TkA02G189620 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G189620

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 48633501-48642597 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

6207 bp · TkA02G189620|TK1151|cDNA

CCACGGTGTTCCTGTTAATCAAAAACAAAAAGCTTTTATGATTGTTGCTAATCAACTCCACCCCAAGCTTCTTCCACTGCCGACTTGGGTTGCCGGTCACCCGTTCCCTTCCTTACCCACTCACATATCTAGTACCCGTTTGCTCTAAATTTCCAATCTCTGTCTTGCTCAGAAAGAAAAAGACCAACCCCTCTATATATATTCATACACATACCATCGAGAAAAACATACAAGTTACACATACCCACAGGTAGAAATGC...

CDS

下载 CDS FASTA

5385 bp · TkA02G189620|TK1151|CDS

ATGCATCGCTATAACGCCTGGCTACCACCTCCGGTCGCCGACGCCACCAAGAAAGAGCGAGAATCCTTCGCTCGTGTTGTATCATCCGTGAAAGAGTCGTATACTACGGGTGATCCAGAATCTGTCTACTCCACTCTCAAATGGATATCAGTCATTGACCTATTTGTAAAGGCAAAGAGTGAAGTATCACTGGAAGATGTTTCCATTCTTGTGGAATTTGGTCTGCAAGTGTTTCATTCATCACAAGACAAGCTTTATGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1794 aa · TkA02G189620|TK1151|PROTEIN

MHRYNAWLPPPVADATKKERESFARVVSSVKESYTTGDPESVYSTLKWISVIDLFVKAKSEVSLEDVSILVEFGLQVFHSSQDKLYAQVRWGNVLVSLLNKFRKKLTLKVDWRPFYDTLIQTHFIRNTGPEGWRIRQRHFETVTSLVRSCRRFFPPNSAHEIWTEFRSLLENPWHNSAFEGSGFVRLFLPTNLDNQNFYSREWINACILQWDSIPNCPFWNSQWAAIIARVIKNYKSNDWEDLVPEIFSRFLNMFEVPVA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G189620`
TK1151 ID	TkA02G189620
OH-1004 ID	LXL04_016116
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G189620

位置 Chr02:48633501-48642597 (-)

描述 Similar to PA200: Proteasome activator subunit 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g13330`	蛋白酶体的相关组分，专门识别乙酰化组蛋白，并在 DNA 损伤响应期间促进核心组蛋白的 ATP 和泛素非依赖性降解。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016116 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0010499 proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process 生物过程

GO:0030317 flagellated sperm motility 生物过程

GO:0035092 sperm DNA condensation 生物过程

GO:0000502 proteasome complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0016607 nuclear speck 细胞组分

GO:0016504 peptidase activator activity 分子功能

GO:0070628 proteasome binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G13330

hsa:23198

mmu:103554

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.567

排名 1 · TkA02G189620 · TK1151

细胞质0.409

排名 2 · TkA02G189620 · TK1151

高尔基体0.044

排名 3 · TkA02G189620 · TK1151

线粒体0.039

排名 4 · TkA02G189620 · TK1151

内质网0.038

排名 5 · TkA02G189620 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16507HEAT_PSME4_mid310-503 aa

PF23271HEAT_GCN1410-424 aa

PF16507HEAT_PSME4_mid514-822 aa

PF24987HEAT_EF3_N604-632 aa

PF12717Cnd1858-907 aa

PF23271HEAT_GCN1964-1004 aa

PF22928INTS1_R4973-1024 aa

PF26715HEAT_GCN1_2975-1023 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G189620	`PF16507`	HEAT_PSME4_mid	310	503	3.4e-56	191.8
TkA02G189620	`PF23271`	HEAT_GCN1	410	424	2.4e-05	25.2
TkA02G189620	`PF16507`	HEAT_PSME4_mid	514	822	3.4e-56	191.8
TkA02G189620	`PF24987`	HEAT_EF3_N	604	632	0.032	14.9
TkA02G189620	`PF12717`	Cnd1	858	907	0.33	11.7
TkA02G189620	`PF23271`	HEAT_GCN1	964	1004	2.4e-05	25.2
TkA02G189620	`PF22928`	INTS1_R4	973	1024	0.13	13.0
TkA02G189620	`PF26715`	HEAT_GCN1_2	975	1023	0.00023	21.9
TkA02G189620	`PF02985`	HEAT	979	1005	2.1e-10	40.5
TkA02G189620	`PF24987`	HEAT_EF3_N	980	1025	0.032	14.9
TkA02G189620	`PF12348`	CLASP_N	991	1025	0.023	15.0
TkA02G189620	`PF12717`	Cnd1	992	1024	0.33	11.7
TkA02G189620	`PF12348`	CLASP_N	1051	1075	0.023	15.0
TkA02G189620	`PF13513`	HEAT_EZ	1139	1180	0.63	11.4
TkA02G189620	`PF02985`	HEAT	1160	1185	2.1e-10	40.5
TkA02G189620	`PF23271`	HEAT_GCN1	1160	1193	2.4e-05	25.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JC97`	拟南芥	sp\|F4JC97\|PSME4_ARATH Proteasome activator subunit 4	69.000%	Swiss-Prot	高置信

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