RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G598920
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 150846798-150848867 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1788 bp · TkA01G598920|TK1151|cDNA

ATGCTCCGCAACGGTCTTTTCTCCGACCCCTTTTCAGCCAGTATCCTCGTCTCCGCTTTTGCCCTTTCTCCTTTGCAAGACGTCGATTACGCCCACAAACTGTTCGACCAAATTCCTAAACCAAATATCTACACTTGGAACGCGCTCATTCGCGCTTACTCTTCAAGTCAAGTTCCCATCCAAAGCCTCTCGATTTTCACCCAAATGTTTTACCGTTCTGATGAAGTGTTACCCAACAAGTTCACTTACCCTTTTGTAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1788 bp · TkA01G598920|TK1151|CDS

ATGCTCCGCAACGGTCTTTTCTCCGACCCCTTTTCAGCCAGTATCCTCGTCTCCGCTTTTGCCCTTTCTCCTTTGCAAGACGTCGATTACGCCCACAAACTGTTCGACCAAATTCCTAAACCAAATATCTACACTTGGAACGCGCTCATTCGCGCTTACTCTTCAAGTCAAGTTCCCATCCAAAGCCTCTCGATTTTCACCCAAATGTTTTACCGTTCTGATGAAGTGTTACCCAACAAGTTCACTTACCCTTTTGTAAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

595 aa · TkA01G598920|TK1151|PROTEIN

MLRNGLFSDPFSASILVSAFALSPLQDVDYAHKLFDQIPKPNIYTWNALIRAYSSSQVPIQSLSIFTQMFYRSDEVLPNKFTYPFVIKAASELLDMRLGEVLLGMAIKMSLGSDVFILNSLIHFYSSCKCLNSAYRVFLNIPTYGIKESLNLNNALLDMYTKCGSLEDAQNLFDKMPEKDIVSWTTMVVGYAKSGDYITARKHFNTMPNQEVSNKAKPDSVTMVTTLSACAQMGAMDMGGWIHVYIKKHGFNLTCHLTTS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G598920
TK1151 IDTkA01G598920
OH-1004 IDLXL04_000623
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)82.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 92.236
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G598920
位置Chr01:150846798-150848867 (-)
描述Similar to PCMP-H33: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g29760, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g29760 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472
At5g48910 含五次肽重复序列的蛋白At5g48910。 暂无已核实直接文献
At1g08070 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。 暂无已核实直接文献
At5g40405 推测含五重复肽的蛋白 At5g40405。 暂无已核实直接文献
At1g59720 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。
Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000623 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0009644 response to high light intensity 生物过程
GO:0010027 thylakoid membrane organization 生物过程
GO:0010207 photosystem II assembly 生物过程
GO:0010380 regulation of chlorophyll biosynthetic process 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0048564 photosystem I assembly 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G08070
ath:AT2G22410
ath:AT2G29760
ath:AT3G12770
ath:AT3G22690
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.633
排名 1 · TkA01G598920 · TK1151
质体0.204
排名 2 · TkA01G598920 · TK1151
细胞核0.066
排名 3 · TkA01G598920 · TK1151
细胞质0.035
排名 4 · TkA01G598920 · TK1151
过氧化物酶体0.006
排名 5 · TkA01G598920 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041PPR_21-21 aa
PF29070MSC6_N26-63 aa
PF01535PPR27-38 aa
PF13041PPR_227-38 aa
PF12854PPR_127-37 aa
PF22330Rib_mS39_PPR27-51 aa
PF12854PPR_140-53 aa
PF13812PPR_340-89 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G598920PF13041PPR_21211.3e-42144.4
TkA01G598920PF29070MSC6_N26639.2e-1658.6
TkA01G598920PF01535PPR27381.3e-46154.4
TkA01G598920PF13041PPR_227381.3e-42144.4
TkA01G598920PF12854PPR_127374.7e-2897.3
TkA01G598920PF22330Rib_mS39_PPR27510.2212.0
TkA01G598920PF12854PPR_140534.7e-2897.3
TkA01G598920PF13812PPR_340892.8e-1866.5
TkA01G598920PF13041PPR_241891.3e-42144.4
TkA01G598920PF01535PPR44691.3e-46154.4
TkA01G598920PF17177PPR_long441754.8e-1039.9
TkA01G598920PF23276TPR_2446805e-0936.9
TkA01G598920PF29834SOV1_C59890.07112.8
TkA01G598920PF12854PPR_176874.7e-2897.3
TkA01G598920PF29834SOV1_C1021380.07112.8
TkA01G598920PF13041PPR_21141451.3e-42144.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O82380拟南芥sp|O82380|PP175_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g29760, chloroplastic50.100%Swiss-Prot高置信
Q9FI80拟南芥sp|Q9FI80|PP425_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g4891041.700%Swiss-Prot中等置信
Q9LN01拟南芥sp|Q9LN01|PPR21_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08070, chloroplastic38.400%Swiss-Prot中等置信
Q9FND7拟南芥sp|Q9FND7|PP410_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g4040538.500%Swiss-Prot中等置信
Q0WQW5拟南芥sp|Q0WQW5|PPR85_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g59720, chloroplastic/mitochondrial40.500%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看