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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G516290
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 129423488-129427809 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2896 bp · TkA01G516290|TK1151|cDNA

TTTTAGGGCAAAAATGAAATAAATGAAAGTTAGACAACAAAATCGCCGCTTTGAACTCCATATATCAAGTTTACCACCACCACCCGTAAACCCTAATCATCATACCAGGCTTCCCCTAAACCCTACCTCCTCCCAGCAAGCAGCCAACAATGGGTCAAAAGGCCAAGGGAAAGCATCGTTTGGATAAGTTTTACCACTTGGCTAAAGAGCATGGCTACCGTTCTCGTGCTGTTTGGAAACTTATTCAGCTCGATTCCAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2502 bp · TkA01G516290|TK1151|CDS

ATGGGTCAAAAGGCCAAGGGAAAGCATCGTTTGGATAAGTTTTACCACTTGGCTAAAGAGCATGGCTACCGTTCTCGTGCTGTTTGGAAACTTATTCAGCTCGATTCCAAATTCACATTTCTCCGATCTTCTCACGCCGTCCTCGATCTCTGTGCCGCACCCGGTGGTTGGATGCAAGCTGCGGTTGAACGAGTGCCTGTTGGAAGCCTTGTGGTTGGTGTCGATCTTGACCCAATTCGCCCTATTCGTGGCGCCATCGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

833 aa · TkA01G516290|TK1151|PROTEIN

MGQKAKGKHRLDKFYHLAKEHGYRSRAVWKLIQLDSKFTFLRSSHAVLDLCAAPGGWMQAAVERVPVGSLVVGVDLDPIRPIRGAIAVQEDITTPKCRATVKRLMSENGVKAFDLVLHDGSPNVGGAWAQEATSQNSLVIDSIKLASELLAPKGAFITKVFRSRDYNAVLYCLRQLFEKVEVDKPAASRSTSAEIYIVCLKYKAPAKIDPRLFDIRQLFQGGKEPPKVLDVLRGTKQKRNRDGYEDGDTTLRKTSSAFDF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G516290
TK1151 IDTkA01G516290
OH-1004 IDLXL04_001720
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G516290
位置Chr01:129423488-129427809 (+)
描述Similar to spb1: AdoMet-dependent rRNA methyltransferase spb1 (Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001720 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000463 maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程
GO:0000466 maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程
GO:0001510 RNA methylation 生物过程
GO:0031167 rRNA methylation 生物过程
GO:1902626 assembly of large subunit precursor of preribosome 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005730 nucleolus 细胞组分
GO:0030684 preribosome 细胞组分
GO:0030687 preribosome, large subunit precursor 细胞组分
GO:0030688 preribosome, small subunit precursor 细胞组分
GO:0008650 rRNA (uridine-2'-O-)-methyltransferase activity 分子功能
GO:0016435 rRNA (guanine) methyltransferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
afm:AFUA_5G12100
ani:ANIA_00092
mgr:MGG_08140
rno:303608
spo:2542112
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.947
排名 1 · TkA01G516290 · TK1151
细胞质0.120
排名 2 · TkA01G516290 · TK1151
线粒体0.025
排名 3 · TkA01G516290 · TK1151
细胞膜0.014
排名 4 · TkA01G516290 · TK1151
细胞外0.009
排名 5 · TkA01G516290 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01728FtsJ23-202 aa
PF11861DUF3381235-383 aa
PF07780Spb1_C288-390 aa
PF11861DUF3381431-489 aa
PF13521AAA_28442-478 aa
PF07780Spb1_C456-462 aa
PF11861DUF3381480-522 aa
PF07780Spb1_C499-515 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G516290PF01728FtsJ232021.1e-49169.6
TkA01G516290PF11861DUF33812353839.4e-45153.0
TkA01G516290PF07780Spb1_C2883901.2e-58199.0
TkA01G516290PF11861DUF33814314899.4e-45153.0
TkA01G516290PF13521AAA_284424781.59.7
TkA01G516290PF07780Spb1_C4564621.2e-58199.0
TkA01G516290PF11861DUF33814805229.4e-45153.0
TkA01G516290PF07780Spb1_C4995151.2e-58199.0
TkA01G516290PF11861DUF33815936489.4e-45153.0
TkA01G516290PF07780Spb1_C6027951.2e-58199.0
TkA01G516290PF13521AAA_286047201.59.7
TkA01G516290PF11861DUF33816657239.4e-45153.0
TkA01G516290PF01728FtsJ7247491.1e-49169.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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