TkA01G550300 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G550300

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 138316081-138318391 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1194 bp · TkA01G550300|TK1151|cDNA

GTAAATACCAGGTGTTTCGTATTTGTAAGACAACATGAACACAAATGTAACGTTTAGCAACGTTGTAATGAAATCGATGCTCTCTATAAACCACAGAATAACTGAATAAGGTATTCGCGAGGTCAAGTCGAAGTTATATTCGTTAGAAGTTCCGGTGTTCATCTGATCTAATCGAAATAGAAGGATAGAATTAGGGTTTAAGTTTACCCCCAAATAAAAATAAATCTTCCTCCATCTTTAGATCTTCGTCGCTCGTTCGT...

CDS

下载 CDS FASTA

603 bp · TkA01G550300|TK1151|CDS

ATGGCTCAGCCCAACAATACTGCTGGAGTTGACAACACCTTCAGAAGGAAATTCGACAAAGAAGAGTATCTGCAACGCGCTCGTGAGCGTGAAGAAAAGGAGTCAGAGAGCCGGTCTAAATCAAAAGGTCCTCCAGTGCAAAGGAAACCATTGAAGCATAGAGATTATGAAGTTGACCTCACCACTCGCTTGGGGAAGACTCAGGTTATCACTCCAATTGCACCCCTTAACCAGCAGGCTGGATACTTTTGCTCTGTTTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

200 aa · TkA01G550300|TK1151|PROTEIN

MAQPNNTAGVDNTFRRKFDKEEYLQRAREREEKESESRSKSKGPPVQRKPLKHRDYEVDLTTRLGKTQVITPIAPLNQQAGYFCSVCECVVKDSANYLDHINGKKHQRALGMSMRVERASLEQVQQRFENLKKRKDPGTFTEQDLDDRILKQQQEEEERKKQKRERKKEKKKEKAVEEEVEVDPDVAAMMGFGGFGSSKK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G550300`
TK1151 ID	TkA01G550300
OH-1004 ID	LXL04_005623
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	95.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G550300`
位置	Chr01:138316081-138318391 (+)
描述	Similar to Zmat2: Zinc finger matrin-type protein 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_005623` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0045292 mRNA cis splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0046540 U4/U6 x U5 tri-snRNP complex 细胞组分 GO:0071005 U2-type precatalytic spliceosome 细胞组分 GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能 GO:0003677 DNA binding 分子功能 GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	cel:CELE_ZK686.4 hsa:153527 mmu:66492 sce:YDL098C 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.883

排名 1 · TkA01G550300 · TK1151

细胞质0.198

排名 2 · TkA01G550300 · TK1151

线粒体0.029

排名 3 · TkA01G550300 · TK1151

细胞膜0.015

排名 4 · TkA01G550300 · TK1151

内质网0.010

排名 5 · TkA01G550300 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00214Calc_CGRP_IAPP21-114 aa

PF22770POP1_C24-41 aa

PF21730Vma22_CCDC11525-42 aa

PF14362DUF440732-37 aa

PF12874zf-met82-106 aa

PF12171zf-C2H2_jaz82-107 aa

PF06220zf-U182-109 aa

PF25095C2H2-zf_KIN1782-108 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G550300	`PF00214`	Calc_CGRP_IAPP	21	114	1.5	10.0
TkA01G550300	`PF22770`	POP1_C	24	41	6.5	7.7
TkA01G550300	`PF21730`	Vma22_CCDC115	25	42	1.6	9.9
TkA01G550300	`PF14362`	DUF4407	32	37	5.9	6.8
TkA01G550300	`PF12874`	zf-met	82	106	2.2e-06	28.5
TkA01G550300	`PF12171`	zf-C2H2_jaz	82	107	2.6e-05	25.0
TkA01G550300	`PF06220`	zf-U1	82	109	0.007	16.8
TkA01G550300	`PF25095`	C2H2-zf_KIN17	82	108	0.12	13.3
TkA01G550300	`PF00096`	zf-C2H2	82	102	0.41	11.9
TkA01G550300	`PF14362`	DUF4407	100	173	5.9	6.8
TkA01G550300	`PF21730`	Vma22_CCDC115	126	184	1.6	9.9
TkA01G550300	`PF22770`	POP1_C	131	175	6.5	7.7
TkA01G550300	`PF00214`	Calc_CGRP_IAPP	145	163	1.5	10.0
TkA01G550300	`PF08648`	SNRNP27	166	166	0.085	13.7
TkA01G550300	`PF08648`	SNRNP27	185	199	0.085	13.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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