TkA01G515620 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G515620

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 129208452-129211689 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2282 bp · TkA01G515620|TK1151|cDNA

GCGGAAGAAGAATCGGATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGCTCGCTCGCTCTCCACTATATAAGCTTTTCTCACCTATAGCACACACTTCTTCCTCTCTGGTGTCTCCGGCAACCGGTGAATAGATCATGTTTTATTTGTGTATGCGTACGAGAATTGCTTGGAGTTTTCGCTAATTGGATGCTGTGTATGTCGAAATAATTAGGGTTATTGTGACTGATACACCCACTTTAAGCTCCTCAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1140 bp · TkA01G515620|TK1151|CDS

ATGGGGTCTGCATGTTGTGTTGCAGCTAGAGATAGAACAATAACAAATGGACCAAGTAATGACGTCATCCCAAGAAATATCCGGTACTCTCCCTCATGGAGTGTTAGGTGGGACAACAGGCGCCGTGTAGCAGGGGAAGATTCCTCCATAACATGGTATTCCGATAGTGCTGCCACAAATGACAGGCTGGACAACAAATCCCAAACAACCGCTTATGCATCAGAAGACGGGAGTCCACTAGAAAGTTTCAGAAATCTGAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

379 aa · TkA01G515620|TK1151|PROTEIN

MGSACCVAARDRTITNGPSNDVIPRNIRYSPSWSVRWDNRRRVAGEDSSITWYSDSAATNDRLDNKSQTTAYASEDGSPLESFRNLTWQKSSPSHQSGILPDTSLSKNPTKLSSSSSPSPSTHSLSSSQPQFPRGPTRSPPRGLLRQVSDTRVPFPTKSPSFSISEDGSPFMVPGFGSTCGSYGGSSDFTNSTNNNNSFDSESFNFKATRASSSPSIDTRTCGVCAKLLTEKSSWGPQKIIAGNELAVVAILICGHVYHA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G515620`
TK1151 ID	TkA01G515620
OH-1004 ID	LXL04_001737
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.417 / OH-1004 55.689 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G515620`
位置	Chr01:129208452-129211689 (-)
描述	Similar to UBP21: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 21
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_001737` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006508 proteolysis 生物过程 GO:0007283 spermatogenesis 生物过程 GO:0016579 protein deubiquitination 生物过程 GO:0030154 cell differentiation 生物过程 GO:0031647 regulation of protein stability 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0004843 cysteine-type deubiquitinase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ath:AT4G17895 ath:AT5G46740 hsa:84132 mmu:76800 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.467

排名 1 · TkA01G515620 · TK1151

细胞核0.382

排名 2 · TkA01G515620 · TK1151

细胞质0.346

排名 3 · TkA01G515620 · TK1151

内质网0.053

排名 4 · TkA01G515620 · TK1151

质体0.035

排名 5 · TkA01G515620 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29452FAR1_N218-230 aa

PF22908PHD_NSD220-277 aa

PF17120zf-RING_16220-226 aa

PF12678zf-rbx1221-280 aa

PF12861zf-ANAPC11221-289 aa

PF13445zf-RING_UBOX222-278 aa

PF14634zf-RING_5222-280 aa

PF13923zf-C3HC4_2222-231 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G515620	`PF29452`	FAR1_N	218	230	0.12	13.1
TkA01G515620	`PF22908`	PHD_NSD	220	277	0.0091	17.0
TkA01G515620	`PF17120`	zf-RING_16	220	226	0.22	11.9
TkA01G515620	`PF12678`	zf-rbx1	221	280	9.5e-05	23.3
TkA01G515620	`PF12861`	zf-ANAPC11	221	289	0.054	14.3
TkA01G515620	`PF13445`	zf-RING_UBOX	222	278	0.0017	19.0
TkA01G515620	`PF14634`	zf-RING_5	222	280	0.0022	18.6
TkA01G515620	`PF13923`	zf-C3HC4_2	222	231	0.016	15.7
TkA01G515620	`PF15227`	zf-C3HC4_4	222	230	0.45	11.4
TkA01G515620	`PF00097`	zf-C3HC4	233	280	0.00029	21.4
TkA01G515620	`PF23555`	zf-RING_Vps41	243	270	7e-05	23.1
TkA01G515620	`PF23412`	zf_RING_Vps8	248	266	0.0006	20.3
TkA01G515620	`PF13639`	zf-RING_2	249	280	4.4e-05	24.4
TkA01G515620	`PF17123`	zf-RING_11	249	263	0.019	15.3
TkA01G515620	`PF23413`	zf_RING_Vps8_fungal	251	280	0.00057	19.8
TkA01G515620	`PF13923`	zf-C3HC4_2	251	280	0.016	15.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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