RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G588320
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 148000351-148002050 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1339 bp · TkA01G588320|TK1151|cDNA

GTCAATCCAAAATATAATCATTTGATTCTAATTTTTTCAACGTCTAAGATTTCTATTTCCTTTAAAAGGTTCCCACGTTGCGGACACCATTATCATAACTTTCCCTCTCTAGAAATGGAAGAAGGAGAAGGCGGAGAGGAGTACCTCTTCAAGATAGTGGTAATTGGTGATTCGGCCGTCGGAAAATCCAACCTACTGTCTCGTTTCGCTAGAGACGAGTTTGATTTACACTCAAAGGCAACCATTGGTGTCGAGTTTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

750 bp · TkA01G588320|TK1151|CDS

GTCAATCCAAAATATAATCATTTGATTCTAATTTTTTCAACGTCTAAGATTTCTATTTCCTTTAAAAGGTTCCCACGTTGCGGACACCATTATCATAACTTTCCCTCTCTAGAAATGGAAGAAGGAGAAGGCGGAGAGGAGTACCTCTTCAAGATAGTGGTAATTGGTGATTCGGCCGTCGGAAAATCCAACCTACTGTCTCGTTTCGCTAGAGACGAGTTTGATTTACACTCAAAGGCAACCATTGGTGTCGAGTTTCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

249 aa · TkA01G588320|TK1151|PROTEIN

VNPKYNHLILIFSTSKISISFKRFPRCGHHYHNFPSLEMEEGEGGEEYLFKIVVIGDSAVGKSNLLSRFARDEFDLHSKATIGVEFQTQVVDIDGKEVKAQVWDTAGQERFRAVTSAYYRGAVGALIVYDISRRTTFESIKRWLGELNTHCDTSMATMLVGNKSDLENIRDVSVEEGKNLAEEEGLFFIETSALDSTNVTTAFEIVIRAIYDNVRRKVLNSDSYKSEVSLNRVSLVKDTTSKQSYCCSK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G588320
TK1151 IDTkA01G588320
OH-1004 IDLXL04_018640
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)88.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 84.337 / OH-1004 99.524
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G588320
位置Chr01:148000351-148002050 (-)
描述Similar to RABA5B: Ras-related protein RABA5b
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g07410 细胞内囊泡运输和蛋白质运输。 暂无已核实直接文献
At1g05810 细胞内囊泡运输和蛋白质运输。 暂无已核实直接文献
At2g31680 细胞内囊泡运输和蛋白质运输。 暂无已核实直接文献
At2g43130 细胞内囊泡运输和蛋白质运输。
In vitro mutation analysis of Arabidopsis thaliana small GTP-binding proteins and detection of GAP-like activities in plant cells.1994 · DOI: 10.1016/0014-5793(94)80696-9
At5g47520 细胞内囊泡运输和蛋白质运输。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018640 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程
GO:0009408 response to heat 生物过程
GO:0048219 inter-Golgi cisterna vesicle-mediated transport 生物过程
GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分
GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005777 peroxisome 细胞组分
GO:0005795 Golgi stack 细胞组分
GO:0005798 Golgi-associated vesicle 细胞组分
GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G05810
ath:AT2G31680
ath:AT2G43130
ath:AT3G07410
ath:AT5G47520
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.361
排名 1 · TkA01G588320 · TK1151
高尔基体0.325
排名 2 · TkA01G588320 · TK1151
细胞膜0.196
排名 3 · TkA01G588320 · TK1151
溶酶体／液泡0.190
排名 4 · TkA01G588320 · TK1151
内质网0.159
排名 5 · TkA01G588320 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00735Septin49-107 aa
PF00025Arf50-204 aa
PF00071Ras51-211 aa
PF08477Roc51-165 aa
PF01926MMR_HSR151-150 aa
PF10662PduV-EutP51-103 aa
PF05621TniB51-73 aa
PF03193RsgA_GTPase52-71 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G588320PF00735Septin491070.1412.1
TkA01G588320PF00025Arf502045.6e-1452.7
TkA01G588320PF00071Ras512115.8e-61205.5
TkA01G588320PF08477Roc511657.8e-34117.2
TkA01G588320PF01926MMR_HSR1511503.8e-0524.5
TkA01G588320PF10662PduV-EutP511030.009716.4
TkA01G588320PF05621TniB51730.1112.6
TkA01G588320PF03193RsgA_GTPase52710.04814.2
TkA01G588320PF13191AAA_1652720.2612.5
TkA01G588320PF13304AAA_2153990.1412.9
TkA01G588320PF00009GTP_EFTU832100.0003121.1
TkA01G588320PF03193RsgA_GTPase1261990.04814.2
TkA01G588320PF00735Septin1682180.1412.1
TkA01G588320PF13191AAA_162002180.2612.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SRS5拟南芥sp|Q9SRS5|RAA5B_ARATH Ras-related protein RABA5b75.800%Swiss-Prot高置信
P19892拟南芥sp|P19892|RAA5E_ARATH Ras-related protein RABA5e77.500%Swiss-Prot高置信
Q9SIP0拟南芥sp|Q9SIP0|RAA5D_ARATH Ras-related protein RABA5d76.600%Swiss-Prot高置信
P28187拟南芥sp|P28187|RAA5C_ARATH Ras-related protein RABA5c74.100%Swiss-Prot高置信
Q9FGK5拟南芥sp|Q9FGK5|RAA5A_ARATH Ras-related protein RABA5a69.500%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看