TkA01G578490 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G578490

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 145456788-145459914 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1744 bp · TkA01G578490|TK1151|cDNA

CTAAAACTCGTTTATTTTATACCGATTTTGTGTCATTTATCGTATCATTTAAATTTGCCATGTGTACAAGAGAGGATTAGAAATGCTCAAAAGATAGGTTCCCTCGACTTGACTAATAAAAGTCAAAATTAACCTCGAATTGTTTAGGTAACATCAGTGATACTGTGATAGTAAGATTTAGAAATTGGAACCTCGAATTGAAAATCGGCTTTTTATACTTACACACTCAGGCGTAGGTTAGAAGAGGCCTCTGTTGGGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

942 bp · TkA01G578490|TK1151|CDS

ATGGGGTCTCAAGTACTTGTACCCTTTAGAGGTTCCGAGGATTCGCCACGTCATCTCAAACTTATGGGTGATTTGGGACAGATTGTTCCCATGAAATATAATCCCCGAGATGAAAACTCCATCAAAGCAGTCATGGCCAAAGCAAATGTTGTCATCAATCTCATAGGACGGGAATATGAAACTAGAAATTACAGTTTTGAGCAAGTGAACCATCGTATGGCTGAACAACTTGCAACCCTTTCAAAAGAACATGGTGGAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

313 aa · TkA01G578490|TK1151|PROTEIN

MGSQVLVPFRGSEDSPRHLKLMGDLGQIVPMKYNPRDENSIKAVMAKANVVINLIGREYETRNYSFEQVNHRMAEQLATLSKEHGGIMRFIQLSCLGASQSSPSRMLQAKAAAEESIFRELPEATILRPAVMLGTEDRILNPWAQFAKKYNFLPLIGNGSTKIQPVYVADVASAVVAALKDDGTSMGKTYELGGPDVYTLHQLAELMYEVIREWPHYVNVPFPIAKAISTPRDLLLNKVPFPLPSPSIFNLDLINALSSD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G578490`
TK1151 ID	TkA01G578490
OH-1004 ID	LXL04_000890
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.681 / OH-1004 78.195 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G578490

位置 Chr01:145456788-145459914 (-)

描述 Similar to At2g20360: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g20360`	线粒体膜呼吸链NADH脱氢酶（复合体 I）的辅助亚基，据信不参与催化。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000890 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006744 ubiquinone biosynthetic process 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009060 aerobic respiration 生物过程

GO:0009749 response to glucose 生物过程

GO:0022904 respiratory electron transport chain 生物过程

GO:0042776 proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005743 mitochondrial inner membrane 细胞组分

GO:0005759 mitochondrial matrix 细胞组分

GO:0031966 mitochondrial membrane 细胞组分

GO:0045271 respiratory chain complex I 细胞组分

GO:0003954 NADH dehydrogenase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G20360

bta:404188

ddi:DDB_G0272266

mmu:66108

rno:362440

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.433

排名 1 · TkA01G578490 · TK1151

细胞质0.198

排名 2 · TkA01G578490 · TK1151

内质网0.188

排名 3 · TkA01G578490 · TK1151

细胞膜0.140

排名 4 · TkA01G578490 · TK1151

细胞核0.096

排名 5 · TkA01G578490 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13460NAD_binding_1025-181 aa

PF01370Epimerase33-193 aa

PF05368NmrA35-231 aa

PF010733Beta_HSD36-66 aa

PF04321RmlD_sub_bind60-87 aa

PF04321RmlD_sub_bind108-215 aa

PF010733Beta_HSD126-180 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G578490	`PF13460`	NAD_binding_10	25	181	1.2e-05	26.0
TkA01G578490	`PF01370`	Epimerase	33	193	2.9e-06	27.6
TkA01G578490	`PF05368`	NmrA	35	231	5.8e-05	23.6
TkA01G578490	`PF01073`	3Beta_HSD	36	66	0.0032	17.3
TkA01G578490	`PF04321`	RmlD_sub_bind	60	87	0.006	16.4
TkA01G578490	`PF04321`	RmlD_sub_bind	108	215	0.006	16.4
TkA01G578490	`PF01073`	3Beta_HSD	126	180	0.0032	17.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SK66`	拟南芥	sp\|Q9SK66\|NDUA9_ARATH NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial	78.400%	Swiss-Prot	高置信

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