TkA01G607190 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G607190

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 152997705-153001074 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1461 bp · TkA01G607190|TK1151|cDNA

CCGATATCATTTTTATCAGTTCCCGGTTCGAAACGCCTTGACGACGGAGAGATGGGTGCATTGAAATCTCTAGAGGAGGACTATGCCATAATTGACGCCAAGTTTCTTCAATTCTGTGCATCTCGCGGCATTTTTTCCGCGTTTTATCGAGTGGATCATAGATGAAGTAGCTGGTCATTGCAGGCTATGGCTCTTGCATTTAACGTCTTTAACGTGTAGCAATACGTGGATCAGTTCGTTTAGGGCTGTTTTTTTCGTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

948 bp · TkA01G607190|TK1151|CDS

ATGGGTGCATTGAAATCTCTAGAGGAGGACTATGCCATAATTGACGCCAAGTTTCTTCAATTCTGTGCATCTCGCGGCATTTTTTCCGTTGAAGATTTCTTAGTGCATGATGTGTACATGTTGATGGCTTCTGCAGAGAAACTCTCTAATTCAGATAGATTAAAACAGGGTATCAACCAACTCATCTCAATAACAGAAACCTACCATCAACCATGGATGAATGGTCTGATGTTATTGGAAGATAGAGAACAGAATAAACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

315 aa · TkA01G607190|TK1151|PROTEIN

MGALKSLEEDYAIIDAKFLQFCASRGIFSVEDFLVHDVYMLMASAEKLSNSDRLKQGINQLISITETYHQPWMNGLMLLEDREQNKQYISTGCESFDVLLQGGLHEGHVTELVGPSSSGKTQVCFQVASNVAMKRGNVVFFDSGNSFSPTRIKQMVTHISGSEENTVNEVVHQSLRNIKHHAVFDIYTLLDLLHQLNTNPKSQKPHQIQLIIVDSISSLISPILGGSNTQGHALMVSVGYLLKQLADQHNIAVLVTNHMV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G607190`
TK1151 ID	TkA01G607190
OH-1004 ID	LXL04_018024
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	25.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 65.397 / OH-1004 30.218 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G607190

位置 Chr01:152997705-153001074 (+)

描述 Similar to XRCC3: DNA repair protein XRCC3 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g07745`	参与同源重组修复（HRR）通路，用于修复在 DNA 复制过程中或由 DNA 损伤因子诱导的双链 DNA 断裂。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018024 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000722 telomere maintenance via recombination 生物过程

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0010824 regulation of centrosome duplication 生物过程

GO:0015074 DNA integration 生物过程

GO:0031297 replication fork processing 生物过程

GO:0036297 interstrand cross-link repair 生物过程

GO:0045003 double-strand break repair via synthesis-dependent strand annealing 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G57450

bta:768244

hsa:7517

mmu:74335

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.548

排名 1 · TkA01G607190 · TK1151

细胞质0.382

排名 2 · TkA01G607190 · TK1151

线粒体0.126

排名 3 · TkA01G607190 · TK1151

细胞膜0.035

排名 4 · TkA01G607190 · TK1151

过氧化物酶体0.026

排名 5 · TkA01G607190 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10483Elong_Iki151-70 aa

PF00154RecA_N75-155 aa

PF05625PAXNEB86-108 aa

PF08423Rad5188-276 aa

PF06745ATPase89-278 aa

PF03796DnaB_C89-256 aa

PF13481AAA_2598-258 aa

PF00005ABC_tran103-166 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G607190	`PF10483`	Elong_Iki1	51	70	0.28	11.4
TkA01G607190	`PF00154`	RecA_N	75	155	1.8e-09	38.2
TkA01G607190	`PF05625`	PAXNEB	86	108	0.05	13.4
TkA01G607190	`PF08423`	Rad51	88	276	1e-19	71.5
TkA01G607190	`PF06745`	ATPase	89	278	1.2e-08	35.4
TkA01G607190	`PF03796`	DnaB_C	89	256	3.4e-07	30.7
TkA01G607190	`PF13481`	AAA_25	98	258	9.7e-09	35.8
TkA01G607190	`PF00005`	ABC_tran	103	166	0.011	17.0
TkA01G607190	`PF13401`	AAA_22	109	218	0.014	16.4
TkA01G607190	`PF01637`	ATPase_2	112	255	0.00085	19.9
TkA01G607190	`PF13479`	AAA_24	112	226	0.0025	18.2
TkA01G607190	`PF04851`	ResIII	112	214	0.01	16.4
TkA01G607190	`PF02224`	Cytidylate_kin	114	183	0.13	12.7
TkA01G607190	`PF01656`	CbiA	116	206	0.22	12.2
TkA01G607190	`PF10483`	Elong_Iki1	134	180	0.28	11.4
TkA01G607190	`PF05625`	PAXNEB	186	256	0.05	13.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LQQ2`	拟南芥	sp\|Q9LQQ2\|RA51D_ARATH DNA repair protein RAD51 homolog 4	51.700%	Swiss-Prot	高置信

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