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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G549950
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 138197476-138199563 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1767 bp · TkA01G549950|TK1151|cDNA

ATGCTCAAAGCTTGTACTTCTCTAAACCTCTTCTCACACGGCCTTTCTTTCCACCAACATTCCATCGTCAATGGTTACTCCTCCGATGCGTACATTTCTGCTTCCTTGATCAACCTATACGCCAAATTTGGGTACACCGATGTTGCCAGCAAAGTGTTCGATAATATGCCTGAGAGAAACGTTGTTCCCTGGACTGCGATTATCGGGTGTTATATTCAATCAGGGAAGGTGACCACTGCGTTTCAGATGTATAAACAAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1767 bp · TkA01G549950|TK1151|CDS

ATGCTCAAAGCTTGTACTTCTCTAAACCTCTTCTCACACGGCCTTTCTTTCCACCAACATTCCATCGTCAATGGTTACTCCTCCGATGCGTACATTTCTGCTTCCTTGATCAACCTATACGCCAAATTTGGGTACACCGATGTTGCCAGCAAAGTGTTCGATAATATGCCTGAGAGAAACGTTGTTCCCTGGACTGCGATTATCGGGTGTTATATTCAATCAGGGAAGGTGACCACTGCGTTTCAGATGTATAAACAAAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

588 aa · TkA01G549950|TK1151|PROTEIN

MLKACTSLNLFSHGLSFHQHSIVNGYSSDAYISASLINLYAKFGYTDVASKVFDNMPERNVVPWTAIIGCYIQSGKVTTAFQMYKQMQCEGIKPSSVTILAMLSGVSENTHVQSFHASAIQYGFDHHLSLANCLLNLYGKYGKITEAKTLFESMDNQDIVSWNSLLSAYALNDNVKEISQLFSRMRSSGLEPDQQTFGSLISSATRQGNPQIGKLVHAKTIISGFETDFQVKTSLITMYLKFRDLINAYKIFEATPNKDM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G549950
TK1151 IDTkA01G549950
OH-1004 IDLXL04_001284
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)83.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 91.910
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G549950
位置Chr01:138197476-138199563 (-)
描述Similar to PCMP-E99: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g04370
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g04370 含五肽重复序列的蛋白 At4g04370。 暂无已核实直接文献
At1g11290 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。
Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667
At4g33990 含五肽重复的蛋白At4g33990。 暂无已核实直接文献
At4g19191 含五重复肽的蛋白质 At4g19191，线粒体。 暂无已核实直接文献
At3g01580 推定的五重复蛋白复合含蛋白 At3g01580。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001284 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0004519 endonuclease activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G11290
ath:AT3G63370
ath:AT4G04370
ath:AT4G21300
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.667
排名 1 · TkA01G549950 · TK1151
质体0.174
排名 2 · TkA01G549950 · TK1151
细胞核0.043
排名 3 · TkA01G549950 · TK1151
细胞质0.034
排名 4 · TkA01G549950 · TK1151
细胞膜0.006
排名 5 · TkA01G549950 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17177PPR_long16-104 aa
PF17049AEP116-74 aa
PF29070MSC6_N32-56 aa
PF13812PPR_334-63 aa
PF13041PPR_235-63 aa
PF01535PPR35-61 aa
PF12854PPR_135-56 aa
PF13428TPR_1435-55 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G549950PF17177PPR_long161043.3e-1247.0
TkA01G549950PF17049AEP116744.2e-0626.8
TkA01G549950PF29070MSC6_N32567.3e-1968.8
TkA01G549950PF13812PPR_334634.4e-2485.1
TkA01G549950PF13041PPR_235638.8e-61202.5
TkA01G549950PF01535PPR35619.8e-58189.2
TkA01G549950PF12854PPR_135563e-33114.0
TkA01G549950PF13428TPR_1435553.3e-0524.9
TkA01G549950PF28551UBA_RECQL135510.0116.7
TkA01G549950PF23276TPR_24361112.2e-1763.9
TkA01G549950PF20431E_motif36539.1e-0626.6
TkA01G549950PF24603TPR_3040870.0001522.8
TkA01G549950PF13041PPR_2591068.8e-61202.5
TkA01G549950PF12854PPR_159883e-33114.0
TkA01G549950PF13812PPR_360984.4e-2485.1
TkA01G549950PF01535PPR63929.8e-58189.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9XE98拟南芥sp|Q9XE98|PP303_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g0437043.800%Swiss-Prot中等置信
Q3E6Q1拟南芥sp|Q3E6Q1|PPR32_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11290, chloroplastic35.000%Swiss-Prot中等置信
O81767拟南芥sp|O81767|PP348_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g3399033.700%Swiss-Prot中等置信
P0C8Q2拟南芥sp|P0C8Q2|PP323_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g19191, mitochondrial32.600%Swiss-Prot中等置信
Q9SS97拟南芥sp|Q9SS97|PP205_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g0158032.300%Swiss-Prot中等置信

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