TkA01G541540 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G541540

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 135852620-135854515 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1680 bp · TkA01G541540|TK1151|cDNA

CTTTTGTATTCCATTTAAGCAAAAACATCCCTCCTCTTCTTCATAAATATGGTGTAAGAAGGCTTCGCTAGGGTTCCTCTTTTCCCTCTAACTTTGGAAATATCATCCAGGATTCCAGTTGTTACAGTGAGTATGAACACTCTTGAATTGCATGTGTTCTTCTGAGTGATTGAGGGTTTTCTCTGTAATCGAAAAACAGCAGAGAAATTTTAATTTTGCTGAAATGCCGACGACAAGTGGTTACACGATGCCGTTCGGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1197 bp · TkA01G541540|TK1151|CDS

ATGCCGACGACAAGTGGTTACACGATGCCGTTCGGAACCTTTCGCCGATCAATTATGGGCATTGCAAACGATCACAATCAAGTTCATTCCATGGATGTAAACAGCGATTCCAGTTCCGAATCCCATTGTGAACTCGGTTCATTCGAGCACCAAGTCTTCCGCCAATTCCGTACACTTTCAGCAGCTTCTCCCGATGAACTACTTTCTCTCAATTGGGTATCAAAATTACTCGATGCTTTCATAGCTTGTGAAGAAGATTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

398 aa · TkA01G541540|TK1151|PROTEIN

MPTTSGYTMPFGTFRRSIMGIANDHNQVHSMDVNSDSSSESHCELGSFEHQVFRQFRTLSAASPDELLSLNWVSKLLDAFIACEEDFRSILSTNEANLSKPPLDKFLTEFYDRGIRALDICNAIRDGTEKIRLWHKHLEIVSTAFDSKPRNMMIEGQFRRAKKALTDLAIIMLDENKDSSSVFSTRNRSFGRPNKANKDNQQKAGHSRSLSWSVPNSWSASKQLQSIANGLVPPRPHEISATNGLATIVYTMGFVLFFVL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G541540`
TK1151 ID	TkA01G541540
OH-1004 ID	LXL04_017028
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	66.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.739 / OH-1004 99.487 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G541540

位置 Chr01:135852620-135854515 (+)

描述 Similar to ROH1: Protein ROH1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g74450`	参与植物生长的调节，并调节花粉发育以确保雄性生育力。	Overexpressing the Multiple-Stress Responsive Gene At1g74450 Reduces Plant Height and Male Fertility in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.1371/journal.pone.0140368
`At1g18740`	与类转甲状腺素蛋白（TTL）共同抑制植物生长发育；但与TTL相反，可能以依赖油菜素甾醇（BR）和尿囊素的方式正向调控耐寒性。	暂无已核实直接文献
`At1g63930`	种皮粘液沉积所需。	Arabidopsis exocyst subunits SEC8 and EXO70A1 and exocyst interactor ROH1 are involved in the localized deposition of seed coat pectin.2010 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2010.03372.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017028 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006887 exocytosis 生物过程

GO:0006904 vesicle docking involved in exocytosis 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009631 cold acclimation 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010214 seed coat development 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0019428 allantoin biosynthetic process 生物过程

GO:0040008 regulation of growth 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G18740

ath:AT1G63930

ath:AT1G74450

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.565

排名 1 · TkA01G541540 · TK1151

细胞核0.356

排名 2 · TkA01G541540 · TK1151

细胞膜0.279

排名 3 · TkA01G541540 · TK1151

内质网0.048

排名 4 · TkA01G541540 · TK1151

高尔基体0.030

排名 5 · TkA01G541540 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05633ROH1-like14-389 aa

PF03087BPS195-138 aa

PF17309DUF5356170-203 aa

PF17309DUF5356304-351 aa

PF03087BPS1311-382 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G541540	`PF05633`	ROH1-like	14	389	1.3e-121	407.0
TkA01G541540	`PF03087`	BPS1	95	138	0.0019	18.7
TkA01G541540	`PF17309`	DUF5356	170	203	0.12	13.7
TkA01G541540	`PF17309`	DUF5356	304	351	0.12	13.7
TkA01G541540	`PF03087`	BPS1	311	382	0.0019	18.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9CA69`	拟南芥	sp\|Q9CA69\|ROH1D_ARATH Protein ROH1D	47.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9M9U5`	拟南芥	sp\|Q9M9U5\|B1L_ARATH Protein BYPASS1-LIKE	48.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9CAK4`	拟南芥	sp\|Q9CAK4\|ROH1A_ARATH Protein ROH1A	34.500%	Swiss-Prot	中等置信

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