TkA02G163700 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G163700

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 42017217-42028394 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5709 bp · TkA02G163700|TK1151|cDNA

ATGAGCTCGGCGGCTATCCAAGCTTTGGTTGCGTCAAGTGTAGCCGAAGCCATAGCAGCCTATGAGGCCGCACGATCTCAACACCAGGGCCAGAGTGGAGGTAGTGGTGGTAGTGGAGGCAGCGGAGGTAATGGAGGTAATGGGGGAAACCCCAGGGCCTGTACCTATAAAGACTTTATGAGCTGCAAGCCGAAGTCTTTCTCCGGAATTGGTGGAGTGATTGAGCTCACGCGCTGGTTCGAGAAAACTGAATCGGTCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

5709 bp · TkA02G163700|TK1151|CDS

ATGAGCTCGGCGGCTATCCAAGCTTTGGTTGCGTCAAGTGTAGCCGAAGCCATAGCAGCCTATGAGGCCGCACGATCTCAACACCAGGGCCAGAGTGGAGGTAGTGGTGGTAGTGGAGGCAGCGGAGGTAATGGAGGTAATGGGGGAAACCCCAGGGCCTGTACCTATAAAGACTTTATGAGCTGCAAGCCGAAGTCTTTCTCCGGAATTGGTGGAGTGATTGAGCTCACGCGCTGGTTCGAGAAAACTGAATCGGTCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1902 aa · TkA02G163700|TK1151|PROTEIN

MSSAAIQALVASSVAEAIAAYEAARSQHQGQSGGSGGSGGSGGNGGNGGNPRACTYKDFMSCKPKSFSGIGGVIELTRWFEKTESVFANSSFPENCKVKYAVSNALTWEELKAMLLKEYCPRGEVQKLEQEFWNLTMKGSDIQTYTTRFSELAVLCPGMVTPEFKKVESYVWGLALHIQSHVTTADPATFESAKALVVCLTDEGIRHRAIVPGKEAPKKENHKRKSWTKNKPNIPPVPQKKQALTAFAVTTPANTAPQKP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G163700`
TK1151 ID	TkA02G163700
OH-1004 ID	LXL04_008128
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	83.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 74.132 / OH-1004 99.667 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA02G163700`
位置	Chr02:42017217-42028394 (-)
描述	Similar to TY3B-I: Transposon Ty3-I Gag-Pol polyprotein (Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_008128` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0006508 proteolysis 生物过程 GO:0015074 DNA integration 生物过程 GO:0075523 viral translational frameshifting 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0003677 DNA binding 分子功能 GO:0003723 RNA binding 分子功能 GO:0003887 DNA-directed DNA polymerase activity 分子功能 GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity 分子功能 GO:0004190 aspartic-type endopeptidase activity 分子功能 GO:0004519 endonuclease activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	sce:YGR109W-B sce:YIL082W-A spo:2538755 spo:2541833 spo:2541991 spo:3361422 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.665

排名 1 · TkA02G163700 · TK1151

细胞核0.276

排名 2 · TkA02G163700 · TK1151

线粒体0.107

排名 3 · TkA02G163700 · TK1151

过氧化物酶体0.054

排名 4 · TkA02G163700 · TK1151

内质网0.052

排名 5 · TkA02G163700 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF19259Ty3_capsid106-195 aa

PF14392zf-CCHC_4282-298 aa

PF00098zf-CCHC284-298 aa

PF14392zf-CCHC_4314-331 aa

PF00098zf-CCHC315-328 aa

PF08284RVP_2338-464 aa

PF13975gag-asp_proteas359-448 aa

PF13650Asp_protease_2359-446 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G163700	`PF19259`	Ty3_capsid	106	195	0.00043	20.5
TkA02G163700	`PF14392`	zf-CCHC_4	282	298	0.89	10.0
TkA02G163700	`PF00098`	zf-CCHC	284	298	0.53	11.2
TkA02G163700	`PF14392`	zf-CCHC_4	314	331	0.89	10.0
TkA02G163700	`PF00098`	zf-CCHC	315	328	0.53	11.2
TkA02G163700	`PF08284`	RVP_2	338	464	2.7e-27	95.9
TkA02G163700	`PF13975`	gag-asp_proteas	359	448	0.00049	21.3
TkA02G163700	`PF13650`	Asp_protease_2	359	446	0.0043	18.4
TkA02G163700	`PF09668`	Asp_protease	361	452	0.15	13.0
TkA02G163700	`PF30863`	PRO_PEG10-RTL1	368	459	9.9e-11	42.8
TkA02G163700	`PF00078`	RVT_1	598	667	5.6e-14	53.2
TkA02G163700	`PF00078`	RVT_1	666	690	5.6e-14	53.2
TkA02G163700	`PF17919`	RT_RNaseH_2	755	849	2.9e-29	101.8
TkA02G163700	`PF17917`	RT_RNaseH	783	879	2.6e-33	115.0
TkA02G163700	`PF17921`	Integrase_H2C2	970	1023	9.8e-16	58.4
TkA02G163700	`PF00665`	rve	1047	1138	1.1e-07	32.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情