TkA02G038940 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G038940

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 9835007-9836588 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1422 bp · TkA02G038940|TK1151|cDNA

ATGTCGTTCTCATCTCTTCTCTCTAGTCGCCGATCACCTTCAGGGATGTTTAAGGTACAACAAACTGTTGGTAGTGTTCTTTGTTGCATATGTAGCAGTCCAATGACTCCAAATGCTGCCAATATGTGCGCCACGTGTCTCCGTTCTAAGGTCGACATTACAGAACGTTTACAAAACCACATCACTATCGTTCACTGCCCTGAATGCGAATCTTACTTACAGCCACCAAGAACATGGATCAAAACCCAGTTAGAATCCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1422 bp · TkA02G038940|TK1151|CDS

ATGTCGTTCTCATCTCTTCTCTCTAGTCGCCGATCACCTTCAGGGATGTTTAAGGTACAACAAACTGTTGGTAGTGTTCTTTGTTGCATATGTAGCAGTCCAATGACTCCAAATGCTGCCAATATGTGCGCCACGTGTCTCCGTTCTAAGGTCGACATTACAGAACGTTTACAAAACCACATCACTATCGTTCACTGCCCTGAATGCGAATCTTACTTACAGCCACCAAGAACATGGATCAAAACCCAGTTAGAATCCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

473 aa · TkA02G038940|TK1151|PROTEIN

MSFSSLLSSRRSPSGMFKVQQTVGSVLCCICSSPMTPNAANMCATCLRSKVDITERLQNHITIVHCPECESYLQPPRTWIKTQLESKQLLTFCLKRLTSLNELRLTHAEFVWTEPHSKRIKVRLKVQKEVLNGVVLEQTHVVNYTVHDRICQSCSRVHAKPDQWVAVVQLRQQVAHRRTFFYLEQLILKHDAALKAIRIKQINHGIDFFFANRSHAGKFVSFVEKVVPVKRRHDKKLVSHDTKSNKSNYKYTFSVEICPI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G038940`
TK1151 ID	TkA02G038940
OH-1004 ID	LXL04_017489
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	75.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 93.446 / OH-1004 50.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA02G038940`
位置	Chr02:9835007-9836588 (+)
描述	Similar to NMD3: 60S ribosomal export protein NMD3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_017489` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000055 ribosomal large subunit export from nucleus 生物过程 GO:0015031 protein transport 生物过程 GO:1902680 positive regulation of RNA biosynthetic process 生物过程 GO:1904751 positive regulation of protein localization to nucleolus 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005730 nucleolus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0016020 membrane 细胞组分 GO:0003723 RNA binding 分子功能 GO:0030674 protein-macromolecule adaptor activity 分子功能 GO:0043023 ribosomal large subunit binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	bta:509871 hsa:51068 pon:100174372 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.921

排名 1 · TkA02G038940 · TK1151

细胞质0.154

排名 2 · TkA02G038940 · TK1151

细胞膜0.015

排名 3 · TkA02G038940 · TK1151

线粒体0.015

排名 4 · TkA02G038940 · TK1151

内质网0.009

排名 5 · TkA02G038940 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24921RING_XB3-XBAT3127-71 aa

PF29994NMD3_N28-158 aa

PF22910EDR4-like_1st62-74 aa

PF04981NMD3163-257 aa

PF21192OB_NMD3207-220 aa

PF29994NMD3_N233-262 aa

PF24921RING_XB3-XBAT31237-266 aa

PF22910EDR4-like_1st258-279 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G038940	`PF24921`	RING_XB3-XBAT31	27	71	0.68	10.7
TkA02G038940	`PF29994`	NMD3_N	28	158	8.5e-31	107.9
TkA02G038940	`PF22910`	EDR4-like_1st	62	74	0.49	10.7
TkA02G038940	`PF04981`	NMD3	163	257	4.8e-32	111.1
TkA02G038940	`PF21192`	OB_NMD3	207	220	4.2e-31	107.8
TkA02G038940	`PF29994`	NMD3_N	233	262	8.5e-31	107.9
TkA02G038940	`PF24921`	RING_XB3-XBAT31	237	266	0.68	10.7
TkA02G038940	`PF22910`	EDR4-like_1st	258	279	0.49	10.7
TkA02G038940	`PF21193`	NMD_SH3	260	299	7.2e-05	23.6
TkA02G038940	`PF21192`	OB_NMD3	318	406	4.2e-31	107.8
TkA02G038940	`PF22910`	EDR4-like_1st	393	396	0.49	10.7
TkA02G038940	`PF29994`	NMD3_N	403	423	8.5e-31	107.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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