TkA01G515040 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G515040

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 129052765-129056686 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2909 bp · TkA01G515040|TK1151|cDNA

CTAGTTTTACATCCTATGCCCCATTATTCAACGCTGGAAGCCCAGTATTAAGCCCACTTCAACTTCTTGGCGCCTAACAACAGCTCAATCTCCCGCCAAAAAGTCAGAAGATACCCTTTTACTCTCCACTGGTTAACCTACACACCATTGTTGCATCTCAATCTCCCGCCCTCCGGACTCCAGAAACTGAAAATGGCATCTGACTCTTCTCCGGTTAATACTCCCGGCGGACCTTCGTCAACTGATGATGGAATATCAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2508 bp · TkA01G515040|TK1151|CDS

ATGGCATCTGACTCTTCTCCGGTTAATACTCCCGGCGGACCTTCGTCAACTGATGATGGAATATCAAGTCCAATCGGGAACACATTTTCGTCTCCGAATACTACTCGCACCAGCCGTCGTAAGCGCGGTCGGCCGTCTGCGTCATTCAATACGCCGCCAGCACCACCATCTACCCGATTCAACAACACACCTGACCCTACCCCGACCCCTAATTCTGCTGCTCCCTCGTCGCGTCGTGGTGGCAGAGGGAGAGCCAGCTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

835 aa · TkA01G515040|TK1151|PROTEIN

MASDSSPVNTPGGPSSTDDGISSPIGNTFSSPNTTRTSRRKRGRPSASFNTPPAPPSTRFNNTPDPTPTPNSAAPSSRRGGRGRASSIPPTPSTDDVPPSSEGGEEDEANGAPAMFVWGTSISVQDVNAAILRFLRHFREHPSHIEGKYMKAINHVIEVEGESLEVDANDVFDYDNDLYTKMVRYPLEVLAIFDIVLMDMVSRINPLFEKHIQARIFNMKTSTSMRNLNPSDIEKMVSVKGMVIRCSSIIPEIREAVFRC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G515040`
TK1151 ID	TkA01G515040
OH-1004 ID	LXL04_001754
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G515040

位置 Chr01:129052765-129056686 (+)

描述 Similar to MCM4: DNA replication licensing factor MCM4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g16440`	MCM2-7 复合物（MCM 复合物）的可能组成部分，可充当 DNA 解旋酶，对于真核细胞中每个细胞周期进行单轮复制起始和延伸至关重要。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0544450`	MCM2-7 复合物（MCM 复合物）的可能组成部分，可充当 DNA 解旋酶，对于真核细胞中每个细胞周期进行单轮复制起始和延伸至关重要。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001754 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000727 double-strand break repair via break-induced replication 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006270 DNA replication initiation 生物过程

GO:0006271 DNA strand elongation involved in DNA replication 生物过程

GO:0006279 premeiotic DNA replication 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0030174 regulation of DNA-templated DNA replication initiation 生物过程

GO:0033260 nuclear DNA replication 生物过程

GO:0044786 cell cycle DNA replication 生物过程

GO:1902975 mitotic DNA replication initiation 生物过程

GO:0000347 THO complex 细胞组分

GO:0000785 chromatin 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G16440

spo:2539164

xla:397843

xtr:448137

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.934

排名 1 · TkA01G515040 · TK1151

细胞质0.133

排名 2 · TkA01G515040 · TK1151

线粒体0.031

排名 3 · TkA01G515040 · TK1151

细胞膜0.016

排名 4 · TkA01G515040 · TK1151

内质网0.007

排名 5 · TkA01G515040 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30488DUF8618113-142 aa

PF14551MCM_N130-218 aa

PF26066MCM9_N155-222 aa

PF17207MCM_OB225-354 aa

PF07726AAA_3296-320 aa

PF21128WHD_MCM4402-421 aa

PF00493MCM413-635 aa

PF13191AAA_16457-505 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G515040	`PF30488`	DUF8618	113	142	0.039	14.9
TkA01G515040	`PF14551`	MCM_N	130	218	1.2e-14	55.1
TkA01G515040	`PF26066`	MCM9_N	155	222	0.0047	17.6
TkA01G515040	`PF17207`	MCM_OB	225	354	2.2e-41	141.3
TkA01G515040	`PF07726`	AAA_3	296	320	0.0096	16.5
TkA01G515040	`PF21128`	WHD_MCM4	402	421	1.6e-09	38.4
TkA01G515040	`PF00493`	MCM	413	635	1.2e-100	336.0
TkA01G515040	`PF13191`	AAA_16	457	505	0.0095	17.2
TkA01G515040	`PF00158`	Sigma54_activat	461	494	0.0011	19.3
TkA01G515040	`PF01078`	Mg_chelatase	467	494	2.6e-08	34.2
TkA01G515040	`PF07728`	AAA_5	470	586	3.4e-07	31.1
TkA01G515040	`PF13401`	AAA_22	470	601	0.24	12.5
TkA01G515040	`PF00004`	AAA	471	562	0.018	16.2
TkA01G515040	`PF07726`	AAA_3	517	585	0.0096	16.5
TkA01G515040	`PF00158`	Sigma54_activat	519	575	0.0011	19.3
TkA01G515040	`PF01078`	Mg_chelatase	520	587	2.6e-08	34.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0WVF5`	拟南芥	sp\|Q0WVF5\|MCM4_ARATH DNA replication licensing factor MCM4	77.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q5JKB0`	水稻	sp\|Q5JKB0\|MCM4_ORYSJ DNA replication licensing factor MCM4	78.600%	Swiss-Prot	高置信

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