TkA01G620160 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G620160

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 156464535-156467470 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2032 bp · TkA01G620160|TK1151|cDNA

ACACTTTCACCCCCTTTTAAATAGCCCCAGCCGTCGAGCCACCCAATTTCTTCTCTCCCTCCCCAAAAGAAATATCTCCCACAAGAAATAACAGTACACTCATCATCTCTCTTAATTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAAGAACAAAATAGAGAGTTAGAGACACATGAAGTTGAGGATGCACACACCAACCAAGCCTCTTTTGTTATATTAACCTGCTGATTTACTAGTAGCAAGTAAGTGTTTTTTGGCTAAAGGGATA...

CDS

下载 CDS FASTA

1527 bp · TkA01G620160|TK1151|CDS

ATGTCTCTTGAGGATTCATTAAGATCTCTCTCTCTAGACTATCTAAATCTACTGATCAACGGGCAAGCCTTCAGCGACGTCACTTTCAGCGTGGAGGGAAGAATCGTCCATGCCCACCGCTGCATCCTGGCTGCTCGCAGCCTGTTCTTCAGAAAGTTCTTTTGCTCCGGCGGCACCGACTCTCCGACGGGGTCTGGATCGGATCCGTTAGGGTCGAGGATGGGTGTGGGTATGGGTATGGGACCCGCTTCCCCCAGGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

508 aa · TkA01G620160|TK1151|PROTEIN

MSLEDSLRSLSLDYLNLLINGQAFSDVTFSVEGRIVHAHRCILAARSLFFRKFFCSGGTDSPTGSGSDPLGSRMGVGMGMGPASPRNSPSSQVVIPVNSVGYEVFLLMLQFLYSGQVSIVPQKHEPRPNCGERGCWHTHCTSAVDLALDTLSAARSFGVEQLVLLTQKQLAIMVEKASIEDVMKVLLASRKQDMHQLWTTCSHLVAKSGLPPEVLAKHLPIDVVAKIEELRLKSSIARRSLMPHHHQHHHHDLSVAADLE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G620160`
TK1151 ID	TkA01G620160
OH-1004 ID	LXL04_000316
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G620160

位置 Chr01:156464535-156467470 (+)

描述 Similar to NPR5: Regulatory protein NPR5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g41370`	可能作为 E3 泛素蛋白连接酶复合体 (CUL3-RBX1-BTB) 的底物特异性适配器，介导目标蛋白的泛素化及随后通过蛋白酶体降解 (通过相似性推测)。	The BLADE ON PETIOLE genes act redundantly to control the growth and development of lateral organs.2005 · DOI: 10.1242/dev.01815 BLADE-ON-PETIOLE-dependent signaling controls leaf and floral patterning in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1105/tpc.104.030536 BLADE-ON-PETIOLE 1 and 2 control Arabidopsis lateral organ fate through regulation of LOB domain and adaxial-abaxial polarity genes.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.051938 The BLADE-ON-PETIOLE genes are essential for abscission zone formation in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1242/dev.012807 BLADE-ON-PETIOLE1 coordinates organ determinacy and axial polarity in arabidopsis by directly activating ASYMMETRIC LEAVES2.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.070763 Control of Arabidopsis leaf morphogenesis through regulation of the YABBY and KNOX families of transcription factors.2010 · DOI: 10.1534/genetics.110.118703 Arabidopsis BLADE-ON-PETIOLE1 and 2 promote floral meristem fate and determinacy in a previously undefined pathway targeting APETALA1 and AGAMOUS-LIKE24.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04299.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000316 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009609 response to symbiotic bacterium 生物过程

GO:0009864 induced systemic resistance, jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009877 nodulation 生物过程

GO:0009944 polarity specification of adaxial/abaxial axis 生物过程

GO:0009954 proximal/distal pattern formation 生物过程

GO:0010227 floral organ abscission 生物过程

GO:0010434 bract formation 生物过程

GO:0010582 floral meristem determinacy 生物过程

GO:0010865 stipule development 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0048439 flower morphogenesis 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G41370

lang:109358814

mtr:11417633

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.563

排名 1 · TkA01G620160 · TK1151

细胞核0.418

排名 2 · TkA01G620160 · TK1151

细胞膜0.121

排名 3 · TkA01G620160 · TK1151

溶酶体／液泡0.069

排名 4 · TkA01G620160 · TK1151

高尔基体0.050

排名 5 · TkA01G620160 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00651BTB18-57 aa

PF00651BTB88-123 aa

PF00651BTB149-169 aa

PF24521Ank_KRIT1166-192 aa

PF13606Ank_3173-188 aa

PF00651BTB179-205 aa

PF12796Ank_2179-209 aa

PF00023Ank180-187 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G620160	`PF00651`	BTB	18	57	1.4e-14	54.9
TkA01G620160	`PF00651`	BTB	88	123	1.4e-14	54.9
TkA01G620160	`PF00651`	BTB	149	169	1.4e-14	54.9
TkA01G620160	`PF24521`	Ank_KRIT1	166	192	0.0037	17.7
TkA01G620160	`PF13606`	Ank_3	173	188	2.4e-10	40.3
TkA01G620160	`PF00651`	BTB	179	205	1.4e-14	54.9
TkA01G620160	`PF12796`	Ank_2	179	209	7.1e-13	49.7
TkA01G620160	`PF00023`	Ank	180	187	7.9e-12	45.4
TkA01G620160	`PF13857`	Ank_5	197	214	7.4e-11	42.9
TkA01G620160	`PF13606`	Ank_3	201	216	2.4e-10	40.3
TkA01G620160	`PF11900`	DUF3420	209	268	1.1e-12	48.5
TkA01G620160	`PF24521`	Ank_KRIT1	266	368	0.0037	17.7
TkA01G620160	`PF13606`	Ank_3	270	288	2.4e-10	40.3
TkA01G620160	`PF13637`	Ank_4	272	283	3e-07	31.3
TkA01G620160	`PF12796`	Ank_2	273	356	7.1e-13	49.7
TkA01G620160	`PF00023`	Ank	274	285	7.9e-12	45.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZVC2`	拟南芥	sp\|Q9ZVC2\|NPR5_ARATH Regulatory protein NPR5	82.200%	Swiss-Prot	高置信

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