TkA01G625840 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G625840

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 157976257-157978308 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1323 bp · TkA01G625840|TK1151|cDNA

ATGTCGTATGCTAACATATCTGACCTTAATCCATCAAGAGAGGATTGGCTTATCCAAGCACGGTTGTGTAGGATGTGGGAAGCAATCAATTTTAAGAATGACAACGAGATTATGGGCTTAGAGATGGTATTTGTTGATGATAAGGGTGATTCAATTCAGGCTTACATTAGGAAGAACCATATGAAGAGATACAAGCCTATGTTGGAAGAAAGTGAGGTCTATGCTATTAGAAATTTCAGAGTCGCCAAATCAGCTGTTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1323 bp · TkA01G625840|TK1151|CDS

ATGTCGTATGCTAACATATCTGACCTTAATCCATCAAGAGAGGATTGGCTTATCCAAGCACGGTTGTGTAGGATGTGGGAAGCAATCAATTTTAAGAATGACAACGAGATTATGGGCTTAGAGATGGTATTTGTTGATGATAAGGGTGATTCAATTCAGGCTTACATTAGGAAGAACCATATGAAGAGATACAAGCCTATGTTGGAAGAAAGTGAGGTCTATGCTATTAGAAATTTCAGAGTCGCCAAATCAGCTGTTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

440 aa · TkA01G625840|TK1151|PROTEIN

MSYANISDLNPSREDWLIQARLCRMWEAINFKNDNEIMGLEMVFVDDKGDSIQAYIRKNHMKRYKPMLEESEVYAIRNFRVAKSAVQYKTHEERVYNNTLLTGYEKKIELKTETEKIMNVTLWGNISGMFDYSPYKGDDTPVIAIITSTTIKSFQGQLRYASTTATGIYFNLDIHEVKSLRTRFAEGNEGIKLLESEHIVHVPLAEQMSLNRRTIGEILAMEWISDNQERVFTVLAKIVEIEERYGWCYVSCNQCIKKVV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G625840`
TK1151 ID	TkA01G625840
OH-1004 ID	LXL04_035390
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	83.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.818 / OH-1004 72.872 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G625840`
位置	Chr01:157976257-157978308 (+)
描述	Similar to RPA1B: Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit B
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_035390` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000723 telomere maintenance 生物过程 GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程 GO:0006260 DNA replication 生物过程 GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程 GO:0006312 mitotic recombination 生物过程 GO:0007004 telomere maintenance via telomerase 生物过程 GO:0007131 reciprocal meiotic recombination 生物过程 GO:0007141 male meiosis I 生物过程 GO:0009555 pollen development 生物过程 GO:0010224 response to UV-B 生物过程 GO:0033260 nuclear DNA replication 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ath:AT2G06510 ath:AT5G08020 ath:AT5G61000 spo:2541158 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.968

排名 1 · TkA01G625840 · TK1151

细胞质0.086

排名 2 · TkA01G625840 · TK1151

细胞膜0.019

排名 3 · TkA01G625840 · TK1151

线粒体0.012

排名 4 · TkA01G625840 · TK1151

内质网0.009

排名 5 · TkA01G625840 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02721DUF2237-92 aa

PF16900REPA_OB_227-82 aa

PF30027ZK637_C34-52 aa

PF01336tRNA_anti-codon45-77 aa

PF31228BRC-2_C47-83 aa

PF16900REPA_OB_2105-157 aa

PF01336tRNA_anti-codon108-124 aa

PF08646Rep_fac-A_C232-370 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G625840	`PF02721`	DUF223	7	92	3.7e-15	56.9
TkA01G625840	`PF16900`	REPA_OB_2	27	82	2.9e-05	24.7
TkA01G625840	`PF30027`	ZK637_C	34	52	0.001	19.8
TkA01G625840	`PF01336`	tRNA_anti-codon	45	77	0.018	15.7
TkA01G625840	`PF31228`	BRC-2_C	47	83	0.074	13.8
TkA01G625840	`PF16900`	REPA_OB_2	105	157	2.9e-05	24.7
TkA01G625840	`PF01336`	tRNA_anti-codon	108	124	0.018	15.7
TkA01G625840	`PF08646`	Rep_fac-A_C	232	370	1.4e-21	77.5
TkA01G625840	`PF14951`	DUF4503	233	310	0.0014	17.9
TkA01G625840	`PF27511`	ComFA_N	237	277	0.13	13.4
TkA01G625840	`PF31228`	BRC-2_C	248	345	0.074	13.8
TkA01G625840	`PF17244`	CDC24_OB3	249	316	0.00033	21.3
TkA01G625840	`PF30027`	ZK637_C	259	313	0.001	19.8
TkA01G625840	`PF16900`	REPA_OB_2	284	307	2.9e-05	24.7
TkA01G625840	`PF01336`	tRNA_anti-codon	286	308	0.018	15.7
TkA01G625840	`PF02721`	DUF223	328	373	3.7e-15	56.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情