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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G072780
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 18820596-18822674 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2049 bp · TkA02G072780|TK1151|cDNA

ATGGAAACGACGGAATCTCGAGCCGACGCCTCCGACAACCCCAACAACGCCTCCTCCGGCGACGATGATACTTCTCTCGAAATCGACCATCCTCCCCCGCTCCGTACAGAGTCGGACAACGTCTTACCGGACTCAACCCTCCAAACCACCGGCGAATCCGTTGAAGTTCTCGAACCAGCTCCACTTAACACCGAACCTGGTCTACCTGCACCTCGAAAACGTCGCCGTAGAAAGAAGCAGTTCCCTGAGATGATATCCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2049 bp · TkA02G072780|TK1151|CDS

ATGGAAACGACGGAATCTCGAGCCGACGCCTCCGACAACCCCAACAACGCCTCCTCCGGCGACGATGATACTTCTCTCGAAATCGACCATCCTCCCCCGCTCCGTACAGAGTCGGACAACGTCTTACCGGACTCAACCCTCCAAACCACCGGCGAATCCGTTGAAGTTCTCGAACCAGCTCCACTTAACACCGAACCTGGTCTACCTGCACCTCGAAAACGTCGCCGTAGAAAGAAGCAGTTCCCTGAGATGATATCCAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

682 aa · TkA02G072780|TK1151|PROTEIN

METTESRADASDNPNNASSGDDDTSLEIDHPPPLRTESDNVLPDSTLQTTGESVEVLEPAPLNTEPGLPAPRKRRRRKKQFPEMISIAAAVDGIRYKSGTRSTEDIDEYEDDDLSSRRRRRISSDLDVEGLIAISVGFPVDSLTEEEIEANVVKTIGGTDQANYIVVRNHILARWRSNVDIWLTRDDALEAIRVEHTNLVDSAYTFLLEHGYINFGVAAAVKEVKLKPFHGSSRGDVIVIGAGLSGLVAARQLIYLGFKV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G072780
TK1151 IDTkA02G072780
OH-1004 IDLXL04_017139
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)97.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 99.425
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G072780
位置Chr02:18820596-18822674 (+)
描述Similar to LDL1: Lysine-specific histone demethylase 1 homolog 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g62830 可能的组蛋白去甲基化酶，可降低花抑制因子 FLOWERING LOCUS C 和孢子体沉默的花抑制因子 FWA 染色质中组蛋白 H3 'Lys-4' 甲基化水平。
Arabidopsis relatives of the human lysine-specific Demethylase1 repress the expression of FWA and FLOWERING LOCUS C and thus promote the floral transition.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.052373
Involvement of KDM1C histone demethylase-OTLD1 otubain-like histone deubiquitinase complexes in plant gene repression.2011 · DOI: 10.1073/pnas.1014030108
Arabidopsis histone demethylases LDL1 and LDL2 control primary seed dormancy by regulating DELAY OF GERMINATION 1 and ABA signaling-related genes.2015 · DOI: 10.3389/fpls.2015.00159
At3g10390 可能的组蛋白去甲基化酶，通过抑制花控基因 C (FLC)，一种阻止植物由营养生长转向生殖生长的花抑制因子，促进开花，独立于光周期和春化途径。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0755200 可能的组蛋白去甲基化酶。 暂无已核实直接文献
UniProt: Q01H90 可能的组蛋白去甲基化酶。 暂无已核实直接文献
Os04g0560300 可能的组蛋白去甲基化酶。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017139 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006325 chromatin organization 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009627 systemic acquired resistance 生物过程
GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程
GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0046208 spermine catabolic process 生物过程
GO:0048364 root development 生物过程
GO:0048510 regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase 生物过程
GO:1903602 thermospermine catabolic process 生物过程
GO:1904629 response to diterpene 生物过程
GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G62830
ath:AT3G10390
dosa:Os02g0755200
dosa:Os04g0560300
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.482
排名 1 · TkA02G072780 · TK1151
细胞核0.356
排名 2 · TkA02G072780 · TK1151
质体0.176
排名 3 · TkA02G072780 · TK1151
过氧化物酶体0.072
排名 4 · TkA02G072780 · TK1151
线粒体0.059
排名 5 · TkA02G072780 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04433SWIRM141-215 aa
PF13738Pyr_redox_3221-267 aa
PF01262AlaDh_PNT_C230-271 aa
PF01488Shikimate_DH231-270 aa
PF01946Thi4234-272 aa
PF01266DAO236-270 aa
PF00890FAD_binding_2236-281 aa
PF12831FAD_oxidored236-284 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G072780PF04433SWIRM1412151e-1661.7
TkA02G072780PF13738Pyr_redox_32212670.0008519.4
TkA02G072780PF01262AlaDh_PNT_C2302710.0004920.3
TkA02G072780PF01488Shikimate_DH2312700.311.9
TkA02G072780PF01946Thi42342724.4e-0523.5
TkA02G072780PF01266DAO2362707e-0523.2
TkA02G072780PF00890FAD_binding_22362819.2e-0522.5
TkA02G072780PF12831FAD_oxidored2362840.0001222.2
TkA02G072780PF01494FAD_binding_32362690.0005819.9
TkA02G072780PF07992Pyr_redox_22362770.001319.0
TkA02G072780PF03486HI0933_like2362750.003417.6
TkA02G072780PF01134GIDA2362670.005116.6
TkA02G072780PF05834Lycopene_cycl2362650.112.3
TkA02G072780PF00070Pyr_redox2372680.04415.0
TkA02G072780PF13450NAD_binding_82392996.5e-1039.9
TkA02G072780PF01593Amino_oxidase2446712.6e-86291.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8VXV7拟南芥sp|Q8VXV7|LDL1_ARATH Lysine-specific histone demethylase 1 homolog 173.100%Swiss-Prot高置信
Q9CAE3拟南芥sp|Q9CAE3|FLD_ARATH Protein FLOWERING LOCUS D61.300%Swiss-Prot高置信
Q6Z690水稻sp|Q6Z690|LDL1_ORYSJ Lysine-specific histone demethylase 1 homolog 160.600%Swiss-Prot高置信
Q01H90水稻sp|Q01H90|LDL3_ORYSI Lysine-specific histone demethylase 1 homolog 360.000%Swiss-Prot高置信
Q7XUR2水稻sp|Q7XUR2|LDL3_ORYSJ Lysine-specific histone demethylase 1 homolog 359.800%Swiss-Prot高置信

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