCACCGGTGTTACTAGGATAAGCGATAACTTCGAGAGAACCAGACAACAATGTCGGTTATCTTCTTCCTTTTGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

633 bp · TkA02G372830|TK1151|CDS

ATGGCGGCAACAATGGGTGGCGCCTTTAACTCTTCGTCATGCCCATCCATAACGCTCTTCAGGAGGAGCACCGGTGTTACTAGGATAAGCGATAACTTCGAGAGAACCAGACAACAATGTCGGTTATCTTCTTCCTTTTGTTGTACACCAGTTAATAGCTGTTCTCCGTTGCCTGTTTTCTCTTCTACGCTTTCAAATGCTTCTTCCAAACTCCATAAGTCTCCTCAAGTTGTAGCCTGTGCCCCTTCGTCACAGCCAGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

210 aa · TkA02G372830|TK1151|PROTEIN

MAATMGGAFNSSSCPSITLFRRSTGVTRISDNFERTRQQCRLSSSFCCTPVNSCSPLPVFSSTLSNASSKLHKSPQVVACAPSSQPEKTTTAFTSSTKLYVSDFEGLIAIDSKAVPVNLQFGLSFRTSEEGLRNAFQSFGQLIDVNLVMDKIANRSRGFAFLRYATKEESEKAIEGMHGKFLDGRVIFVEYAKPRSQLNQVIKQDQKPYQ

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G372830
TK1151 IDTkA02G372830
OH-1004 IDLXL04_015041
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)83.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G372830
位置Chr02:94872187-94873917 (+)
描述Similar to ORRM6: Organelle RRM domain-containing protein 6, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g73530 参与叶绿体 RNA 的 C 到 U 编辑。
An Organelle RNA Recognition Motif Protein Is Required for Photosystem II Subunit psbF Transcript Editing.2017 · DOI: 10.1104/pp.16.01623
At5g54580 参与线粒体 RNA 的 C 到 U 编辑。
Two RNA recognition motif-containing proteins are plant mitochondrial editing factors.2015 · DOI: 10.1093/nar/gkv245
At3g20930 参与叶绿体 RNA 的 C 到 U 编辑。
An RNA recognition motif-containing protein is required for plastid RNA editing in Arabidopsis and maize.2013 · DOI: 10.1073/pnas.1220162110
At5g06210 可能的RNA结合蛋白，可能参与盐胁迫和氧化胁迫耐受。
The Arabidopsis chloroplast protein S-RBP11 is involved in oxidative and salt stress responses.2014 · DOI: 10.1007/s00299-013-1560-9

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0730800 参与叶绿体 RNA 的 C 到 U 编辑。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015041 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:1900871 chloroplast mRNA modification 生物过程
GO:1901002 positive regulation of response to salt stress 生物过程
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G73530
ath:AT5G06210
ath:AT5G54580
dosa:Os02g0730800
osa:4330618
zma:100304402
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.952
排名 1 · TkA02G372830 · TK1151
细胞核0.047
排名 2 · TkA02G372830 · TK1151
线粒体0.040
排名 3 · TkA02G372830 · TK1151
细胞质0.018
排名 4 · TkA02G372830 · TK1151
细胞膜0.010
排名 5 · TkA02G372830 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00076RRM_1122-187 aa
PF28976RRM_ACIN1132-180 aa
PF05172RRM_Nup35134-192 aa
PF00076RRM_1188-196 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G372830PF00076RRM_11221873.7e-1659.5
TkA02G372830PF28976RRM_ACIN11321800.2212.4
TkA02G372830PF05172RRM_Nup351341920.04314.5
TkA02G372830PF00076RRM_11881963.7e-1659.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FX45拟南芥sp|Q9FX45|ORRM6_ARATH Organelle RRM domain-containing protein 6, chloroplastic71.400%Swiss-Prot低置信
Q9FIU6拟南芥sp|Q9FIU6|ORRM2_ARATH Organelle RRM domain-containing protein 2, mitochondrial60.200%Swiss-Prot低置信
Q8L440拟南芥sp|Q8L440|ORRM1_ARATH Organelle RRM domain-containing protein 1, chloroplastic49.400%Swiss-Prot低置信
Q9FFZ6拟南芥sp|Q9FFZ6|RBP11_ARATH Small RNA-binding protein 11, chloroplastic45.100%Swiss-Prot低置信
Q6YWP9水稻sp|Q6YWP9|ORRM1_ORYSJ Organelle RRM domain-containing protein 1, chloroplastic47.600%Swiss-Prot低置信

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