RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G312230
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 79444259-79450110 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2547 bp · TkA02G312230|TK1151|cDNA

ATGCCAAAGAAAACGATAGTGGATGGAACGGTTTTTATGGGCGCTATGTTTTTCACAATACTCACCATTACATTTAATGGATTCTCTGAGCTCGGATTAAGCATTATAAAACTTCCGGTGTTCTACAAGCAAAGAGACCTGCTTTTCTATCCTGCGTGGGTATACTCGCTGCCCACGTGGTTCCTCAAGATCCCAGTCACAGTGATTGAAGTTGCCACGTGGGTATTCTTGACGTATTTTGTCGTAGGGTTTGATCCAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2547 bp · TkA02G312230|TK1151|CDS

ATGCCAAAGAAAACGATAGTGGATGGAACGGTTTTTATGGGCGCTATGTTTTTCACAATACTCACCATTACATTTAATGGATTCTCTGAGCTCGGATTAAGCATTATAAAACTTCCGGTGTTCTACAAGCAAAGAGACCTGCTTTTCTATCCTGCGTGGGTATACTCGCTGCCCACGTGGTTCCTCAAGATCCCAGTCACAGTGATTGAAGTTGCCACGTGGGTATTCTTGACGTATTTTGTCGTAGGGTTTGATCCAGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

848 aa · TkA02G312230|TK1151|PROTEIN

MPKKTIVDGTVFMGAMFFTILTITFNGFSELGLSIIKLPVFYKQRDLLFYPAWVYSLPTWFLKIPVTVIEVATWVFLTYFVVGFDPDAGRFFRQLLLLICIHQMASAVFRFIAALGRNIIVANTFGSFAFLAFIVLGGFVLARDDIKSWWGWGYWLSPLMYGQNGMAVNEFLGKSWRQVLPNSTETLGVAVLKSRGLFPQAKWYWISVGALLGYMFVFNVFNILALTYLNPLGKPQAVLSEEELAARNAIKTRDTVELSV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G312230
TK1151 IDTkA02G312230
OH-1004 IDLXL04_015583
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)93.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 62.207
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G312230
位置Chr02:79444259-79450110 (-)
描述Similar to PDR1: Pleiotropic drug resistance protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g15520 可能参与脱落酸的跨膜输入及相关信号转导。
PDR-type ABC transporter mediates cellular uptake of the phytohormone abscisic acid.2010 · DOI: 10.1073/pnas.0909222107
ABA transport factors found in Arabidopsis ABC transporters.2010 · DOI: 10.4161/psb.5.9.12566
Arabidopsis Lectin Receptor Kinases LecRK-IX.1 and LecRK-IX.2 Are Functional Analogs in Regulating Phytophthora Resistance and Plant Cell Death.2015 · DOI: 10.1094/mpmi-02-15-0025-r
Abscisic acid transporters cooperate to control seed germination.2015 · DOI: 10.1038/ncomms9113

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
UniProt: A2WSH0 可能是一种一般防御蛋白。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015583 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0002229 defense response to oomycetes 生物过程
GO:0009408 response to heat 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009723 response to ethylene 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程
GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程
GO:0009914 hormone transport 生物过程
GO:0010193 response to ozone 生物过程
GO:0010496 intercellular transport 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G15520
dosa:Os01g0609300
nta:107799533
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.574
排名 1 · TkA02G312230 · TK1151
内质网0.185
排名 2 · TkA02G312230 · TK1151
溶酶体／液泡0.123
排名 3 · TkA02G312230 · TK1151
细胞质0.091
排名 4 · TkA02G312230 · TK1151
高尔基体0.080
排名 5 · TkA02G312230 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01061ABC2_membrane11-171 aa
PF12698ABC2_membrane_372-223 aa
PF08370PDR_assoc176-238 aa
PF01061ABC2_membrane210-224 aa
PF00005ABC_tran333-485 aa
PF13481AAA_25336-361 aa
PF13304AAA_21345-364 aa
PF13555AAA_29345-362 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G312230PF01061ABC2_membrane111714.4e-83278.7
TkA02G312230PF12698ABC2_membrane_3722231.88.3
TkA02G312230PF08370PDR_assoc1762384.4e-29100.7
TkA02G312230PF01061ABC2_membrane2102244.4e-83278.7
TkA02G312230PF00005ABC_tran3334855.2e-2176.4
TkA02G312230PF13481AAA_253363610.212.0
TkA02G312230PF13304AAA_213453644.8e-0627.5
TkA02G312230PF13555AAA_293453620.05514.0
TkA02G312230PF03193RsgA_GTPase3453670.1412.7
TkA02G312230PF02463SMC_N3453630.3311.0
TkA02G312230PF13304AAA_214645184.8e-0627.5
TkA02G312230PF02463SMC_N4655210.3311.0
TkA02G312230PF19055ABC2_membrane_75145600.0002420.9
TkA02G312230PF01061ABC2_membrane6046604.4e-83278.7
TkA02G312230PF12698ABC2_membrane_36286461.88.3
TkA02G312230PF12698ABC2_membrane_36628361.88.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9M9E1拟南芥sp|Q9M9E1|AB40G_ARATH ABC transporter G family member 4063.600%Swiss-Prot高置信
A2WSH0水稻sp|A2WSH0|AB36G_ORYSI ABC transporter G family member 3662.900%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看