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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G539510
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 135275868-135278907 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1273 bp · TkA01G539510|TK1151|cDNA

TCTCAGTCAAACAAATTCTTGGTCTACGTCGACTCACATTATTCATTCTCTCTGGGACCTTCGCCTAATTCAGTTTCCACCGCCATGAACATCATCATCATCATCGTCTAGAAAATTTATCATTTTGGATCTGAAATTCCACACACAAAAAACAATGTCAAGTGGCAACAATACACATTGGTGTTACCAATGCCAAGTACCAGTCCGTATTCGGGGCCGTAATCCAGTGTGCCCATATTGCTCCAGTGGATTCATCCAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

831 bp · TkA01G539510|TK1151|CDS

ATGTCAAGTGGCAACAATACACATTGGTGTTACCAATGCCAAGTACCAGTCCGTATTCGGGGCCGTAATCCAGTGTGCCCATATTGCTCCAGTGGATTCATCCAAGACCTAACCGAAGTAACCGACCCGGGTCCCACCCATGAACCGTCCGATTATGGGTTCATGGAAGACCCGTACCCGGACCCACGAAACCGGATCATGGACGCGTTTGCCGAACTCATAAGACAAAGAATGTCGGGAAGAAACCCTAATTTTGATGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

276 aa · TkA01G539510|TK1151|PROTEIN

MSSGNNTHWCYQCQVPVRIRGRNPVCPYCSSGFIQDLTEVTDPGPTHEPSDYGFMEDPYPDPRNRIMDAFAELIRQRMSGRNPNFDVRRRSGLVPDHGVVPWFIFDGQAPARMSANDRFEFFFNGAPPVPGPGPGPRRSNVSNVFMGPGLQELIEQLTVTANGQGPPPATRSAIDSMPTIRITNRHLNTDSHCPVCKDRFELGSEAREMPCGHIYHSGCIEPWLVQHNSCPVCREELPAQGGSRGSTSGGGGGGEESGGG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G539510
TK1151 IDTkA01G539510
OH-1004 IDLXL04_018545
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)32.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.188 / OH-1004 52.967
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G539510
位置Chr01:135275868-135278907 (-)
描述Similar to CAM53: Calmodulin-related protein
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g40830 可能的 E3 泛素蛋白连接酶，在体外可能具有 E3 泛素连接酶活性。 暂无已核实直接文献
At3g56580 E3 泛素蛋白连接酶，可促进渗透应激和脱落酸 反应。
The atrzf1 mutation of the novel RING-type E3 ubiquitin ligase increases proline contents and enhances drought tolerance in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1016/j.plantsci.2012.12.007
PCA22 acts as a suppressor of atrzf1 to mediate proline accumulation in response to abiotic stress in Arabidopsis.2017 · DOI: 10.1093/jxb/erx069
At3g19950 E3 泛素蛋白连接酶以硫酯的形式接受来自 E2 泛素结合酶的泛素，然后将泛素直接转移至目标底物。 暂无已核实直接文献
At5g59550 参与正向调控脱落酸依赖干旱胁迫响应的E3泛素蛋白连接酶。
Suppression of Arabidopsis RING-DUF1117 E3 ubiquitin ligases, AtRDUF1 and AtRDUF2, reduces tolerance to ABA-mediated drought stress.2012 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2012.02.131

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018545 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0016460 myosin II complex 细胞组分
GO:0005509 calcium ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用暂无功能描述
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.716
排名 1 · TkA01G539510 · TK1151
细胞核0.540
排名 2 · TkA01G539510 · TK1151
内质网0.064
排名 3 · TkA01G539510 · TK1151
线粒体0.055
排名 4 · TkA01G539510 · TK1151
细胞膜0.050
排名 5 · TkA01G539510 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23413zf_RING_Vps8_fungal1-14 aa
PF23412zf_RING_Vps84-13 aa
PF15227zf-C3HC4_45-13 aa
PF14369Zn_ribbon_196-36 aa
PF17120zf-RING_166-30 aa
PF22191IBR_16-19 aa
PF18717CxC47-34 aa
PF12773DZR7-31 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G539510PF23413zf_RING_Vps8_fungal1142.38.3
TkA01G539510PF23412zf_RING_Vps84132.78.6
TkA01G539510PF15227zf-C3HC4_45131.99.4
TkA01G539510PF14369Zn_ribbon_196362e-0938.2
TkA01G539510PF17120zf-RING_166300.07113.5
TkA01G539510PF22191IBR_16190.1512.7
TkA01G539510PF18717CxC47340.04214.4
TkA01G539510PF12773DZR7310.6910.8
TkA01G539510PF01155HypA7321.49.7
TkA01G539510PF13639zf-RING_28291.3e-1351.7
TkA01G539510PF23475zf-Tbcl_FmdE8130.2711.4
TkA01G539510PF13923zf-C3HC4_29292.1e-0937.8
TkA01G539510PF13920zf-C3HC4_39312.2e-0628.1
TkA01G539510PF00097zf-C3HC410294.8e-0730.3
TkA01G539510PF14634zf-RING_510300.0001222.7
TkA01G539510PF07191Zn_ribbon_610320.4411.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O22197拟南芥sp|O22197|RHC1A_ARATH Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHC1A49.000%Swiss-Prot中等置信
Q94AK4拟南芥sp|Q94AK4|RZF1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RZF146.500%Swiss-Prot中等置信
Q8LPN7拟南芥sp|Q8LPN7|RNG1L_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like33.600%Swiss-Prot中等置信
Q940T5拟南芥sp|Q940T5|RDUF2_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RDUF233.800%Swiss-Prot中等置信

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