TkA02G104490 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G104490

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 27328821-27338780 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2776 bp · TkA02G104490|TK1151|cDNA

AAAAAAGATTAATATCAAGGACTGTTTGATAATATTGAAAAGATGCCCGCCCATGGCCACACGGCTCGTTGATCGCGATCGTCATTGAATTCCTGTGATCTGATCGTTTTCAAGTATGGAAGGAGGTCGTTGATTTTCTATTAACCTAACCCTTATCCAATTCCCCAAACCACCGTTCCAATTTTCCATATCTCAACATGTATATCCTCCTCAATTATTATAATTTATTCTGTCATCTTCGCCATAGAATTGCGTGCCCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2100 bp · TkA02G104490|TK1151|CDS

ATGGAGGATTCTAATTCAATCGCTGGTCGACGTCTTACTGCTATTCATAGCCATCTTCTCACGGCAACCGACAATAACCACGCTCAGATTCAAACCAATACAACCGCCGGTGAATTCGTCGATGATCAGAGATATAGTGTTGTTCTCCCCGAAAAATTGAAGTTAGGAAAGTGGAATGTATACAGATCTGCACGTTCTCCATTGAAGCTTGTCACCAGGTTTCCTGATCATCCAGAAATCGAAACATTGCATGACAATTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

699 aa · TkA02G104490|TK1151|PROTEIN

MEDSNSIAGRRLTAIHSHLLTATDNNHAQIQTNTTAGEFVDDQRYSVVLPEKLKLGKWNVYRSARSPLKLVTRFPDHPEIETLHDNFVHAVDTFPDYKYLGSRVRVDGTVGEYKWMTFGETATARSAIGSGLQFYGLSKGAGIGLYFINRPEWLVVDHTCAAYSYVSVPLYDTLGPDAVKFIINHADLQAVFCVPNTLNILLSFLSEISSVRIIVVVGGIEEHLPSLPETSGVKLISYSKLFTQGRNNLQPFCPPKSDDI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G104490`
TK1151 ID	TkA02G104490
OH-1004 ID	LXL04_016767
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	96.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G104490

位置 Chr02:27328821-27338780 (-)

描述 Similar to LACS7: Long chain acyl-CoA synthetase 7, peroxisomal

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g27600`	活化长链脂肪酸，用于细胞脂质的合成以及通过β-氧化进行降解（可能）。	Two long-chain acyl-CoA synthetases from Arabidopsis thaliana involved in peroxisomal fatty acid beta-oxidation.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01405.x Peroxisomal Acyl-CoA synthetase activity is essential for seedling development in Arabidopsis thaliana.2004 · DOI: 10.1105/tpc.019646 Analysis of the role of COMATOSE and peroxisomal beta-oxidation in the determination of germination potential in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1093/jxb/erl045
`At3g05970`	活化长链脂肪酸，用于细胞脂质的合成以及通过β-氧化进行降解（可能）。	Two long-chain acyl-CoA synthetases from Arabidopsis thaliana involved in peroxisomal fatty acid beta-oxidation.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01405.x Molecular characterization of an Arabidopsis acyl-coenzyme a synthetase localized on glyoxysomal membranes.2002 · DOI: 10.1104/pp.012955 Peroxisomal Acyl-CoA synthetase activity is essential for seedling development in Arabidopsis thaliana.2004 · DOI: 10.1105/tpc.019646 Analysis of the role of COMATOSE and peroxisomal beta-oxidation in the determination of germination potential in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1093/jxb/erl045

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016767 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000038 very long-chain fatty acid metabolic process 生物过程

GO:0001666 response to hypoxia 生物过程

GO:0001676 long-chain fatty acid metabolic process 生物过程

GO:0006631 fatty acid metabolic process 生物过程

GO:0006637 acyl-CoA metabolic process 生物过程

GO:0007584 response to nutrient 生物过程

GO:0008654 phospholipid biosynthetic process 生物过程

GO:0009629 response to gravity 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0010193 response to ozone 生物过程

GO:0010747 positive regulation of long-chain fatty acid import across plasma membrane 生物过程

GO:0015908 fatty acid transport 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G05970

ath:AT5G27600

cpoc:100135469

hsa:23305

rno:117243

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

过氧化物酶体0.384

排名 1 · TkA02G104490 · TK1151

细胞质0.207

排名 2 · TkA02G104490 · TK1151

线粒体0.171

排名 3 · TkA02G104490 · TK1151

内质网0.166

排名 4 · TkA02G104490 · TK1151

细胞膜0.092

排名 5 · TkA02G104490 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00501AMP-binding107-510 aa

PF05418Apo-VLDL-II150-209 aa

PF00501AMP-binding526-548 aa

PF13193AMP-binding_C562-603 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G104490	`PF00501`	AMP-binding	107	510	1.8e-86	291.0
TkA02G104490	`PF05418`	Apo-VLDL-II	150	209	0.21	12.7
TkA02G104490	`PF00501`	AMP-binding	526	548	1.8e-86	291.0
TkA02G104490	`PF13193`	AMP-binding_C	562	603	0.061	15.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LKS5`	拟南芥	sp\|Q8LKS5\|LACS7_ARATH Long chain acyl-CoA synthetase 7, peroxisomal	75.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q8LPS1`	拟南芥	sp\|Q8LPS1\|LACS6_ARATH Long chain acyl-CoA synthetase 6, peroxisomal	75.300%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情