TkA01G609830 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G609830

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 153723164-153728548 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3225 bp · TkA01G609830|TK1151|cDNA

AGCTTAAAATACACATCCACCCGTATGCGAAGACCCCCTCCGTTCTCACTCACTCGCAATTAGGCTTTGTGGTTCTCTGTATCTCCCTCTCTTCCATCCTTCATCTACTTTGCTTCCCGTTGATCCATCAACCACTGCAACCATGAGCGACCAAGGTGAAAAGACTTGCCCACTTTGTGCTGAAGAGATGGATCTAACAGATCAGCAGCTGAGGCCTTGCAAATGTGGTTATGAGATTTGTGTTTGGTGCTGGCACCACA...

CDS

下载 CDS FASTA

2520 bp · TkA01G609830|TK1151|CDS

ATGAGCGACCAAGGTGAAAAGACTTGCCCACTTTGTGCTGAAGAGATGGATCTAACAGATCAGCAGCTGAGGCCTTGCAAATGTGGTTATGAGATTTGTGTTTGGTGCTGGCACCACATAATGGATATGGCCGAGAAGGATAACACAGAAGGTCGGTGTCCAGCATGTCGTACGCCTTATAACAAGGAAAAGATTGTGGGGACAGCTTCAAAGTGTGAAAGATTGGTTACTGGAATGAGTGTGGAGAAGAAACAGAAGCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

839 aa · TkA01G609830|TK1151|PROTEIN

MSDQGEKTCPLCAEEMDLTDQQLRPCKCGYEICVWCWHHIMDMAEKDNTEGRCPACRTPYNKEKIVGTASKCERLVTGMSVEKKQKPQKGKTKTSEGRKQLGTVRVIQRNLVYIVGLPLNLADEDLLQQKEYFGRYGKVLKVSISRTAAGAIQQFANSTCSVYITYSKEEEAVRSIQSAHGFVLEGRTLRACFGTTKYCHAWLRNAPCTNADCLYLHEFGPEEDSFTKDEIVSAYTRVQQITGVTNDMQRRSGNLLPPPA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G609830`
TK1151 ID	TkA01G609830
OH-1004 ID	LXL04_000480
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G609830`
位置	Chr01:153723164-153728548 (-)
描述	Similar to Cnot4: CCR4-NOT transcription complex subunit 4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_000480` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程 GO:0000289 nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0006513 protein monoubiquitination 生物过程 GO:0010498 proteasomal protein catabolic process 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程 GO:0031087 deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA 生物过程 GO:0032968 positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程 GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程 GO:0070966 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, no-go decay 生物过程
KEGG 基因交叉引用	hsa:4850 mmu:53621 sce:YER068W spo:2542325 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.595

排名 1 · TkA01G609830 · TK1151

细胞核0.355

排名 2 · TkA01G609830 · TK1151

细胞膜0.116

排名 3 · TkA01G609830 · TK1151

溶酶体／液泡0.062

排名 4 · TkA01G609830 · TK1151

高尔基体0.046

排名 5 · TkA01G609830 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01363FYVE2-60 aa

PF14569zf-UDP3-64 aa

PF24921RING_XB3-XBAT315-14 aa

PF13920zf-C3HC4_36-61 aa

PF05290Baculo_IE-18-64 aa

PF14570zf-RING_49-61 aa

PF24921RING_XB3-XBAT319-59 aa

PF13445zf-RING_UBOX9-54 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G609830	`PF01363`	FYVE	2	60	0.77	10.6
TkA01G609830	`PF14569`	zf-UDP	3	64	0.019	15.7
TkA01G609830	`PF24921`	RING_XB3-XBAT31	5	14	5.7	7.8
TkA01G609830	`PF13920`	zf-C3HC4_3	6	61	5.6	7.6
TkA01G609830	`PF05290`	Baculo_IE-1	8	64	0.0043	17.7
TkA01G609830	`PF14570`	zf-RING_4	9	61	6.1e-20	71.5
TkA01G609830	`PF24921`	RING_XB3-XBAT31	9	59	5.7	7.8
TkA01G609830	`PF13445`	zf-RING_UBOX	9	54	8.7	7.2
TkA01G609830	`PF00097`	zf-C3HC4	9	56	9.6	6.9
TkA01G609830	`PF00076`	RRM_1	112	190	1.9e-05	25.2
TkA01G609830	`PF14284`	PcfJ	162	246	0.11	13.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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