TkA02G292520 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G292520

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 74666769-74667637 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

754 bp · TkA02G292520|TK1151|cDNA

AATCACAGTAATCATCATATGGGGTGTGATGATAATGACGGTGGTCTTGAATTGGGGCTAGGATTGAGTATTGGTAGTGGTTTAAAGACGAAGGAAGAAGATTCTTGTTCATCATCTTCATCATCGTCTTCTTTTGTCAATATCCCCAATTCCCCCATTGTTGGTACCAACAAAGCTCCGGTTGACTCTGTTTCACCTCCTAATGCTACCAGTCTGGTTGGATGGCCGCCGATAACACGAGCTAACCGGAATCCAATCGT...

CDS

下载 CDS FASTA

663 bp · TkA02G292520|TK1151|CDS

ATGGGGTGTGATGATAATGACGGTGGTCTTGAATTGGGGCTAGGATTGAGTATTGGTAGTGGTTTAAAGACGAAGGAAGAAGATTCTTGTTCATCATCTTCATCATCGTCTTCTTTTGTCAATATCCCCAATTCCCCCATTGTTGGTACCAACAAAGCTCCGGTTGACTCTGTTTCACCTCCTAATGCTACCAGTCTGGTTGGATGGCCGCCGATAACACGAGCTAACCGGAATCCAATCGTGGCTCACCGGATTAAGCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

220 aa · TkA02G292520|TK1151|PROTEIN

MGCDDNDGGLELGLGLSIGSGLKTKEEDSCSSSSSSSSFVNIPNSPIVGTNKAPVDSVSPPNATSLVGWPPITRANRNPIVAHRIKPEHDDFISRPVNNNRINDNGYLSVKVNMDGTLIGRKVNLNAHISYETLSQTLENMFHGSRKQAKIAGFGVSRILAQKMDPCNSSVGTIAYMSRERINTGHIWLAKRHNLYIIIRTRTEKTQVPLTLGLLTDLFD

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G292520`
TK1151 ID	TkA02G292520
OH-1004 ID	LXL04_018712
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	77.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 68.636 / OH-1004 57.795 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G292520

位置 Chr02:74666769-74667637 (-)

描述 Similar to IAA13: Auxin-responsive protein IAA13

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g21220`	丝裂原激活蛋白激酶激酶，可调节参与根生长和气孔反应的 MAPKKK20-MKK5-MPK6 级联中的脱落酸反应，可能是通过蛋白质磷酸化激活 MAPK6 来实现的。	Cell death mediated by MAPK is associated with hydrogen peroxide production in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1074/jbc.m109495200 MAP kinase signalling cascade in Arabidopsis innate immunity.2002 · DOI: 10.1038/415977a Stomatal development and patterning are regulated by environmentally responsive mitogen-activated protein kinases in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.048298 Ethylene signaling is required for the acceleration of cell death induced by the activation of AtMEK5 in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1038/cr.2008.29 Regulation of floral organ abscission in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0805539105 A Pseudomonas syringae ADP-ribosyltransferase inhibits Arabidopsis mitogen-activated protein kinase kinases.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.075697 A MAPK cascade downstream of ERECTA receptor-like protein kinase regulates Arabidopsis inflorescence architecture by promoting localized cell proliferation.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.104695 Brassinosteroid-regulated GSK3/Shaggy-like kinases phosphorylate mitogen-activated protein (MAP) kinase kinases, which control stomata development in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m112.384453 MKK5 regulates high light-induced gene expression of Cu/Zn superoxide dismutase 1 and 2 in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1093/pcp/pct072 Identification of BZR1-interacting proteins as potential components of the brassinosteroid signaling pathway in Arabidopsis through tandem affinity purification.2013 · DOI: 10.1074/mcp.m113.029256 AIK1, A Mitogen-Activated Protein Kinase, Modulates Abscisic Acid Responses through the MKK5-MPK6 Kinase Cascade.2017 · DOI: 10.1104/pp.16.01386
`At1g51660`	参与高敏感反应样细胞死亡期间过氧化氢生成的第二阶段。	MAP kinase signalling cascade in Arabidopsis innate immunity.2002 · DOI: 10.1038/415977a Stomatal development and patterning are regulated by environmentally responsive mitogen-activated protein kinases in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.048298 Regulation of floral organ abscission in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0805539105 Arabidopsis MKK4 mediates osmotic-stress response via its regulation of MPK3 activity.2011 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2011.07.064 A MAPK cascade downstream of ERECTA receptor-like protein kinase regulates Arabidopsis inflorescence architecture by promoting localized cell proliferation.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.104695 Brassinosteroid-regulated GSK3/Shaggy-like kinases phosphorylate mitogen-activated protein (MAP) kinase kinases, which control stomata development in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m112.384453
`At2g33310`	Aux/IAA 蛋白是短命转录因子，在低生长素浓度下充当早期生长素响应基因的阻遏物。	暂无已核实直接文献
`At4g28640`	Aux/IAA 蛋白是短命转录因子，在低生长素浓度下充当早期生长素响应基因的阻遏物。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0355300`	Aux/IAA 蛋白是短命转录因子，在低生长素浓度下充当早期生长素响应基因的阻遏物。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018712 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009880 embryonic pattern specification 生物过程

GO:0010051 xylem and phloem pattern formation 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G04550

ath:AT2G33310

ath:AT4G28640

dosa:Os02g0817600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.664

排名 1 · TkA02G292520 · TK1151

细胞质0.291

排名 2 · TkA02G292520 · TK1151

细胞膜0.108

排名 3 · TkA02G292520 · TK1151

内质网0.065

排名 4 · TkA02G292520 · TK1151

质体0.035

排名 5 · TkA02G292520 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02309AUX_IAA52-147 aa

PF20011fvmJAB_N86-156 aa

PF00069Pkinase139-184 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G292520	`PF02309`	AUX_IAA	52	147	3.1e-19	70.4
TkA02G292520	`PF20011`	fvmJAB_N	86	156	0.11	13.1
TkA02G292520	`PF00069`	Pkinase	139	184	0.0012	19.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RXG3`	拟南芥	sp\|Q8RXG3\|M2K5_ARATH Mitogen-activated protein kinase kinase 5	77.800%	Swiss-Prot	低置信
`O80397`	拟南芥	sp\|O80397\|M2K4_ARATH Mitogen-activated protein kinase kinase 4	77.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q38831`	拟南芥	sp\|Q38831\|IAA13_ARATH Auxin-responsive protein IAA13	43.900%	Swiss-Prot	低置信
`Q38829`	拟南芥	sp\|Q38829\|IAA11_ARATH Auxin-responsive protein IAA11	42.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q69TU6`	水稻	sp\|Q69TU6\|IAA22_ORYSJ Auxin-responsive protein IAA22	38.700%	Swiss-Prot	低置信

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