TkA02G116570 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G116570

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 30406485-30411409 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2386 bp · TkA02G116570|TK1151|cDNA

GTTAAATCAATCATTTTTTTTTTAAAATTGGGTTATCCTACCGTTCATTTCTCCAAAAATTAACCTCGTTTAGAGAACCTTTCATCGTTAACGGCAATGTCGGTGAAGAATGGCGGGAACCTACACACAATCTTTGTCATCATAACACCGGCCACTGACCCAAAGCCCTAGACTTTCTGAGTTCAAATCGACATCATATTGTCTTAATTAAATTATCCATTTGTTAAGCTACACTTTATGCTTTTAGTTGCTAATCTTCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1809 bp · TkA02G116570|TK1151|CDS

ATGCTTTTAGTTGCTAATCTTCGCATTTCATCCTCTTTAAGAAACCCTAGGTCTGCCATAGTTGTTCTTCATACAATGTCATCGCCTTCTTCGACGACAATCGTCGCGGAGTACGCAAAATCAGGGAAATCTGCATGCAAAAAATGCTCCGAAAAGATCGATTCGAAATCCTTGAGATTAGGGTTAAAGAGTCGGGACCCTCGAGGGTATGATAGCACTAAATGGCATCACTTCGACTGTTTCTTTTCTTTGGATTCCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

602 aa · TkA02G116570|TK1151|PROTEIN

MLLVANLRISSSLRNPRSAIVVLHTMSSPSSTTIVAEYAKSGKSACKKCSEKIDSKSLRLGLKSRDPRGYDSTKWHHFDCFFSLDSIPASSAETIEGFSELTGSDQDKLKEMVSEEDRSSTKREGDADAESDKRDSKKLKTDEDDKIGKEKKNETNEKILAEYAKSGRSSCKKCGEKIESKSLRLGLSMWDPRGYENTKWYHSDCFFPIDANLLSAESIEGFSELKGRDQERLKKLVDERDQSSNKSSEDDETEIQGQDQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G116570`
TK1151 ID	TkA02G116570
OH-1004 ID	LXL04_016624
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	69.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G116570

位置 Chr02:30406485-30411409 (+)

描述 Similar to ZDP: Polynucleotide 3'-phosphatase ZDP

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g14890`	参与碱基切除修复途径的缺口感应 3'-磷酸酯酶，需用于主动 DNA 去甲基化。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016624 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006261 DNA-templated DNA replication 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006282 regulation of DNA repair 生物过程

GO:0006287 base-excision repair, gap-filling 生物过程

GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006303 double-strand break repair via nonhomologous end joining 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009314 response to radiation 生物过程

GO:0032206 positive regulation of telomere maintenance 生物过程

GO:0070534 protein K63-linked ubiquitination 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G14890

cel:CELE_F21D5.5

hsa:11284

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.758

排名 1 · TkA02G116570 · TK1151

细胞质0.271

排名 2 · TkA02G116570 · TK1151

细胞膜0.042

排名 3 · TkA02G116570 · TK1151

线粒体0.036

排名 4 · TkA02G116570 · TK1151

内质网0.035

排名 5 · TkA02G116570 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07627PSCyt315-58 aa

PF14977FAM19428-77 aa

PF11648RIG-I_C-RD30-53 aa

PF08271Zn_Ribbon_TF31-58 aa

PF20586DUF678832-50 aa

PF11571Med2733-58 aa

PF04324Fer2_BFD33-54 aa

PF00645zf-PARP37-112 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G116570	`PF07627`	PSCyt3	15	58	0.012	16.6
TkA02G116570	`PF14977`	FAM194	28	77	0.036	14.1
TkA02G116570	`PF11648`	RIG-I_C-RD	30	53	0.29	12.1
TkA02G116570	`PF08271`	Zn_Ribbon_TF	31	58	7.9e-05	22.8
TkA02G116570	`PF20586`	DUF6788	32	50	0.0093	16.6
TkA02G116570	`PF11571`	Med27	33	58	0.00076	20.5
TkA02G116570	`PF04324`	Fer2_BFD	33	54	0.13	13.3
TkA02G116570	`PF00645`	zf-PARP	37	112	6e-56	187.9
TkA02G116570	`PF24461`	DUF7576	38	57	0.00042	20.8
TkA02G116570	`PF17032`	Zn_ribbon_15	38	56	2.5	9.6
TkA02G116570	`PF19148`	DUF5830	39	54	1.5	9.6
TkA02G116570	`PF13695`	Zn_ribbon_3CxxC	42	69	5.8e-05	24.3
TkA02G116570	`PF06750`	A24_N_bact	42	54	0.54	11.1
TkA02G116570	`PF20173`	ZnF_RZ-type	43	55	0.35	11.2
TkA02G116570	`PF13248`	Zn_ribbon_3	43	51	1.4	9.2
TkA02G116570	`PF12773`	DZR	44	54	0.026	15.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84JE8`	拟南芥	sp\|Q84JE8\|ZDP_ARATH Polynucleotide 3'-phosphatase ZDP	45.700%	Swiss-Prot	中等置信

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