TkA01G490510 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G490510

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 122773686-122776040 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1468 bp · TkA01G490510|TK1151|cDNA

CTTTAATTGACAACTCTAATGGCATTCCTAAAGAGCAAGCATCCCAAACTACAAGCCATTGTTCTTTCAACTTCTTACATATTTAGATATCCACATACCCTTCATCTTCTACATTTTAATCTACACTAAGTAAGAATGGGGTTTTCCATACCATCACTTCGACTGATCGTCCTTTTCTTCACCATCTTTACATACGTTATAGTAACCAGTGCATTCACGGGGACATATGGAGTCAACTACGGGCGGATAGCCGACAACAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1152 bp · TkA01G490510|TK1151|CDS

ATGGGGTTTTCCATACCATCACTTCGACTGATCGTCCTTTTCTTCACCATCTTTACATACGTTATAGTAACCAGTGCATTCACGGGGACATATGGAGTCAACTACGGGCGGATAGCCGACAACATCCCCTCTCCGGAAAGCGTCGTCACCCTCATGAAAGCAGCAAAAATCAAGAACACAAGAATCTACGACGCCGACCATGAAGTTCTCAAGGCATTCAAAGGATCTGGAATCGAGATCATCATCGGAGTAGGAAACGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

383 aa · TkA01G490510|TK1151|PROTEIN

MGFSIPSLRLIVLFFTIFTYVIVTSAFTGTYGVNYGRIADNIPSPESVVTLMKAAKIKNTRIYDADHEVLKAFKGSGIEIIIGVGNEFLKDIGTSQDRAMDWVKNNVEPFVPGTHISGIAVGNEVLGGGNQELWEVLLPAVKNIHTALDLLHLADRVEVSSPHSAGVFASSFPPSAGAFKETLVPYMKPLLEFFSQIKSPFYINTYPFLAYISDPEHIDVNYAIFKKNPGIEDAKTKLHYDNMFEAQIDAAYAALEKAGF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G490510`
TK1151 ID	TkA01G490510
OH-1004 ID	LXL04_002009
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G490510

位置 Chr01:122773686-122776040 (-)

描述 Similar to At1g32860: Glucan endo-1,3-beta-glucosidase 11

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g32860`	葡聚糖内切 1,3-β-葡聚糖酶 11。	暂无已核实直接文献
`At2g27500`	葡聚糖内切-1,3-β-葡萄糖苷酶14。	暂无已核实直接文献
`At4g34480`	β-1,3-葡聚糖内切酶7。	暂无已核实直接文献
`At5g42100`	与胞间连丝相关的膜β-1,3-葡聚糖酶，参与胞间连丝胼胝质降解并在胞间连丝的门控中发挥功能。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002009 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程

GO:0006076 (1->3)-beta-D-glucan catabolic process 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007154 cell communication 生物过程

GO:0034407 cell wall (1->3)-beta-D-glucan metabolic process 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0140547 acquisition of seed longevity 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G32860

ath:AT2G27500

ath:AT4G34480

ath:AT5G42100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.472

排名 1 · TkA01G490510 · TK1151

细胞外0.250

排名 2 · TkA01G490510 · TK1151

内质网0.093

排名 3 · TkA01G490510 · TK1151

细胞质0.085

排名 4 · TkA01G490510 · TK1151

溶酶体／液泡0.073

排名 5 · TkA01G490510 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00332Glyco_hydro_1732-350 aa

PF29664BtgE-BtgC_glyc-hydro49-148 aa

PF07745Glyco_hydro_5358-105 aa

PF29664BtgE-BtgC_glyc-hydro248-336 aa

PF07745Glyco_hydro_53264-278 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G490510	`PF00332`	Glyco_hydro_17	32	350	3.3e-80	270.7
TkA01G490510	`PF29664`	BtgE-BtgC_glyc-hydro	49	148	2.7e-12	47.2
TkA01G490510	`PF07745`	Glyco_hydro_53	58	105	0.078	12.7
TkA01G490510	`PF29664`	BtgE-BtgC_glyc-hydro	248	336	2.7e-12	47.2
TkA01G490510	`PF07745`	Glyco_hydro_53	264	278	0.078	12.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L868`	拟南芥	sp\|Q8L868\|E1311_ARATH Glucan endo-1,3-beta-glucosidase 11	48.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9ZQG9`	拟南芥	sp\|Q9ZQG9\|E1314_ARATH Glucan endo-1,3-beta-glucosidase 14	47.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9M069`	拟南芥	sp\|Q9M069\|E137_ARATH Glucan endo-1,3-beta-glucosidase 7	45.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FHX5`	拟南芥	sp\|Q9FHX5\|E1310_ARATH Glucan endo-1,3-beta-glucosidase 10	44.500%	Swiss-Prot	中等置信

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