TkA01G638210 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G638210

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 161472468-161485695 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1267 bp · TkA01G638210|TK1151|cDNA

TTATTAATCCTTTATATTTTTTTAGATGGTGATGGAAACATTTGGAGATGCCCTGTATTACTCTGGATCCGACGCTATCACAAAATATCCTTCCCCGGAATCCCTAAAGAAACGGATCATCGTCTCAACAAAACCACCAAAAGAGTTGTTAGACACCAGCAAGAGCATATAATGAAAACCACATCCGAAGAGGATCCATGGGGCATGGAAATATGTGACCCTCTCATAAAACCCAAAGCCTCAGATAAGGATCAAAATGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1854 bp · TkA01G638210|TK1151|CDS

ATTTTGTTTTGTTTTGTTTTATTTGTATCACTTTCCGCCCTATATATTCTCGCCGAACAAAACACACTTCCAAAGTCGCTTCTCGTTCTCAACATGTCGAAGCAAACTTTCAGAGTATGCTGGTGTTTTCAGCGACAGTTCAAGCTCGGCGACGGCGGACCTCCGATGGACATCAAGGAACTCTTCAGTCATTATTCCGAAAACCGGGTGATGACTCCGGAGCATCTGCTGCGGTTCATGGTGGAGGTACAAGGAGATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

617 aa · TkA01G638210|TK1151|PROTEIN

ILFCFVLFVSLSALYILAEQNTLPKSLLVLNMSKQTFRVCWCFQRQFKLGDGGPPMDIKELFSHYSENRVMTPEHLLRFMVEVQGDDKATKEEAEAAVDATIKELKHLPIFHRRVLNLDAFFRYLFGDWNSPLPFPPKVMHDMEDPLAHYFVFTGHNSYLTGNQISSDSSIVPIIESLKQGVRVIELDMWPNSTKDDIDIVHGGTLTSPVKLNKCLEAVKEFAFVASEYPLILTLEDHLTSHLQAKVAKMVMETFGDALY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G638210`
TK1151 ID	TkA01G638210
OH-1004 ID	LXL04_000054
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.217 / OH-1004 81.452 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G638210

位置 Chr01:161472468-161485695 (-)

描述 Similar to PLC2: Phosphoinositide phospholipase C 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g08510`	活化的磷脂酰肌醇特异性磷脂酶C介导第二信使分子二酰甘油（DAG）和肌醇1,4,5-三磷酸（IP3）的产生。	N-terminal EF-hand-like domain is required for phosphoinositide-specific phospholipase C activity in Arabidopsis thaliana.2001 · DOI: 10.1016/s0014-5793(01)02453-x
`At3g55940`	活化的磷脂酰肌醇特异性磷脂酶C介导第二信使分子二酰甘油（DAG）和肌醇1,4,5-三磷酸（IP3）的产生。	暂无已核实直接文献
`At5g58700`	活化的磷脂酰肌醇特异性磷脂酶C介导第二信使分子二酰甘油（DAG）和肌醇1,4,5-三磷酸（IP3）的产生。	暂无已核实直接文献
`At2g40116`	活化的磷脂酰肌醇特异性磷脂酶C介导第二信使分子二酰甘油（DAG）和肌醇1,4,5-三磷酸（IP3）的产生。	暂无已核实直接文献
`At5g58670`	活化的磷脂酰肌醇特异性磷脂酶C介导第二信使分子二酰甘油（DAG）和肌醇1,4,5-三磷酸（IP3）的产生。	Arabidopsis PLC1 is required for secondary responses to abscisic acid signals.2001 · DOI: 10.1105/tpc.13.5.1143 A gene encoding a phosphatidylinositol-specific phospholipase C is induced by dehydration and salt stress in Arabidopsis thaliana.1995 · DOI: 10.1073/pnas.92.9.3903

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000054 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006950 response to stress 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009556 microsporogenesis 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010601 positive regulation of auxin biosynthetic process 生物过程

GO:0016042 lipid catabolic process 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0048015 phosphatidylinositol-mediated signaling 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G40116

ath:AT3G08510

ath:AT3G55940

ath:AT5G58670

ath:AT5G58700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.441

排名 1 · TkA01G638210 · TK1151

细胞膜0.387

排名 2 · TkA01G638210 · TK1151

细胞核0.186

排名 3 · TkA01G638210 · TK1151

内质网0.127

排名 4 · TkA01G638210 · TK1151

高尔基体0.095

排名 5 · TkA01G638210 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF09279EF-hand_like57-125 aa

PF27748MS1_C57-83 aa

PF00388PI-PLC-X143-285 aa

PF00387PI-PLC-Y332-366 aa

PF00387PI-PLC-Y382-470 aa

PF00168C2489-590 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G638210	`PF09279`	EF-hand_like	57	125	0.059	14.6
TkA01G638210	`PF27748`	MS1_C	57	83	0.2	11.8
TkA01G638210	`PF00388`	PI-PLC-X	143	285	1.4e-50	171.4
TkA01G638210	`PF00387`	PI-PLC-Y	332	366	6.7e-31	107.6
TkA01G638210	`PF00387`	PI-PLC-Y	382	470	6.7e-31	107.6
TkA01G638210	`PF00168`	C2	489	590	1.2e-13	51.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q39033`	拟南芥	sp\|Q39033\|PLCD2_ARATH Phosphoinositide phospholipase C 2	57.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LY51`	拟南芥	sp\|Q9LY51\|PLCD7_ARATH Phosphoinositide phospholipase C 7	57.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q944C1`	拟南芥	sp\|Q944C1\|PLCD4_ARATH Phosphoinositide phospholipase C 4	54.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q8GV43`	拟南芥	sp\|Q8GV43\|PLCD6_ARATH Phosphoinositide phospholipase C 6	52.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q39032`	拟南芥	sp\|Q39032\|PLCD1_ARATH Phosphoinositide phospholipase C 1	51.100%	Swiss-Prot	高置信

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