TkA02G150380 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G150380

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 38731252-38737004 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1619 bp · TkA02G150380|TK1151|cDNA

AATTACACGGAGTTTATCGGCCGGCCCAAGCAAACCCCATGGGGTATATATAATATTCTTACAGTAGACGGTGTCGTTGGATTTTGAAAAACAAAAGAACGCAAAAATGGCGAAAGGAGGAAGCGGGCAAAACCTTCCGGCAGATGTTACCCAGTTGATTGACCAATTGGAGCGTCACTGCTTAGCTCCCGATGGATCTCTCGTCTCCAAATCTGTATACAACGATCTCCAACTTGCGCGAGAGGAAATGTCGAGAGAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1227 bp · TkA02G150380|TK1151|CDS

ATGGCGAAAGGAGGAAGCGGGCAAAACCTTCCGGCAGATGTTACCCAGTTGATTGACCAATTGGAGCGTCACTGCTTAGCTCCCGATGGATCTCTCGTCTCCAAATCTGTATACAACGATCTCCAACTTGCGCGAGAGGAAATGTCGAGAGAAAGACTACGTTATCTGGAAGCCATGGCTATATACTGCGAAGCAATTGGTATGGTTGAAGATTATCAACAAGCTATTTCCGTGGCGAATCTAGGAGGCATCCGAGACAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

408 aa · TkA02G150380|TK1151|PROTEIN

MAKGGSGQNLPADVTQLIDQLERHCLAPDGSLVSKSVYNDLQLAREEMSRERLRYLEAMAIYCEAIGMVEDYQQAISVANLGGIRDTQGSHLNLGLKNSPQVYEALKFRLVVAEAAQRLRLPLISKDGEVHEEEIEKWSGLSRGSPDSASTSITITSNSSNYTDSVDPGVGGVPNRFLGITPGYLWQSQVQHAPLPMDVGEYQMPLLREIEIRLKAKCDKLADAFIDDLDSSTGSQNSSSRLPERVKLMIEEIEREETAL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G150380`
TK1151 ID	TkA02G150380
OH-1004 ID	LXL04_016362
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	93.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G150380

位置 Chr02:38731252-38737004 (-)

描述 Similar to AUG4: AUGMIN subunit 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g50710`	参与纺锤体和成膜体发育过程中的微管重组。	Characterization of the Arabidopsis augmin complex uncovers its critical function in the assembly of the acentrosomal spindle and phragmoplast microtubule arrays.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.096610

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016362 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007098 centrosome cycle 生物过程

GO:0010968 regulation of microtubule nucleation 生物过程

GO:0051225 spindle assembly 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005813 centrosome 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005876 spindle microtubule 细胞组分

GO:0009524 phragmoplast 细胞组分

GO:0070652 HAUS complex 细胞组分

GO:1990498 mitotic spindle microtubule 细胞组分

GO:0051011 microtubule minus-end binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G50710

hsa:54930

mmu:219072

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.564

排名 1 · TkA02G150380 · TK1151

细胞核0.300

排名 2 · TkA02G150380 · TK1151

高尔基体0.135

排名 3 · TkA02G150380 · TK1151

细胞膜0.093

排名 4 · TkA02G150380 · TK1151

溶酶体／液泡0.092

排名 5 · TkA02G150380 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28695FGSG_1074515-55 aa

PF27018NAI2_N17-58 aa

PF15363BTBD8_C135-164 aa

PF14735HAUS4166-400 aa

PF14751DUF4474199-261 aa

PF27018NAI2_N207-263 aa

PF28695FGSG_10745241-406 aa

PF27018NAI2_N375-393 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G150380	`PF28695`	FGSG_10745	15	55	8.6e-06	26.2
TkA02G150380	`PF27018`	NAI2_N	17	58	0.61	10.8
TkA02G150380	`PF15363`	BTBD8_C	135	164	0.7	11.0
TkA02G150380	`PF14735`	HAUS4	166	400	2.7e-82	276.6
TkA02G150380	`PF14751`	DUF4474	199	261	0.21	11.5
TkA02G150380	`PF27018`	NAI2_N	207	263	0.61	10.8
TkA02G150380	`PF28695`	FGSG_10745	241	406	8.6e-06	26.2
TkA02G150380	`PF27018`	NAI2_N	375	393	0.61	10.8
TkA02G150380	`PF14751`	DUF4474	377	400	0.21	11.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GYM3`	拟南芥	sp\|Q8GYM3\|AUG4_ARATH AUGMIN subunit 4	78.500%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情