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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G478480
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 119839042-119843082 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2942 bp · TkA01G478480|TK1151|cDNA

GTTTTCACGGTACAGCCCTTCCCGACATTTCTTCCACAATCCACGACCCTCTCGCGTCTTCTACTGCCCTTCCGATCGATTTCACCGGCTTCCTTATCCCCTTCCAATCGATTTCACCTGCTTCATTCCCGACATTTCTTCCACAAATCGACGACCCTCTCTACAATTTCCACGGCGTCTTCTTCTGCCCTTCCGATCGATTTCACCGGCTTCCTTATCCCCTTCCGATCAATTTCACCAGCTTCCTTAACTATCAGTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2133 bp · TkA01G478480|TK1151|CDS

ATGCTCAATGTGACTTCTTCAAGTTCGAGGCGTCTCCTTCGTATCTCCTATGCATTAGTTTCAAGGCGTTGGAATTCTAATGGCTACATCTGGCACAACGAGTTTGAATTATCTAACCTTAATGATGCTTTTGATCACTTCGATCATCTTCTACGGAAATGCACCAACTCCAGACAATCCAAACAAATACATGCTCAAATCGTGCTACTGGGTGGCTTATCAACCGTGTTCCTGTCCTCTAGGCTCGTATCTATTTATGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

710 aa · TkA01G478480|TK1151|PROTEIN

MLNVTSSSSRRLLRISYALVSRRWNSNGYIWHNEFELSNLNDAFDHFDHLLRKCTNSRQSKQIHAQIVLLGGLSTVFLSSRLVSIYGRFELLNDARKVFESTSIECLSSSTIIWNSMLRANVMNGKCRETLEVYTQMKNTGVLPDDFSFPLVVRACAMMGHRNLCASVHCHALLRGFQDNLHVANELLAAYGKLSQMDIAHKLFDKMLVRNLISWNTMVSGFAFNNDHKGALNIFNRMQLDGWEPNLVTWTSLLSSHARC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G478480
TK1151 IDTkA01G478480
OH-1004 IDLXL04_017317
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)28.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 92.817 / OH-1004 77.879
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G478480
位置Chr01:119839042-119843082 (+)
描述Similar to EMB2758: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g33990
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g17630 推定含五重复肽的蛋白质 At1g17630。 暂无已核实直接文献
At1g11290 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。
Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667
At1g20230 含五重复肽的蛋白质 At1g20230。 暂无已核实直接文献
At5g16860 含五基重复蛋白 At5g16860。 暂无已核实直接文献
At3g15130 推定含五聚重复序列蛋白 At3g15130。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017317 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000963 mitochondrial RNA processing 生物过程
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0004519 endonuclease activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G11290
ath:AT3G57430
ath:AT4G30700
ath:AT4G33990
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.643
排名 1 · TkA01G478480 · TK1151
质体0.185
排名 2 · TkA01G478480 · TK1151
细胞核0.050
排名 3 · TkA01G478480 · TK1151
细胞质0.028
排名 4 · TkA01G478480 · TK1151
细胞膜0.006
排名 5 · TkA01G478480 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02758PYRIN42-100 aa
PF17177PPR_long43-64 aa
PF13812PPR_347-63 aa
PF29070MSC6_N81-155 aa
PF01535PPR82-100 aa
PF12854PPR_186-100 aa
PF23276TPR_2487-147 aa
PF13041PPR_2110-157 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G478480PF02758PYRIN421000.01416.3
TkA01G478480PF17177PPR_long43643.8e-1350.0
TkA01G478480PF13812PPR_347633.7e-34117.3
TkA01G478480PF29070MSC6_N811552.6e-1763.7
TkA01G478480PF01535PPR821004.7e-65212.1
TkA01G478480PF12854PPR_1861002.6e-35120.6
TkA01G478480PF23276TPR_24871474.4e-1659.7
TkA01G478480PF13041PPR_21101574.5e-63209.9
TkA01G478480PF13812PPR_31111563.7e-34117.3
TkA01G478480PF01535PPR1131414.7e-65212.1
TkA01G478480PF22330Rib_mS39_PPR1152230.06313.8
TkA01G478480PF17177PPR_long1182073.8e-1350.0
TkA01G478480PF20431E_motif1261422.6e-1247.5
TkA01G478480PF10366Vps39_11622060.1613.0
TkA01G478480PF13812PPR_31752073.7e-34117.3
TkA01G478480PF02758PYRIN1782120.01416.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LNP2拟南芥sp|Q9LNP2|PPR47_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g1763041.300%Swiss-Prot中等置信
Q3E6Q1拟南芥sp|Q3E6Q1|PPR32_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11290, chloroplastic29.300%Swiss-Prot低置信
Q9LNU6拟南芥sp|Q9LNU6|PPR53_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g2023027.900%Swiss-Prot低置信
Q9LFL5拟南芥sp|Q9LFL5|PP390_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g1686036.900%Swiss-Prot中等置信
P0C898拟南芥sp|P0C898|PP232_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g1513028.600%Swiss-Prot低置信

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