TkA02G371900 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G371900

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 94664667-94666232 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1536 bp · TkA02G371900|TK1151|cDNA

ATGCCATTGCGGCTGTGGAATCATTCCCCAAGAACCCACATATTCCCAATCTATTTGCTCACCGTCTCCAAGCTTCAATGGGTATCGAAAATTTCATCGATCTCAAAATCGCAAGGTCAAACTCGAGGCGCGGCGTCAGTATGGTTCGTTAAGGTTGTATGCACATTATATGTTCGACGTAAATCCCCTGTGACCGAAGTTCGATTTTCCGATTATCTTCGCAAAAGTTTAAACTCCTCGACTGCTTTTAGTGTTATCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1536 bp · TkA02G371900|TK1151|CDS

ATGCCATTGCGGCTGTGGAATCATTCCCCAAGAACCCACATATTCCCAATCTATTTGCTCACCGTCTCCAAGCTTCAATGGGTATCGAAAATTTCATCGATCTCAAAATCGCAAGGTCAAACTCGAGGCGCGGCGTCAGTATGGTTCGTTAAGGTTGTATGCACATTATATGTTCGACGTAAATCCCCTGTGACCGAAGTTCGATTTTCCGATTATCTTCGCAAAAGTTTAAACTCCTCGACTGCTTTTAGTGTTATCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

511 aa · TkA02G371900|TK1151|PROTEIN

MPLRLWNHSPRTHIFPIYLLTVSKLQWVSKISSISKSQGQTRGAASVWFVKVVCTLYVRRKSPVTEVRFSDYLRKSLNSSTAFSVIEHINTNWNNPNMAFSFLQYTKVMLNLVHSFETYDFLLHSICQVGAHDLAKPVLDLMRIDGLFPDSSLLSIIITSFINAGKLDVAKELITDYSQYTIETDHPPLSCSLFNRLLSSLMKSNKVILTSSQCYSPDVYTFNIVISGLCKAREVTKAFELLQKMHMVDKCSPNVVTFTS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G371900`
TK1151 ID	TkA02G371900
OH-1004 ID	LXL04_015049
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	96.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.673 / OH-1004 84.281 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA02G371900`
位置	Chr02:94664667-94666232 (-)
描述	Similar to At2g06000: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g06000
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_015049` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分 GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分 GO:0009507 chloroplast 细胞组分 GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ath:AT1G05670 ath:AT2G06000 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.724

排名 1 · TkA02G371900 · TK1151

质体0.157

排名 2 · TkA02G371900 · TK1151

细胞核0.062

排名 3 · TkA02G371900 · TK1151

细胞质0.039

排名 4 · TkA02G371900 · TK1151

细胞膜0.011

排名 5 · TkA02G371900 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08579RPM277-128 aa

PF17177PPR_long78-166 aa

PF12921ATP1379-96 aa

PF29070MSC6_N113-175 aa

PF13812PPR_3117-158 aa

PF12854PPR_1118-143 aa

PF13041PPR_2118-161 aa

PF01535PPR118-146 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G371900	`PF08579`	RPM2	77	128	0.0017	19.5
TkA02G371900	`PF17177`	PPR_long	78	166	1.1e-20	74.6
TkA02G371900	`PF12921`	ATP13	79	96	1e-07	32.5
TkA02G371900	`PF29070`	MSC6_N	113	175	2e-14	54.2
TkA02G371900	`PF13812`	PPR_3	117	158	2e-37	127.8
TkA02G371900	`PF12854`	PPR_1	118	143	1.9e-89	293.8
TkA02G371900	`PF13041`	PPR_2	118	161	4.8e-85	280.2
TkA02G371900	`PF01535`	PPR	118	146	2.8e-63	206.6
TkA02G371900	`PF23276`	TPR_24	119	176	8e-23	81.5
TkA02G371900	`PF12921`	ATP13	144	178	1e-07	32.5
TkA02G371900	`PF12854`	PPR_1	145	173	1.9e-89	293.8
TkA02G371900	`PF10037`	MRP-S27	146	170	9.1e-12	45.3
TkA02G371900	`PF24760`	TPR_IF140_C	154	175	0.012	16.7
TkA02G371900	`PF01535`	PPR	155	174	2.8e-63	206.6
TkA02G371900	`PF13041`	PPR_2	156	175	4.8e-85	280.2
TkA02G371900	`PF14689`	SPOB_a	157	183	0.0026	18.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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