TkA01G461750 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G461750

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 115720893-115729493 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1554 bp · TkA01G461750|TK1151|cDNA

TTTTGAAAAAACTTATGTTTCACTCTAAATTTTTTTTACAGAAAATAAGAGTGTACAAGATAATATGACCAAAATTCCTGTTTTATTATTGGATAAGACAATGAGAAGAATCGAGACACTCTTTCATTCAGTCTTCCACTTCCACTTCCACTTCCAGTCCTCTATCCTCCCCAACTCCGTCGCCGCCGGTCTCCGCCGCACCATGGCTACCAACGCCCAAACCATCACTCCATCAAACACCCGTCTCGGATGGATTGGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1065 bp · TkA01G461750|TK1151|CDS

ATGACCAAAATTCCTGTTTTATTATTGGATAAGACAATGAGAAGAATCGAGACACTCTTTCATTCAGTCTTCCACTTCCACTTCCACTTCCAGTCCTCTATCCTCCCCAACTCCGTCGCCGCCGGTCTCCGCCGCACCATGGCTACCAACGCCCAAACCATCACTCCATCAAACACCCGTCTCGGATGGATTGGCACCGGCGTCATGGGCCAATCGATGTGCTCTCACCTGATCAAAGCCGGCTACACTCTCACCATCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

354 aa · TkA01G461750|TK1151|PROTEIN

MTKIPVLLLDKTMRRIETLFHSVFHFHFHFQSSILPNSVAAGLRRTMATNAQTITPSNTRLGWIGTGVMGQSMCSHLIKAGYTLTIFTRTQSKAQPLLDIGAHWASSPHSVASQSDVVFSIVGYPSDVRHVLLHPTSGALSGLAPNGILVDMTTSEPSLAIEISNSAAEKSCFSVDAPVSGGDRGARNAALSIFAGGDESTVKRLNPIFTLLGKVNYMGGPGKGQFAKLANQITIASTMVGLIEGMIYAHKAGLDLPLYL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G461750`
TK1151 ID	TkA01G461750
OH-1004 ID	LXL04_002487
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.328 / OH-1004 99.706 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G461750

位置 Chr01:115720893-115729493 (+)

描述 Similar to At4g29120: Probable 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-like 1, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g29120`	可能的线粒体类3-羟基异丁酸脱氢酶 1。	暂无已核实直接文献
`At1g71180`	可能的线粒体3-羟基异丁酸脱氢酶样蛋白3。	暂无已核实直接文献
`At1g71170`	可能的 3-羟基异丁酸脱氢酶样蛋白 2，线粒体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002487 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006574 L-valine catabolic process 生物过程

GO:0016054 organic acid catabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0045121 membrane raft 细胞组分

GO:0008442 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase activity 分子功能

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0050661 NADP binding 分子功能

GO:0051287 NAD binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G71170

ath:AT1G71180

ath:AT4G29120

bsu:BSU13960

pcl:Pcal_0699

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.320

排名 1 · TkA01G461750 · TK1151

线粒体0.309

排名 2 · TkA01G461750 · TK1151

质体0.222

排名 3 · TkA01G461750 · TK1151

过氧化物酶体0.188

排名 4 · TkA01G461750 · TK1151

细胞核0.104

排名 5 · TkA01G461750 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12401FhaA_N11-58 aa

PF028262-Hacid_dh_C52-132 aa

PF01488Shikimate_DH57-121 aa

PF03446NAD_binding_261-217 aa

PF03807F420_oxidored61-122 aa

PF027373HCDH_N62-95 aa

PF02558ApbA64-108 aa

PF14833NAD_binding_11222-339 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G461750	`PF12401`	FhaA_N	11	58	0.083	14.0
TkA01G461750	`PF02826`	2-Hacid_dh_C	52	132	9.7e-05	22.5
TkA01G461750	`PF01488`	Shikimate_DH	57	121	0.0001	23.1
TkA01G461750	`PF03446`	NAD_binding_2	61	217	7.1e-45	153.6
TkA01G461750	`PF03807`	F420_oxidored	61	122	6.5e-06	27.4
TkA01G461750	`PF02737`	3HCDH_N	62	95	0.17	12.5
TkA01G461750	`PF02558`	ApbA	64	108	0.15	12.4
TkA01G461750	`PF14833`	NAD_binding_11	222	339	1.7e-34	119.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SZE1`	拟南芥	sp\|Q9SZE1\|3HID1_ARATH Probable 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-like 1, mitochondrial	76.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q949M8`	拟南芥	sp\|Q949M8\|3HID3_ARATH Probable 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-like 3, mitochondrial	48.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9C991`	拟南芥	sp\|Q9C991\|3HID2_ARATH Probable 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-like 2, mitochondrial	46.300%	Swiss-Prot	中等置信

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