RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G612530
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 154399974-154401781 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1460 bp · TkA01G612530|TK1151|cDNA

TCACTTTCAAAATCGTCACAATCTTCCGACTTTCTCAGTCCAGATTGTTGTTCTTGTATGAGACGATTCAGTCGATTGGCTACTGCGTCTGAAATTCAATAACATGTATGTCTCAATCGTTTCTTTTACAGATGAAAAACTCGCATCATGCTTCAATTAAGGGCCTTGATGCTGTTCAGTTAATAAATTGAATCGGTTGGTTTTGTCTACTCTCAATGGGGGATCAATCGCCACAAAACACAATGAACCTCGACCTTAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

987 bp · TkA01G612530|TK1151|CDS

ATGGGGGATCAATCGCCACAAAACACAATGAACCTCGACCTTAATCTGGGGCCGTTTGTTCATCCTTCTGACGATGATCAACCAGATGCCATGACCTTCGAAGATTGGCTACTTGGGTCCATGAGAGAAGTGACTTCTAATCGCCCTATAGCTGCTAGACAGCGATTACAGTCAGTTTGGAGACATATGCCTGTTTCCATGGAACCCACAAACACCACTCTAGGGTTGACAAGTCACACAGGCAGTGATCATAATAATGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

328 aa · TkA01G612530|TK1151|PROTEIN

MGDQSPQNTMNLDLNLGPFVHPSDDDQPDAMTFEDWLLGSMREVTSNRPIAARQRLQSVWRHMPVSMEPTNTTLGLTSHTGSDHNNDNEQPQDMNKTNENGDKLENGTMGDKNHETNNKNEASFFDCNICLDLASDPVVTCCGHLFCWPCLYRWLFIHSDSKECPLCKGQVTMKTITPIYTRGTRPHPQTLDHSNLKIPSRPQANRVESWRQSIQRNTLNIPMFEMIRRLDNRFDLSTNPNQSLLNRIFTSRGLRSGQDL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G612530
TK1151 IDTkA01G612530
OH-1004 IDLXL04_000427
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)97.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 60.482
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G612530
位置Chr01:154399974-154401781 (-)
描述Similar to RMA3: E3 ubiquitin-protein ligase RMA3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g27470 E3 泛素蛋白连接酶。
Characterization of three Arabidopsis homologs of human RING membrane anchor E3 ubiquitin ligase.2009 · DOI: 10.1007/s00299-009-0680-8
At4g28270 E3 泛素蛋白连接酶，可促进生长素结合蛋白 ERABP1 的泛素化和蛋白酶体降解。
Characterization of three Arabidopsis homologs of human RING membrane anchor E3 ubiquitin ligase.2009 · DOI: 10.1007/s00299-009-0680-8
In vitro and in vivo interaction of AtRma2 E3 ubiquitin ligase and auxin binding protein 1.2010 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2010.02.032
At4g03510 E3 泛素蛋白连接酶，促进水通道蛋白 PIP2-1 的泛素化和蛋白酶体降解。
Rma1, a novel type of RING finger protein conserved from Arabidopsis to human, is a membrane-bound ubiquitin ligase.2001 · DOI: 10.1242/jcs.114.10.1949
Characterization of three Arabidopsis homologs of human RING membrane anchor E3 ubiquitin ligase.2009 · DOI: 10.1007/s00299-009-0680-8
Drought stress-induced Rma1H1, a RING membrane-anchor E3 ubiquitin ligase homolog, regulates aquaporin levels via ubiquitination in transgenic Arabidopsis plants.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.061994

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000427 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0006914 autophagy 生物过程
GO:0009617 response to bacterium 生物过程
GO:0010507 negative regulation of autophagy 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0018996 molting cycle, collagen and cuticulin-based cuticle 生物过程
GO:0030163 protein catabolic process 生物过程
GO:0031648 protein destabilization 生物过程
GO:0036503 ERAD pathway 生物过程
GO:0040039 inductive cell migration 生物过程
GO:0044314 protein K27-linked ubiquitination 生物过程
GO:0045087 innate immune response 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G27470
cel:CELE_C16C10.7
mmu:193670
mmu:54197
rno:407784
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.863
排名 1 · TkA01G612530 · TK1151
细胞质0.284
排名 2 · TkA01G612530 · TK1151
细胞膜0.029
排名 3 · TkA01G612530 · TK1151
线粒体0.028
排名 4 · TkA01G612530 · TK1151
内质网0.016
排名 5 · TkA01G612530 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05290Baculo_IE-1117-170 aa
PF13639zf-RING_2126-168 aa
PF14634zf-RING_5126-168 aa
PF00097zf-C3HC4127-167 aa
PF13923zf-C3HC4_2127-167 aa
PF13445zf-RING_UBOX127-165 aa
PF13920zf-C3HC4_3127-172 aa
PF15227zf-C3HC4_4127-167 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G612530PF05290Baculo_IE-11171700.0116.6
TkA01G612530PF13639zf-RING_21261681.6e-0732.2
TkA01G612530PF14634zf-RING_51261684.4e-0730.5
TkA01G612530PF00097zf-C3HC41271673.1e-0834.0
TkA01G612530PF13923zf-C3HC4_21271673.5e-0833.8
TkA01G612530PF13445zf-RING_UBOX1271653.9e-0833.9
TkA01G612530PF13920zf-C3HC4_31271726.5e-0729.8
TkA01G612530PF15227zf-C3HC4_41271676.9e-0523.6
TkA01G612530PF24921RING_XB3-XBAT311271710.0004520.9
TkA01G612530PF14447Prok-RING_41271720.001619.0
TkA01G612530PF21362Sina_RING1271670.2812.1
TkA01G612530PF03854zf-P111271681.09.8
TkA01G612530PF21363TRAF3_RING1301673.08.3
TkA01G612530PF12678zf-rbx11351680.01915.9
TkA01G612530PF12861zf-ANAPC111381740.005417.5
TkA01G612530PF13445zf-RING_UBOX1641773.9e-0833.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8GUK7拟南芥sp|Q8GUK7|RMA3_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RMA346.300%Swiss-Prot低置信
P93030拟南芥sp|P93030|RMA2_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RMA245.100%Swiss-Prot低置信
O64425拟南芥sp|O64425|RMA1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RMA145.500%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看