TkA02G047340 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G047340

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 12235766-12240003 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2622 bp · TkA02G047340|TK1151|cDNA

GTGACACAAGACTTTGAAAAGAGTAAAAAGAGGAGGGGGGAAGAGATTGGAGGGAAAGGGCAAATATATCGCGCGCAGTTGATGCGAAAACCGCGCTCTCTCTATCATCGCCATATCGAATTTTGGTAACACACAAACAACATCTGCCTTTAGCGGCGGAGAGCACCTATCGGAACCACATACCCACCACTACCACCGACTTAACCTTCTCTCTCTTAATTTACTTTCTCACTTCCAAAACCCTAGATTCTTTCATACGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1980 bp · TkA02G047340|TK1151|CDS

ATGGCGAATCAAAAAAGCAACGAAGTGGTCAATGGAACTCCAAGTCATGAGCAATTGGAAGCAACTCAAGGAGACACAACCAAAAAATTAGGTCAACAAGGTACCAAGAAGAAAGGGCGACCAAAGAAAAAAGAAAATTTGGGATCTCCGACAACTCCAAGGGTATTACGGTCAAGATCACAAGAGAAACCCAAACCTCCTGAATCAGTTGATGCATCTTCACAAAGTGTAGACACCAAAGAAAAGAAGAGAAAGAAGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

659 aa · TkA02G047340|TK1151|PROTEIN

MANQKSNEVVNGTPSHEQLEATQGDTTKKLGQQGTKKKGRPKKKENLGSPTTPRVLRSRSQEKPKPPESVDASSQSVDTKEKKRKKIIKKIKEDQNDEFSKIRKHLRYLLNKINYEKLFIDAYVGEGWKGQSLEKLRPEKELQRAKSDINRFKLRIRDLFQKIDKSCEEGRFPDTLYDSDGLIDSEDIFCAKCAQTEVKLDNDIILCDGFCDRGFHQFCLQPPLLKEQVPPGDEGWLCPACDCKVDCIDLLNDSMGTDLS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G047340`
TK1151 ID	TkA02G047340
OH-1004 ID	LXL04_017362
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	95.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G047340

位置 Chr02:12235766-12240003 (-)

描述 Similar to HAZ1: Homeobox protein HAZ1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g19510`	仅结合大型DNA片段。	暂无已核实直接文献
`At4g29940`	特异性结合真菌诱导子响应的 DNA 元件 5'-CTAATTGTTTA-3'，位于 PR2 基因启动子上。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0229300`	参与调节赤霉素(GA)信号的转录抑制因子。	Rice homeobox transcription factor HOX1a positively regulates gibberellin responses by directly suppressing EL1.2011 · DOI: 10.1111/j.1744-7909.2011.01075.x

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017362 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009939 positive regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010557 positive regulation of macromolecule biosynthetic process 生物过程

GO:0045814 negative regulation of gene expression, epigenetic 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000981 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G19510

ath:AT4G29940

dosa:Os06g0229300

zma:542406

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.960

排名 1 · TkA02G047340 · TK1151

细胞质0.146

排名 2 · TkA02G047340 · TK1151

线粒体0.018

排名 3 · TkA02G047340 · TK1151

细胞膜0.018

排名 4 · TkA02G047340 · TK1151

内质网0.008

排名 5 · TkA02G047340 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05873Mt_ATP-synt_D65-123 aa

PF24655DUF764583-95 aa

PF10244MRP-L5183-116 aa

PF10244MRP-L51127-163 aa

PF00628PHD190-241 aa

PF27108PHD_Pygo190-220 aa

PF27108PHD_Pygo236-241 aa

PF05873Mt_ATP-synt_D497-532 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G047340	`PF05873`	Mt_ATP-synt_D	65	123	0.0097	16.5
TkA02G047340	`PF24655`	DUF7645	83	95	0.23	12.2
TkA02G047340	`PF10244`	MRP-L51	83	116	8.3	7.3
TkA02G047340	`PF10244`	MRP-L51	127	163	8.3	7.3
TkA02G047340	`PF00628`	PHD	190	241	3.5e-10	40.5
TkA02G047340	`PF27108`	PHD_Pygo	190	220	0.012	16.4
TkA02G047340	`PF27108`	PHD_Pygo	236	241	0.012	16.4
TkA02G047340	`PF05873`	Mt_ATP-synt_D	497	532	0.0097	16.5
TkA02G047340	`PF00046`	Homeodomain	534	576	1.7e-09	38.1
TkA02G047340	`PF05920`	Homeobox_KN	546	577	9.7e-08	32.5
TkA02G047340	`PF05873`	Mt_ATP-synt_D	548	597	0.0097	16.5
TkA02G047340	`PF24655`	DUF7645	558	582	0.23	12.2
TkA02G047340	`PF05873`	Mt_ATP-synt_D	602	629	0.0097	16.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q04996`	拟南芥	sp\|Q04996\|HAT31_ARATH Homeobox protein HAT3.1	44.100%	Swiss-Prot	中等置信
`P48785`	拟南芥	sp\|P48785\|PRH_ARATH Pathogenesis-related homeodomain protein	46.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q8H991`	水稻	sp\|Q8H991\|HAZ1_ORYSJ Homeobox protein HAZ1	45.800%	Swiss-Prot	中等置信

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