TkA02G287240 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G287240

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 73363796-73369571 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4032 bp · TkA02G287240|TK1151|cDNA

CTGATGGACTGACCTTGTTAAGGGCTATTGTTAATAACTTGTAGAGAACCTTCAAAATCTCGAGACCGGCCTTGGCTATCAGCTTCCGGTTTCGGCTAGAAGCTTTTAGTTGCCAAAAACACAGGGAGGAATCACATACTCACTAGAAAGAATTGATTAATATATTCAGCTATTTATTCTTGCTTGCTTTTCCTCCCGCCACGGCTCGAAGGTCTCACATAACCATGCCCCAATATCGGTCGACAAAATGCATTTCAGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

3495 bp · TkA02G287240|TK1151|CDS

ATGCATTTCAGGTTAGGGTTTCTGTTGACATCCAATCTCAGAAGGAAATCTCCACTGTCTACTTTCTTCACACACAACACTTCCTCAACAAGTAGCGTGCTTGGTTATTCTCTGGTACTACATCGCCGTTCTTCAAGCATCAACCATGGAGGTCCCTTTTCCCGGTTACTTTCATCGAGTTTGCACTATGGAGGAGCACGTTATCTTAGCGGCTACGCAGTTGATCAGTTCTCGGACGACGAGTACGAATGTGATTACGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1164 aa · TkA02G287240|TK1151|PROTEIN

MHFRLGFLLTSNLRRKSPLSTFFTHNTSSTSSVLGYSLVLHRRSSSINHGGPFSRLLSSSLHYGGARYLSGYAVDQFSDDEYECDYETNPASSSVANIDEWKWKLSMLLHSKTEQEIVTRDKRDKRDYEQISNLAKKMGLYCELYGKVVVASKVPLPHYRPDLDDKRPQREVVIPLSLQRRVEGLLQEHLDRMQSIKASSSTSESSHHAELANRGGNGSSDPLVDGSLMEKVLQRRSLQMRNMQRSWEESPEGKKMLQGR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G287240`
TK1151 ID	TkA02G287240
OH-1004 ID	LXL04_015774
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G287240

位置 Chr02:73363796-73369571 (-)

描述 Similar to At1g48650: DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g48650`	DExH-box ATP依赖性RNA解旋酶DExH3。	暂无已核实直接文献
`At2g01130`	线粒体DExH-盒ATP依赖性RNA解旋酶DExH5。	暂无已核实直接文献
`At2g35920`	DExH-盒ATP依赖性RNA解旋酶DExH1。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015774 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001503 ossification 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006359 regulation of transcription by RNA polymerase III 生物过程

GO:0007283 spermatogenesis 生物过程

GO:0009615 response to virus 生物过程

GO:0010628 positive regulation of gene expression 生物过程

GO:0017148 negative regulation of translation 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0031442 positive regulation of mRNA 3'-end processing 生物过程

GO:0032206 positive regulation of telomere maintenance 生物过程

GO:0034605 cellular response to heat 生物过程

GO:0034644 cellular response to UV 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G48650

ath:AT2G01130

ath:AT2G35920

mmu:72162

rno:310461

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.721

排名 1 · TkA02G287240 · TK1151

质体0.125

排名 2 · TkA02G287240 · TK1151

细胞核0.117

排名 3 · TkA02G287240 · TK1151

细胞质0.103

排名 4 · TkA02G287240 · TK1151

过氧化物酶体0.023

排名 5 · TkA02G287240 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF27261DEXH1_3_5_N99-170 aa

PF26341AAA_SelU171-201 aa

PF26026RNA_hel_CTD255-277 aa

PF02562PhoH267-293 aa

PF00437T2SSE268-299 aa

PF20720nSTAND3270-296 aa

PF00270DEAD271-425 aa

PF00063Myosin_head271-295 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G287240	`PF27261`	DEXH1_3_5_N	99	170	9.2e-34	116.2
TkA02G287240	`PF26341`	AAA_SelU	171	201	0.12	12.6
TkA02G287240	`PF26026`	RNA_hel_CTD	255	277	6.6e-24	84.2
TkA02G287240	`PF02562`	PhoH	267	293	0.14	12.3
TkA02G287240	`PF00437`	T2SSE	268	299	0.0086	15.5
TkA02G287240	`PF20720`	nSTAND3	270	296	0.0034	17.8
TkA02G287240	`PF00270`	DEAD	271	425	1.4e-09	38.6
TkA02G287240	`PF00063`	Myosin_head	271	295	0.1	11.5
TkA02G287240	`PF13245`	AAA_19	274	391	0.015	16.2
TkA02G287240	`PF06745`	ATPase	274	306	0.028	14.5
TkA02G287240	`PF13401`	AAA_22	278	418	0.00065	20.7
TkA02G287240	`PF13173`	AAA_14	279	304	0.062	14.0
TkA02G287240	`PF13476`	AAA_23	279	294	0.13	13.6
TkA02G287240	`PF26341`	AAA_SelU	280	298	0.12	12.6
TkA02G287240	`PF05729`	NACHT	281	297	0.072	13.6
TkA02G287240	`PF13173`	AAA_14	373	416	0.062	14.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4HYJ7`	拟南芥	sp\|F4HYJ7\|DEXH3_ARATH DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH3	63.600%	Swiss-Prot	高置信
`F4IM84`	拟南芥	sp\|F4IM84\|DEXH5_ARATH DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH5, mitochondrial	60.900%	Swiss-Prot	高置信
`F4ILR7`	拟南芥	sp\|F4ILR7\|DEXH1_ARATH DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH1	49.300%	Swiss-Prot	中等置信

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