TkA01G550290 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G550290

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 138311785-138315178 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1244 bp · TkA01G550290|TK1151|cDNA

TGAGTTCTAATCTTTCTTATGTGGCAGGTGTGGGCACTGTAAAAAGCTTGCTCCTGAATATGAAAAACTTGGCGCAAGCTTCAAAAAATCAAAATCCATTATGATCGGAAAGGTGGACTGTGATGAGCATAAGGGAGTTTGTAGCAAATTTGGTGTTTCTGGTTACCCCACCATTCAGTGGTTTCCCAAGGGATCTTTGGAACCCAAAAAGTATGAAGGGGCACGTACTGCTGAAGCACTTGTTGAGTATGTAAATTCTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1227 bp · TkA01G550290|TK1151|CDS

ATGGCGAGATCAATCATCTTCTTCACATTAGCAACCCTAGCTCTTCTCTACTTCTCGTCGGCCGTCGCTGATGTAGTCATACTCACCGAAGACAACTTCGAGAAGGAGGTCGGTCAAGATCGTGGCGCTCTCGTTGAGTTCTACGCTCCTTGTACTGGCGATTGGCTTTATCTTACTGATTTTGTTTGGGGTAGAACAGCTTTCCGATTCATTTTTAATGTTAATTCGGGTATTTCAAGTTTTTTTGATGAAGGGAGCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

408 aa · TkA01G550290|TK1151|PROTEIN

MARSIIFFTLATLALLYFSSAVADVVILTEDNFEKEVGQDRGALVEFYAPCTGDWLYLTDFVWGRTAFRFIFNVNSGISSFFDEGSIGFCLYICINFLVNWCGHCKKLAPEYEKLGASFKKSKSIMIGKVDCDEHKGVCSKFGVSGYPTIQWFPKGSLEPKKYEGARTAEALVEYVNSEGGTNVKIASVPTSVVVLNSDNFDEIVLNNKKDVLVEFYAPWCGHCKSLAPTYESLAAAFKNEEDVIIANLDADSHKDLGEK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G550290`
TK1151 ID	TkA01G550290
OH-1004 ID	LXL04_001266
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	87.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G550290

位置 Chr01:138311785-138315178 (-)

描述 Similar to Probable protein disulfide-isomerase A6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g47470`	适当的花粉发育、胚珠受精和胚胎发育可能需要的蛋白质二硫键异构酶。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0339900`	作为蛋白质折叠催化剂，与新生多肽相互作用，催化二硫键的形成、异构化以及还原或氧化。	暂无已核实直接文献
`Os05g0156300`	作为蛋白质折叠催化剂，与新生多肽相互作用，催化二硫键的形成、异构化以及还原或氧化。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001266 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009567 double fertilization forming a zygote and endosperm 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0034976 response to endoplasmic reticulum stress 生物过程

GO:0048868 pollen tube development 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005788 endoplasmic reticulum lumen 细胞组分

GO:0005811 lipid droplet 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G47470

ddi:DDB_G0276141

dosa:Os01g0339900

dosa:Os05g0156300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.813

排名 1 · TkA01G550290 · TK1151

细胞质0.135

排名 2 · TkA01G550290 · TK1151

溶酶体／液泡0.085

排名 3 · TkA01G550290 · TK1151

线粒体0.063

排名 4 · TkA01G550290 · TK1151

细胞核0.059

排名 5 · TkA01G550290 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00085Thioredoxin25-51 aa

PF26959Thioredoxin-like_N25-53 aa

PF13905Thioredoxin_893-136 aa

PF00085Thioredoxin94-177 aa

PF00578AhpC-TSA94-136 aa

PF26981Thioredoxin-like_PDI94-108 aa

PF13098Thioredoxin_295-176 aa

PF13899Thioredoxin_795-109 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G550290	`PF00085`	Thioredoxin	25	51	2.9e-64	214.2
TkA01G550290	`PF26959`	Thioredoxin-like_N	25	53	0.29	11.8
TkA01G550290	`PF13905`	Thioredoxin_8	93	136	4.5e-06	27.7
TkA01G550290	`PF00085`	Thioredoxin	94	177	2.9e-64	214.2
TkA01G550290	`PF00578`	AhpC-TSA	94	136	3.4e-07	30.9
TkA01G550290	`PF26981`	Thioredoxin-like_PDI	94	108	0.01	16.5
TkA01G550290	`PF13098`	Thioredoxin_2	95	176	1.8e-11	45.1
TkA01G550290	`PF13899`	Thioredoxin_7	95	109	2.6e-05	25.0
TkA01G550290	`PF08534`	Redoxin	95	123	0.0012	19.3
TkA01G550290	`PF26959`	Thioredoxin-like_N	99	123	0.29	11.8
TkA01G550290	`PF26298`	MurL_epimerase_C	100	108	0.21	12.4
TkA01G550290	`PF04756`	OST3_OST6	102	187	7.3e-16	59.1
TkA01G550290	`PF20207`	PedC-like	102	156	0.013	16.2
TkA01G550290	`PF26958`	tRNA-like_Thioredoxin-liek	103	153	0.019	15.3
TkA01G550290	`PF13848`	Thioredoxin_6	110	179	0.00046	20.8
TkA01G550290	`PF07449`	HyaE	119	157	0.13	13.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O22263`	拟南芥	sp\|O22263\|PDI21_ARATH Protein disulfide-isomerase like 2-1	73.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q942L2`	水稻	sp\|Q942L2\|PDI22_ORYSJ Protein disulfide isomerase-like 2-2	72.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q75M08`	水稻	sp\|Q75M08\|PDI21_ORYSJ Protein disulfide isomerase-like 2-1	71.800%	Swiss-Prot	高置信

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