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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G554330
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 139404637-139406797 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1282 bp · TkA01G554330|TK1151|cDNA

CCCCCCATTACGTACCCTTACCTTCTTATATAAATCAAACTCTCCATCATTCAAAACTAACACCACCCCCTTCTTCCCAATTCAAGAAAATGGGCGACATTTCTTGCTCCAATGGCAACGGTAACGGTAACAGCAATGGCAATGGCAATGTCTATTCTCAGAGGAAAAGCTGCTGGTACGAGGAAGAGATCGAAGAGAACTTACGATGGTGTTTTGCTCTCAACAGTATACTTCACACCGGAGCCACTCAATTCCAAGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1005 bp · TkA01G554330|TK1151|CDS

ATGGGCGACATTTCTTGCTCCAATGGCAACGGTAACGGTAACAGCAATGGCAATGGCAATGTCTATTCTCAGAGGAAAAGCTGCTGGTACGAGGAAGAGATCGAAGAGAACTTACGATGGTGTTTTGCTCTCAACAGTATACTTCACACCGGAGCCACTCAATTCCAAGATATTCAGCTTTTGGACACTAAACCCTTCGGGAAGGCTCTTGTAATCGATGGAAAGTTGCAAAGTGCGGAGATAGATGAGTTCATCTACCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

334 aa · TkA01G554330|TK1151|PROTEIN

MGDISCSNGNGNGNSNGNGNVYSQRKSCWYEEEIEENLRWCFALNSILHTGATQFQDIQLLDTKPFGKALVIDGKLQSAEIDEFIYHESLVHPALIHHSNPKTIFVMGGGEGSTARELLRHKTVNKVVMCDIDEEVVEFCKSYLAVNSDAFCDPRLELIINDARAELEKREDKYDVIIGDLADPLEGGPCYQLYTKTFYELTVKPKLKEGGIFVTQAGPAGVFSHTEVFTCIFNTLKQVFKYVVPYSAHIPSYADIWGWV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G554330
TK1151 IDTkA01G554330
OH-1004 IDLXL04_001217
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G554330
位置Chr01:139404637-139406797 (-)
描述Similar to ACL5: Thermospermine synthase ACAULIS5
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g19530 需要通过调节木质部元素的寿命来实现正确的木质部规格。
ACAULIS5, an Arabidopsis gene required for stem elongation, encodes a spermine synthase.2000 · DOI: 10.1093/emboj/19.16.4248
ACAULIS5 controls Arabidopsis xylem specification through the prevention of premature cell death.2008 · DOI: 10.1242/dev.019349
Thermospermine is required for stem elongation in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1093/pcp/pcn109

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001217 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006596 polyamine biosynthetic process 生物过程
GO:0008295 spermidine biosynthetic process 生物过程
GO:0009926 auxin polar transport 生物过程
GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程
GO:0048759 xylem vessel member cell differentiation 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0004766 spermidine synthase activity 分子功能
GO:0010487 thermospermine synthase activity 分子功能
GO:0016768 spermine synthase activity 分子功能
GO:0050314 sym-norspermidine synthase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ape:APE_0767.1
ath:AT5G19530
hbu:Hbut_0383
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.681
排名 1 · TkA01G554330 · TK1151
细胞核0.545
排名 2 · TkA01G554330 · TK1151
线粒体0.073
排名 3 · TkA01G554330 · TK1151
细胞膜0.046
排名 4 · TkA01G554330 · TK1151
内质网0.033
排名 5 · TkA01G554330 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01564Spermine_synth18-38 aa
PF17284Spermine_synt_N29-80 aa
PF01564Spermine_synth83-263 aa
PF29762OWP_N100-150 aa
PF01861BpsA_C101-183 aa
PF05175MTS102-178 aa
PF30636Methyltransf_37102-179 aa
PF13649Methyltransf_25107-178 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G554330PF01564Spermine_synth18388.6e-47159.8
TkA01G554330PF17284Spermine_synt_N29803.1e-1350.1
TkA01G554330PF01564Spermine_synth832638.6e-47159.8
TkA01G554330PF29762OWP_N1001500.1613.6
TkA01G554330PF01861BpsA_C1011830.03214.2
TkA01G554330PF05175MTS1021780.001718.6
TkA01G554330PF30636Methyltransf_371021790.1213.1
TkA01G554330PF13649Methyltransf_251071780.0001623.0
TkA01G554330PF08242Methyltransf_121071780.001320.2
TkA01G554330PF08241Methyltransf_111071780.05214.9
TkA01G554330PF01795Methyltransf_51101510.3311.1
TkA01G554330PF05430Methyltransf_301221520.03414.8
TkA01G554330PF05430Methyltransf_301552150.03414.8
TkA01G554330PF17412VraX1862040.212.1
TkA01G554330PF05175MTS2192280.001718.6
TkA01G554330PF17412VraX2232300.212.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9S7X6拟南芥sp|Q9S7X6|ACL5_ARATH Thermospermine synthase ACL564.800%Swiss-Prot高置信

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