TkA01G588520 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G588520

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 148052966-148057199 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2218 bp · TkA01G588520|TK1151|cDNA

TTTTAAAGTGCGTATCATCTATCAATTTCACGATTTAGAAACTCCGGCCGGCGCCAAACCCTCTCTCCCTCGTTCAAAGTTTCTCATCCGAACTACATTTTAAACGTTGAACGCTACGACGGCAGCTATGATCTGATCTGCAGCCTTGATCCATTTCGGGACTCCGTTTTTGGATAATTGGTCATTTTACCCACTGAAATCAGGAAGCAGCAGATGAGTGGGGCGAGACTGTGTTCATTATTGGGTGAATTGGGGTACGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1851 bp · TkA01G588520|TK1151|CDS

ATGAGTGGGGCGAGACTGTGTTCATTATTGGGTGAATTGGGGTACGAAGGTCATGGGGCACTTGATCCAGACAGCTTTGAATGGCCATTTCAGTACGAAGATGCTCGTCCTATACTCGATTGGCTATGCTCCAGCCTTCGTCCCTCCAATGTCCTCTCCGCCTCTGAACTTTCCCAGTATGAACAGTTTATACAAGATGGAAAGCTTTTGGAGGGGGAAGACCTAGATTTTGCTTATGAAAGCATATCAGCCTTTTCAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

616 aa · TkA01G588520|TK1151|PROTEIN

MSGARLCSLLGELGYEGHGALDPDSFEWPFQYEDARPILDWLCSSLRPSNVLSASELSQYEQFIQDGKLLEGEDLDFAYESISAFSTRRDNQEAVFGAEEGLKEIRDATLAYKTEAMELQRQLGHLQSQYDMLSTQASALIQGKRARVASTSTVNGQLTTIDDSLSARNLEMNAVLGRIASTAQELAHFHSGDEDGIYLAYSDFHPYLLVDSLCMKELNQWFVKQLDTGPYRLVAEEGKSKCSWVNLDDISNTLVRDSQK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G588520`
TK1151 ID	TkA01G588520
OH-1004 ID	LXL04_000781
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G588520

位置 Chr01:148052966-148057199 (+)

描述 Similar to AUG3: AUGMIN subunit 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g48520`	参与纺锤体和成膜体发育过程中的微管重组。	Augmin plays a critical role in organizing the spindle and phragmoplast microtubule arrays in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.086892

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000781 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007098 centrosome cycle 生物过程

GO:0010968 regulation of microtubule nucleation 生物过程

GO:0031023 microtubule organizing center organization 生物过程

GO:0051225 spindle assembly 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0080175 phragmoplast microtubule organization 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005813 centrosome 细胞组分

GO:0005815 microtubule organizing center 细胞组分

GO:0005819 spindle 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G48520

dre:566923

hsa:79441

mmu:231123

xla:446808

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.611

排名 1 · TkA01G588520 · TK1151

细胞核0.312

排名 2 · TkA01G588520 · TK1151

高尔基体0.102

排名 3 · TkA01G588520 · TK1151

溶酶体／液泡0.059

排名 4 · TkA01G588520 · TK1151

细胞膜0.059

排名 5 · TkA01G588520 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14932HAUS-augmin328-289 aa

PF28231STB2_C78-150 aa

PF27045HAUS3_C118-134 aa

PF04513Baculo_PEP_C118-178 aa

PF01873eIF-5_eIF-2B234-296 aa

PF28231STB2_C244-354 aa

PF04513Baculo_PEP_C296-357 aa

PF14932HAUS-augmin3342-360 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G588520	`PF14932`	HAUS-augmin3	28	289	1.6e-84	284.2
TkA01G588520	`PF28231`	STB2_C	78	150	0.054	14.7
TkA01G588520	`PF27045`	HAUS3_C	118	134	9e-07	29.4
TkA01G588520	`PF04513`	Baculo_PEP_C	118	178	9.6	7.0
TkA01G588520	`PF01873`	eIF-5_eIF-2B	234	296	0.13	12.8
TkA01G588520	`PF28231`	STB2_C	244	354	0.054	14.7
TkA01G588520	`PF04513`	Baculo_PEP_C	296	357	9.6	7.0
TkA01G588520	`PF14932`	HAUS-augmin3	342	360	1.6e-84	284.2
TkA01G588520	`PF27045`	HAUS3_C	483	502	9e-07	29.4
TkA01G588520	`PF04513`	Baculo_PEP_C	483	539	9.6	7.0
TkA01G588520	`PF27045`	HAUS3_C	514	527	9e-07	29.4
TkA01G588520	`PF28231`	STB2_C	517	584	0.054	14.7
TkA01G588520	`PF14932`	HAUS-augmin3	538	583	1.6e-84	284.2
TkA01G588520	`PF27045`	HAUS3_C	543	612	9e-07	29.4
TkA01G588520	`PF04513`	Baculo_PEP_C	599	613	9.6	7.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0WQE7`	拟南芥	sp\|Q0WQE7\|AUG3_ARATH AUGMIN subunit 3	80.500%	Swiss-Prot	高置信

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