TkA02G123770 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G123770

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 32087010-32092624 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5254 bp · TkA02G123770|TK1151|cDNA

CGCCCCTGCCTCTCTTTTTTTCCTTTACATGACTCAGTGAGACACAATAGATATACATAGAGAGAGAAATCGATGCATACAGAGAGGGCTAAAACCTAATCGACGTCAATCGGAGACCTGAAGGCTCGTGGGAATCGAATCAGAAGGTTAATCGACGGTTTCTAGGGTTTCATTTTTTGTTTCGTCGTCAATCTGATCAAATCGAGCAGGTTTGCAGGTAAGTGACTGTGTTTATTTTTATTGAGCTCTCACAGACTGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

4656 bp · TkA02G123770|TK1151|CDS

ATGCGATTATCTCCGACTACTACTCCGTCTAAGAACGAGAAAGTGATTAGGGCTAAAAGGAAACACAAGAAGCTTGATGCGATATGTGAAAAGGAGTATACTGAGAACCGTGATAAGATAGAATATCCTGAAACGAATGAGGCCAATGTTGATGCATCGGAGGTTAGGCGGAGTTCCAGGGTGAGTCGACCTCCGTTGATTTTAGATGCGTCGCCTTCTCCTGCTAAAAAGCGGAAGAGAAGTGAACGAAATGGGGAGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1551 aa · TkA02G123770|TK1151|PROTEIN

MRLSPTTTPSKNEKVIRAKRKHKKLDAICEKEYTENRDKIEYPETNEANVDASEVRRSSRVSRPPLILDASPSPAKKRKRSERNGEGSSRRGGNRDRVSLKTDLPSSTTLGLDEDDSGEWKSRLRARRRKVTFMNGDSSPRSKKKLFNHSDGVNEHSDLLNSQLDDNKGGLVGETLMVVQPKRPGRVKASNVVTNGREEENTTVFDVVKDNNNVCCSTDNVPAIELHEQGDEVEVPVTSDSKDNANNKVQSPEQSKPLEQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G123770`
TK1151 ID	TkA02G123770
OH-1004 ID	LXL04_016561
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.904 / OH-1004 92.840 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA02G123770`
位置	Chr02:32087010-32092624 (-)
描述	Similar to Atad2: ATPase family AAA domain-containing protein 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_016561` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0006261 DNA-templated DNA replication 生物过程 GO:0006325 chromatin organization 生物过程 GO:0006334 nucleosome assembly 生物过程 GO:0006337 nucleosome disassembly 生物过程 GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程 GO:0034080 CENP-A containing chromatin assembly 生物过程 GO:0045815 transcription initiation-coupled chromatin remodeling 生物过程 GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0000775 chromosome, centromeric region 细胞组分 GO:0000785 chromatin 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	hsa:29028 mmu:70472 pon:100174282 sce:YGR270W 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.751

排名 1 · TkA02G123770 · TK1151

细胞质0.221

排名 2 · TkA02G123770 · TK1151

细胞膜0.048

排名 3 · TkA02G123770 · TK1151

线粒体0.042

排名 4 · TkA02G123770 · TK1151

内质网0.029

排名 5 · TkA02G123770 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13832zf-HC5HC2H_2389-462 aa

PF13771zf-HC5HC2H392-471 aa

PF23004PHDvar_NSD438-471 aa

PF13191AAA_16597-708 aa

PF25199nSTAND_NTPase5597-675 aa

PF13245AAA_19599-630 aa

PF07728AAA_5599-678 aa

PF00004AAA600-735 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G123770	`PF13832`	zf-HC5HC2H_2	389	462	3.2e-07	31.2
TkA02G123770	`PF13771`	zf-HC5HC2H	392	471	3.6e-10	40.6
TkA02G123770	`PF23004`	PHDvar_NSD	438	471	0.65	10.8
TkA02G123770	`PF13191`	AAA_16	597	708	2.8e-07	31.9
TkA02G123770	`PF25199`	nSTAND_NTPase5	597	675	0.23	12.0
TkA02G123770	`PF13245`	AAA_19	599	630	0.003	18.5
TkA02G123770	`PF07728`	AAA_5	599	678	0.064	14.0
TkA02G123770	`PF00004`	AAA	600	735	1.5e-41	142.6
TkA02G123770	`PF24883`	NPHP3_N	600	696	7.7e-05	23.7
TkA02G123770	`PF20720`	nSTAND3	600	679	0.002	18.6
TkA02G123770	`PF13604`	AAA_30	600	644	0.16	12.4
TkA02G123770	`PF13401`	AAA_22	600	624	0.22	12.5
TkA02G123770	`PF13671`	AAA_33	600	622	0.25	12.4
TkA02G123770	`PF07724`	AAA_2	653	698	0.043	14.6
TkA02G123770	`PF17862`	AAA_lid_3	763	791	1.8e-06	28.1
TkA02G123770	`PF13245`	AAA_19	967	1009	0.003	18.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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