TkA02G168350 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G168350

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 43153890-43159577 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2388 bp · TkA02G168350|TK1151|cDNA

ACCAGAGGGAGTTATGCAATTGATAGTCAAACAATTGGGAAGGTCAACAAGAAGATAAGAACATGGGCCATTCAATTGGCAAGTTGGGAGAATATCTCAGGTCGGCGAGATCTGGAAATTTGGGGATTTTTGTTAGATTCTCAAGCGCTGTATAAGAAACCCTTAATCTGGAGTCTCTTGGGAAATCTGTAATCCGCGTGATCGCAGTTTTTGATTAAAATGGAGATTGATTCAGCAGCGATTACTCGGTGTTCTGCTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1905 bp · TkA02G168350|TK1151|CDS

ATGGAGATTGATTCAGCAGCGATTACTCGGTGTTCTGCTGAACACCAGAAGATCTACAAAGATTGGTTCAGTGCAGCCGATTCAGATGGCGATGGACGCCTTACTGGCGGTGATGCCACGAATTTCTTCGTCATGTCTAATTTATCTCGACAAGATCTCAAGCAGGTATGGGCAGTTGCAGATTCTAGACGACAAGGCTTTCTTGGTTTCAAAGAGTTCATAACTGCAATGCAGTTGATTTCTATGGCACAAGCAGGACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

634 aa · TkA02G168350|TK1151|PROTEIN

MEIDSAAITRCSAEHQKIYKDWFSAADSDGDGRLTGGDATNFFVMSNLSRQDLKQVWAVADSRRQGFLGFKEFITAMQLISMAQAGHAISSDLINSDVDFENLKPPVMDGLDVLLAKKKRPKNDSELNGSPEVQTSSSSSWFTSSKSAKKVPLTAVTSIIDGLKKLYIQKLKPLEVTYQFNDFVSPILTNSDFDAKPMVMLLGQYSTGKTTFIKHLLRSSYPGAHIGPEPTTDRFVVVMNGPDERSIPGNTVAVQADMPY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G168350`
TK1151 ID	TkA02G168350
OH-1004 ID	LXL04_016227
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 83.596 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G168350

位置 Chr02:43153890-43159577 (+)

描述暂无功能描述

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g20290`	参与胞吞正向调节。	AtEHDs, novel Arabidopsis EH-domain-containing proteins involved in endocytosis.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03571.x EHD1 functions in endosomal recycling and confers salt tolerance.2013 · DOI: 10.1371/journal.pone.0054533
`At4g05520`	参与内吞作用的负调控，可能通过影响肌动蛋白组织。	AtEHDs, novel Arabidopsis EH-domain-containing proteins involved in endocytosis.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03571.x The coiled-coil domain of EHD2 mediates inhibition of LeEix2 endocytosis and signaling.2009 · DOI: 10.1371/journal.pone.0007973

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016227 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006897 endocytosis 生物过程

GO:0010886 positive regulation of cholesterol storage 生物过程

GO:0016197 endosomal transport 生物过程

GO:0032456 endocytic recycling 生物过程

GO:0032956 regulation of actin cytoskeleton organization 生物过程

GO:0034383 low-density lipoprotein particle clearance 生物过程

GO:0042538 hyperosmotic salinity response 生物过程

GO:0042632 cholesterol homeostasis 生物过程

GO:0051260 protein homooligomerization 生物过程

GO:0060271 cilium assembly 生物过程

GO:0061512 protein localization to cilium 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G20290

ath:AT4G05520

mmu:13660

pon:100172373

rno:293692

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.558

排名 1 · TkA02G168350 · TK1151

细胞膜0.255

排名 2 · TkA02G168350 · TK1151

细胞核0.230

排名 3 · TkA02G168350 · TK1151

高尔基体0.086

排名 4 · TkA02G168350 · TK1151

内质网0.073

排名 5 · TkA02G168350 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12763EH14-87 aa

PF00036EF-hand_120-35 aa

PF13405EF-hand_620-38 aa

PF13202EF-hand_520-35 aa

PF13499EF-hand_723-78 aa

PF00036EF-hand_152-78 aa

PF13405EF-hand_652-78 aa

PF27091PRAME_N99-123 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G168350	`PF12763`	EH	14	87	3.6e-12	46.8
TkA02G168350	`PF00036`	EF-hand_1	20	35	2.9e-05	24.0
TkA02G168350	`PF13405`	EF-hand_6	20	38	0.0008	19.7
TkA02G168350	`PF13202`	EF-hand_5	20	35	0.013	15.7
TkA02G168350	`PF13499`	EF-hand_7	23	78	3.5e-06	28.0
TkA02G168350	`PF00036`	EF-hand_1	52	78	2.9e-05	24.0
TkA02G168350	`PF13405`	EF-hand_6	52	78	0.0008	19.7
TkA02G168350	`PF27091`	PRAME_N	99	123	0.049	15.1
TkA02G168350	`PF27091`	PRAME_N	153	182	0.049	15.1
TkA02G168350	`PF16880`	EHD_N	162	194	1.2e-15	57.9
TkA02G168350	`PF12763`	EH	170	195	3.6e-12	46.8
TkA02G168350	`PF02367`	TsaE	194	219	0.15	12.7
TkA02G168350	`PF20720`	nSTAND3	196	218	0.067	13.6
TkA02G168350	`PF13191`	AAA_16	196	219	0.17	13.1
TkA02G168350	`PF00350`	Dynamin_N	199	359	5.1e-15	56.6
TkA02G168350	`PF01926`	MMR_HSR1	199	358	2.5e-08	34.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94CF0`	拟南芥	sp\|Q94CF0\|EHD1_ARATH EH domain-containing protein 1	81.900%	Swiss-Prot	高置信
`B3LF48`	拟南芥	sp\|B3LF48\|EHD2_ARATH EH domain-containing protein 2	72.600%	Swiss-Prot	高置信

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