TkA02G020140 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G020140

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 4723832-4725070 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1147 bp · TkA02G020140|TK1151|cDNA

CGGACTTATACTCATCCTAATCCGTCAATCTTATTAAATTCCATATATAACCCCCATCACTCTTCATCATCAACACACACCCTCAACAAACTACCATCCCTTCAAAACCAAACAAAGAAATGGCAAGCTCTGTAATCCAACAGTCAGCATTCGCTGGCCAACAGGCCTTGAAGCCACAGAACGAGCTTGTCAGAAAGACCGGCAACTTCAATGGCGGCACCATCACCATGCGCCGCACAGTCAAAAGTGCACCACAAAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

798 bp · TkA02G020140|TK1151|CDS

ATGGCAAGCTCTGTAATCCAACAGTCAGCATTCGCTGGCCAACAGGCCTTGAAGCCACAGAACGAGCTTGTCAGAAAGACCGGCAACTTCAATGGCGGCACCATCACCATGCGCCGCACAGTCAAAAGTGCACCACAAAGCATCTGGTACGGACCAGACCGTCCAAAGTATTTGGGTCCATTCTCCGAGCAAACCCCATCATACTTGACCGGTGAATTCCCCGGTGACTACGGTTGGGACACTGCTGGACTCTCGGCTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

265 aa · TkA02G020140|TK1151|PROTEIN

MASSVIQQSAFAGQQALKPQNELVRKTGNFNGGTITMRRTVKSAPQSIWYGPDRPKYLGPFSEQTPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVIHSRWAMLGALGCVFPELLSKNGVTFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPNLVHAQSILAIWASQVVLMGLIEGYRVGGGPLGEGLDKIYPGGSFDPLGLADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPIENLFDHLADPVANNAWAYATN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G020140`
TK1151 ID	TkA02G020140
OH-1004 ID	LXL04_017636
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 86.319 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G020140

位置 Chr02:4723832-4725070 (+)

描述 Similar to CAB36: Chlorophyll a-b binding protein 36, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g05100`	光捕获复合体（LHC）作为光受体，其功能是捕获并将激发能量传递给其密切相关的光系统（通过相似性）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017636 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009269 response to desiccation 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009644 response to high light intensity 生物过程

GO:0009645 response to low light intensity stimulus 生物过程

GO:0009765 photosynthesis, light harvesting 生物过程

GO:0009768 photosynthesis, light harvesting in photosystem I 生物过程

GO:0009769 photosynthesis, light harvesting in photosystem II 生物过程

GO:0010114 response to red light 生物过程

GO:0010218 response to far red light 生物过程

GO:0042631 cellular response to water deprivation 生物过程

GO:0071215 cellular response to abscisic acid stimulus 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G05100

ghi:107954948

sly:543975

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.984

排名 1 · TkA02G020140 · TK1151

线粒体0.029

排名 2 · TkA02G020140 · TK1151

细胞质0.014

排名 3 · TkA02G020140 · TK1151

细胞核0.009

排名 4 · TkA02G020140 · TK1151

细胞膜0.008

排名 5 · TkA02G020140 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00504Chloroa_b-bind66-231 aa

PF31213HliA98-123 aa

PF31213HliA213-240 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G020140	`PF00504`	Chloroa_b-bind	66	231	9.2e-50	170.0
TkA02G020140	`PF31213`	HliA	98	123	0.0021	18.7
TkA02G020140	`PF31213`	HliA	213	240	0.0021	18.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SHR7`	拟南芥	sp\|Q9SHR7\|CB21_ARATH Chlorophyll a-b binding protein 2.1, chloroplastic	89.000%	Swiss-Prot	高置信

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