TkA02G243940 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G243940

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 62627017-62646315 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

624 bp · TkA02G243940|TK1151|cDNA

ATGGCGGGGGTGTCAGCTCTTGCCAAATACAATTTGGTATTTTTGGGAGATCAATCGGTCGGGAAAACCAGCATCATCGCCAGATTCATGTATGACAAATTCGATACCACGTATCAGGCTACAATCGGCATTGATTTCTTGTCAAAAACAATGTACCTTGAAGATAGGACAATTCGGTTACAACTTTGGGATACTACTGGGCAAGAGAGATTTAGGAGTCTCATTCCAAGCTATATAAGAGATTCATCGGTTGCAGTAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

624 bp · TkA02G243940|TK1151|CDS

ATGGCGGGGGTGTCAGCTCTTGCCAAATACAATTTGGTATTTTTGGGAGATCAATCGGTCGGGAAAACCAGCATCATCGCCAGATTCATGTATGACAAATTCGATACCACGTATCAGGCTACAATCGGCATTGATTTCTTGTCAAAAACAATGTACCTTGAAGATAGGACAATTCGGTTACAACTTTGGGATACTACTGGGCAAGAGAGATTTAGGAGTCTCATTCCAAGCTATATAAGAGATTCATCGGTTGCAGTAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

207 aa · TkA02G243940|TK1151|PROTEIN

MAGVSALAKYNLVFLGDQSVGKTSIIARFMYDKFDTTYQATIGIDFLSKTMYLEDRTIRLQLWDTTGQERFRSLIPSYIRDSSVAVIVYDVANRASFLNTPKWIEEVRNERGTDVIIVLVGNKTDLVDKRQVSIEEGDGKARDLGVMLIETGAKAGFNIKPLFRKIAAALPGMKNSSSTKQEDMVDVNLKSSNNASHSDRQGGGCGC

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G243940`
TK1151 ID	TkA02G243940
OH-1004 ID	LXL04_007458
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	89.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G243940

位置 Chr02:62627017-62646315 (+)

描述 Similar to RABH1E: Ras-related protein RABH1e

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g10260`	蛋白质运输。	暂无已核实直接文献
`At2g22290`	蛋白质运输。	暂无已核实直接文献
`At2g44610`	蛋白质运输。	暂无已核实直接文献
`At4g39890`	蛋白质运输。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007458 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001558 regulation of cell growth 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006887 exocytosis 生物过程

GO:0006890 retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum 生物过程

GO:0006891 intra-Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0034067 protein localization to Golgi apparatus 生物过程

GO:0042147 retrograde transport, endosome to Golgi 生物过程

GO:0052324 plant-type cell wall cellulose biosynthetic process 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0002080 acrosomal membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G22290

ath:AT2G44610

ath:AT4G39890

ath:AT5G10260

pon:100172563

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.490

排名 1 · TkA02G243940 · TK1151

高尔基体0.432

排名 2 · TkA02G243940 · TK1151

溶酶体／液泡0.167

排名 3 · TkA02G243940 · TK1151

内质网0.163

排名 4 · TkA02G243940 · TK1151

细胞膜0.158

排名 5 · TkA02G243940 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03193RsgA_GTPase6-30 aa

PF12775AAA_78-50 aa

PF00025Arf9-130 aa

PF00009GTP_EFTU11-33 aa

PF09439SRPRB11-92 aa

PF00071Ras12-169 aa

PF08477Roc12-125 aa

PF01926MMR_HSR112-119 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G243940	`PF03193`	RsgA_GTPase	6	30	0.001	19.6
TkA02G243940	`PF12775`	AAA_7	8	50	0.094	13.0
TkA02G243940	`PF00025`	Arf	9	130	3.2e-13	50.3
TkA02G243940	`PF00009`	GTP_EFTU	11	33	2.7e-05	24.6
TkA02G243940	`PF09439`	SRPRB	11	92	0.0024	18.0
TkA02G243940	`PF00071`	Ras	12	169	5.4e-53	179.6
TkA02G243940	`PF08477`	Roc	12	125	5.5e-36	124.1
TkA02G243940	`PF01926`	MMR_HSR1	12	119	0.0005	20.9
TkA02G243940	`PF04670`	Gtr1_RagA	12	130	0.0014	18.8
TkA02G243940	`PF00009`	GTP_EFTU	43	166	2.7e-05	24.6
TkA02G243940	`PF02421`	FeoB_N	110	166	0.026	14.8
TkA02G243940	`PF03193`	RsgA_GTPase	112	167	0.001	19.6
TkA02G243940	`PF14086`	DUF4266	171	207	0.09	14.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LFT9`	拟南芥	sp\|Q9LFT9\|RAH1E_ARATH Ras-related protein RABH1e	86.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SID8`	拟南芥	sp\|Q9SID8\|RAH1D_ARATH Ras-related protein RABH1d	84.500%	Swiss-Prot	高置信
`O80501`	拟南芥	sp\|O80501\|RAH1B_ARATH Ras-related protein RABH1b	85.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SMR4`	拟南芥	sp\|Q9SMR4\|RAH1C_ARATH Ras-related protein RABH1c	77.300%	Swiss-Prot	高置信

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