TkA02G356850 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G356850

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 90647749-90649953 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

720 bp · TkA02G356850|TK1151|cDNA

ACCAATTAAACCATTAAAAATAAGAAGTCTCAAAGTGCCTTTAATTTTTGGGTTTTGACGGGTTTTGTGTTCTGGAATCCCCTTCGAATCAATTACCGAGTCTCTCTCACTGGTCACTACAGAGAAAGACAACCAGAGGGAAAGAGATTAAGGCCGGTCGTGATGAGTCGGAGCTTAGGTATACCGGTGAAGCTGCTCCACGAGGCCGCCGGTCACATTGTGACCGTAGAACTTAAAAGCGGAGAAGTGTACAGAGGAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

387 bp · TkA02G356850|TK1151|CDS

ATGAGTCGGAGCTTAGGTATACCGGTGAAGCTGCTCCACGAGGCCGCCGGTCACATTGTGACCGTAGAACTTAAAAGCGGAGAAGTGTACAGAGGAAGCTTGGTGGAATGCGAAGACAACTGGAACTGCCAAGTGGAAAACGTTACTTTCACCGCTAAGGATGGAAAGGTCTCACAACTTGAGCATGTCTTTATTCGAGGCAGCAAAGTTAGGTTTTTGATCATACCAGACATGCTTAAAAACGCTCCTATGTTCAAAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

128 aa · TkA02G356850|TK1151|PROTEIN

MSRSLGIPVKLLHEAAGHIVTVELKSGEVYRGSLVECEDNWNCQVENVTFTAKDGKVSQLEHVFIRGSKVRFLIIPDMLKNAPMFKRLEARIKGKSSALGVGRGRAVAMRARAQAAGRGGAAGPGRGR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G356850`
TK1151 ID	TkA02G356850
OH-1004 ID	LXL04_015199
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 78.906 / OH-1004 78.906 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G356850

位置 Chr02:90647749-90649953 (-)

描述 Similar to SMD3B: Small nuclear ribonucleoprotein SmD3b

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g20580`	剪接体U1、U2、U4和U5小核核糖核蛋白（snRNPs）的核心组分，是剪接体的构建模块（通过相似性）。	暂无已核实直接文献
`At1g76300`	剪接体U1、U2、U4和U5小核核糖核蛋白（snRNPs）的核心组分，是剪接体的构建模块（通过相似性）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015199 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000244 spliceosomal tri-snRNP complex assembly 生物过程

GO:0000245 spliceosomal complex assembly 生物过程

GO:0000387 spliceosomal snRNP assembly 生物过程

GO:0000388 spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) 生物过程

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006479 protein methylation 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0036261 7-methylguanosine cap hypermethylation 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0048025 negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0048589 developmental growth 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G20580

ath:AT1G76300

hsa:6634

mmu:67332

xla:431993

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.795

排名 1 · TkA02G356850 · TK1151

细胞质0.369

排名 2 · TkA02G356850 · TK1151

细胞膜0.034

排名 3 · TkA02G356850 · TK1151

内质网0.026

排名 4 · TkA02G356850 · TK1151

线粒体0.025

排名 5 · TkA02G356850 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01423LSM10-74 aa

PF14438SM-ATX11-53 aa

PF21838DUF689719-41 aa

PF28808PT347-107 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G356850	`PF01423`	LSM	10	74	2.3e-18	66.4
TkA02G356850	`PF14438`	SM-ATX	11	53	0.0011	19.8
TkA02G356850	`PF21838`	DUF6897	19	41	0.15	12.6
TkA02G356850	`PF28808`	PT3	47	107	0.06	14.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LM92`	拟南芥	sp\|Q9LM92\|SMD3B_ARATH Small nuclear ribonucleoprotein SmD3b	86.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9S7E6`	拟南芥	sp\|Q9S7E6\|SMD3A_ARATH Small nuclear ribonucleoprotein SmD3a	81.300%	Swiss-Prot	高置信

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