TkA01G617860 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G617860

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 155933115-155935031 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1917 bp · TkA01G617860|TK1151|cDNA

ATGATAAACCCTAAATCGTTATCGTCGTCTCCGAACACCATGCTTTATGCCGATTCTCCACTCTGCATCTCTCCCTTCAATCCTACATCAATGGAGCACGTTGAGTACGAACCAGAGTACAACCCAGAAGCTTTAACGAATTATTATTCATCTGGCGTTCAAACAGGCAGAACCAATAACCCAGATGTCAAATCTAAGATTATGAAAGCCAAAAACCATCTCGCTGCACTAGGTTGGACTTTTTTCTACATCTTGAAGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1917 bp · TkA01G617860|TK1151|CDS

ATGATAAACCCTAAATCGTTATCGTCGTCTCCGAACACCATGCTTTATGCCGATTCTCCACTCTGCATCTCTCCCTTCAATCCTACATCAATGGAGCACGTTGAGTACGAACCAGAGTACAACCCAGAAGCTTTAACGAATTATTATTCATCTGGCGTTCAAACAGGCAGAACCAATAACCCAGATGTCAAATCTAAGATTATGAAAGCCAAAAACCATCTCGCTGCACTAGGTTGGACTTTTTTCTACATCTTGAAGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

638 aa · TkA01G617860|TK1151|PROTEIN

MINPKSLSSSPNTMLYADSPLCISPFNPTSMEHVEYEPEYNPEALTNYYSSGVQTGRTNNPDVKSKIMKAKNHLAALGWTFFYILKKSSRRELRYRSPTGKTFISLRTACQSLIAQHDDHDLDAVTSVIEEVTEQEPKLMKNDDSVTVANTRSTKRIRIEDVESSYFRQQQQREESVGNDNDLGTDNDEKKECFTKDRQKKSLPKIKKLMESGKKINQLKPKKRIRMAKPSSRGRGCLLSLLIQRKIVSRGSRVSYLNRL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G617860`
TK1151 ID	TkA01G617860
OH-1004 ID	LXL04_000348
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.611 / OH-1004 97.913 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G617860

位置 Chr01:155933115-155935031 (+)

描述 Similar to IDM1: Increased DNA methylation 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g14980`	组蛋白 H3 乙酰转移酶，在缺乏组蛋白 H3K4 二甲基化或三甲基化的染色质位点结合甲基化 DNA，并催化 H3K18 和 H3K23 乙酰化。	A histone acetyltransferase regulates active DNA demethylation in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1126/science.1219416 Antisilencing role of the RNA-directed DNA methylation pathway and a histone acetyltransferase in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1208557109 Regulation of active DNA demethylation by an α-crystallin domain protein in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1016/j.molcel.2014.06.008

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000348 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0007064 mitotic sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0007283 spermatogenesis 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程

GO:0015671 oxygen transport 生物过程

GO:0030261 chromosome condensation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G14980

dme:Dmel_CG8103

hsa:1108

mmu:107932

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.939

排名 1 · TkA01G617860 · TK1151

细胞质0.108

排名 2 · TkA01G617860 · TK1151

细胞膜0.030

排名 3 · TkA01G617860 · TK1151

质体0.017

排名 4 · TkA01G617860 · TK1151

内质网0.016

排名 5 · TkA01G617860 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22970DUF702834-116 aa

PF16135TDBD209-219 aa

PF16135TDBD268-318 aa

PF16744zf-RING_15269-286 aa

PF00628PHD273-283 aa

PF13831PHD_2275-280 aa

PF13771zf-HC5HC2H331-374 aa

PF16744zf-RING_15343-372 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G617860	`PF22970`	DUF7028	34	116	3e-25	88.7
TkA01G617860	`PF16135`	TDBD	209	219	1.2e-20	73.9
TkA01G617860	`PF16135`	TDBD	268	318	1.2e-20	73.9
TkA01G617860	`PF16744`	zf-RING_15	269	286	1.3	10.0
TkA01G617860	`PF00628`	PHD	273	283	2.6e-09	37.7
TkA01G617860	`PF13831`	PHD_2	275	280	0.0022	18.1
TkA01G617860	`PF13771`	zf-HC5HC2H	331	374	0.0014	19.5
TkA01G617860	`PF16744`	zf-RING_15	343	372	1.3	10.0
TkA01G617860	`PF23011`	PHD-1st_NSD	344	387	0.00046	21.0
TkA01G617860	`PF00628`	PHD	347	387	2.6e-09	37.7
TkA01G617860	`PF23004`	PHDvar_NSD	347	372	0.28	11.9
TkA01G617860	`PF15446`	zf-PHD-like	351	373	0.0046	17.2
TkA01G617860	`PF13831`	PHD_2	355	387	0.0022	18.1
TkA01G617860	`PF23011`	PHD-1st_NSD	384	409	0.00046	21.0
TkA01G617860	`PF13771`	zf-HC5HC2H	388	437	0.0014	19.5
TkA01G617860	`PF00628`	PHD	389	429	2.6e-09	37.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4IXE7`	拟南芥	sp\|F4IXE7\|IDM1_ARATH Increased DNA methylation 1	36.600%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情